Gromacs的文件非常的多，這是官方文檔地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html.

本文章部分內(nèi)容來自以下網(wǎng)址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508

下面我僅做一簡述，涉及到PDB，GRO，MDP的文件內(nèi)部結(jié)構(gòu)不在此介紹，而是單獨開篇。

參數(shù)文件：

mdp：其他篇單獨講解

m2p：暫時沒用到

結(jié)構(gòu)文件：

gro：GROmacs format

g96：gromacs-96 format

pdb：Protein DataBank

一般的結(jié)構(gòu)文件：gro g96 pdb tpr tpb tpa

拓撲文件：

top：系統(tǒng)拓撲文件

itp：include topology 被主拓撲文件（.top）包含的分拓撲文件，一般包含某個特定分子的類型。于主拓撲文件區(qū)別有它不引用其他力場文件，同時包含[system]，[molecule]等拓撲字節(jié)。

rtp：殘基拓撲文件。該文件包含常見殘基的力場信息，包括殘基所含原子，成鍵種類等。使用pdb2gmx處理PDB文件時，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中尋找對應的殘基力場信息。

ndx：原子索引文件（.ndx）。該文件含原子的序號，當使用make_ndx程序生成索引文件時，可以定義不同的原子組，每組名下即是該組所含各個原子的序號。

運行輸入文件：

tpr：系統(tǒng)拓撲，參數(shù)，坐標，速度（binary file， portable file可移植文件）

tpa：系統(tǒng)拓撲，參數(shù)，坐標，速度（ascii）

tpb：系統(tǒng)拓撲，參數(shù)，坐標，速度（ascii，binary）

一般的運行輸入文件：tpr tpa tpb

軌跡文件：

tng：any kind of data(compressed, portable, any precision)

trj:?x, v and f (binary, full precision)

trr:?x, v and f (binary, full precision, portable)

xtc:x only (compressed, portable, any precision)

gro:?x and v (ascii, any precision)

g96:?x only (ascii, fixed high precision)

pdb:?x only (ascii, reduced precision)

Formats for full-precision data:?tng,?trr?or?trj

Generic trajectory formats:?tng,?xtc,?trr,?trj,?gro,?g96,?pdb

能量文件：

ene：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary)

enr：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary, portable)

模擬輸出的系統(tǒng)能量文件（energy，.edr）。該文件記錄模擬輸入文件中定義的能量組的各種相互作用能量等。

其他文件：

log：日志文件

cpt：該文件為模擬斷點文件（check point，.cpt）。該文件為模擬過程固定時間間隔產(chǎn)生，保存模擬系統(tǒng)所有信息。該文件一部分可以在能量文件（.edr）找到，一部分可以在雙精度軌跡文件（.trr）中找到。如果模擬不幸因為外界條件中斷（如斷電，模擬人發(fā)脾氣砸電腦等），可以使用該文件重新在斷點處開始模擬，以節(jié)省模擬時間。同時也可以依靠該斷點文件開始，并延長模擬計算（見tpbconv）。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Gromacs文件-Chapter1的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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