|撰文：莫北

在之前一文中《如何用Gephi繪制漂亮的網(wǎng)絡(luò)圖》一文中，為大家介紹過如何繪制下圖這樣好看的網(wǎng)絡(luò)圖。

基迪奧生物：生物信息工具 | 如何用Gephi繪制漂亮的網(wǎng)絡(luò)圖？?zhuanlan.zhihu.com

不過有好學(xué)的小伙伴就問啦，Gephi軟件中并沒有找到圖例相關(guān)的功能設(shè)置，那么下面的網(wǎng)絡(luò)圖的圖例是如何添加的呢？

（Isme Journal, 2012）

其實，方法和《如何“偷走”大牛文章漂亮的配色？》介紹的如何提取配色相似，用Ai(Adobe illustrator) 就可以輕松完成。

下面就該文的網(wǎng)絡(luò)圖為例，一起看下如何操作吧。

1.截取分組信息

首先，打開Gephi軟件的顏色映射設(shè)置窗口，在Partition選項下查看不同顏色對應(yīng)taxonomy列物種分類數(shù)據(jù)，比如這里的第一個藍色表示Proteobacteria（變形菌門）、第二個綠色表示Acidobacteria（酸桿菌門，第三個橙紅色表示Chloroflexi（綠彎菌門）等。

然后只需把下圖所示的虛線區(qū)域截圖即可。

接著，把網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)出成PDF或SVG格式的矢量圖，為了方便查看，我這里導(dǎo)出PDF格式。

2.提取分組配色

使用Ai打開上一步導(dǎo)出的矢量圖文件，比如我這里的PDF文件。

然后通過 文件/置入 導(dǎo)入截圖，方法如下。

適當調(diào)整下截圖的大小，可以看清物種名稱即可，效果如下。

然后使用吸管工具，吸取截圖中的正方形的顏色，并新建色板，方法如下，更詳細的方法可參考《如何“偷走”大牛文章漂亮的配色？》一文，這里不再贅述。

3.繪制分組圖例

將不同的分組顏色都保存成色板之后就可以繪制圖例了。

這里的網(wǎng)絡(luò)圖的形狀只有圓形，所以使用橢圓工具加文字工具就可以輕松完成圖例繪制。按下Shift鍵不放，使用橢圓工具繪制正圓，先后松開鼠標和Shift鍵完成繪制，單擊一下第一個色板（粉紫色）為原形填充顏色。

然后使用文字工具在圓形右側(cè)單擊一下，添加對應(yīng)的物種名稱，比如這里的“Proteobacteria”，調(diào)整字體的大小和樣式，接著“Ctrl+G”將圓形和文字組合起來。按住Alt鍵，使用“小黑工具”（選擇工具）向右拖動組合圖形，再復(fù)制出3份如下圖。

框選4個組合圖形，對這4組圖形進行頂對齊和水平均勻分布，如下圖。

然后，按住Alt鍵使用“小黑工具”（選擇工具）向下拖動組合圖形，再復(fù)制出1份，得到8個組合圖形。

使用小黑工具多次雙擊（進入圖層隔離模式，雙擊空白區(qū)域退出）組合圖形中的圓形，單擊色板可更改填充顏色；同樣，也可以使用文字工具修改文字，最后使用圓角矩形工具添加外框，這樣圖例就添加好啦！

最終，通過 文件/存儲 保存PDF文件即可，當然也可以導(dǎo)出成其他格式的圖片。

當然，如果你還是不懂，可以在os云平臺上免費觀看詳細課教程~

鏈接：http://192.168.123.224:82/class/Home/Index/series?id=60

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參考文獻
Barberán, Albert, Bates S T , Casamayor E O , et al. Using network analysis to explore co-occurrence patterns in soil microbial communities[J]. Isme Journal, 2012, 6(2):343-351.

總結(jié)

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