1.MRML

1.1 Introduction

• MRML用來描述Slicer中的場景并映射到他的數據模型。MRML庫提供了一個API用于管理醫學圖像數據類型（體數據、模型、變換、基準點、相機等）和可視化；
• 每種數據類型都以一個特殊的MRML node(節點)來呈現；MRML Scene就是所有MRML nodes的集合；Slicer MRML數據模型不依賴于系統的可視化組建和算法組件；

1.2 MRML Scene

• MRML Scene管理MRML nodes（增加、刪除、尋找、按類尋找）；
• MRML Scene 提供了MRML nodes的可持續性（從XML文件中讀取、寫入到XML文件）；
• MRML Scene提供了 Undo/Redo 機制；

1.3 MRML Nodes

• MRML nodes存儲Slicer應用的狀態，包括原始數據和可視化參數；下面是關鍵MRML nodes的集合，他們存儲著核心Slicer模塊的狀態：

• 所有的MRML nodes必須應用某種標準的API：ReadAttributes/WriteAttributes/Copy等；

MRML nodes采用C++類等級進行管理，都繼承于vtkMRMLNode 類。例如，vtkMRMLTransformableNode是體數據Volume、模型Model、基準點Fiducial和變換Transformation nodes的父類。vtkVolumeNode是vtkMRMLScalarVolumeNode和vtkMRMLVectorVolumeNode的父類。MRML nodes的類等級如下圖所示：

1.4 引用MRML 節點

一些MRML nodes 也會引用其他 nodes。例如，Transformable Node 引用了Transformation Node。Transformation Node引用了父級的Transformation Node。引用通過 Node ID存儲。

• 使用VTKSetReferenceStringMacro設置引用ID（場景中注冊過程）；
• 訪問方法在訪問之前應該通過ID檢查引用節點是否仍然在MRML場景中；

1.5 MRML事件與觀察者

MRML場景和每個節點的改變將會通過vtk事件和命令-觀察者機制傳遞給其他的觀測節點，GUI對象和Logic對象。一些經驗規則如下：

• Use vtk AddObserver() and InvokeEvent() methods. vtk SetMacro generates ModifiedEvent.
• The command-observer mechanism for MRML is implemented using helper vtkObserverManager, class, MRML Observer macros, and ProcessMRMLEvents method.
• Observers should store a registered pointer to a MRML node to prevent callbacks on a deleted object.
  

1.6 如何添加一個MRML node到場景中？

• 一般模式

vtkNew<vtkMRML???Node> nodeToAdd; ... mrmlScene->AddNode(nodeToAdd.GetPointer());

• 向場景中添加一個多邊形數據

vtkNew<vtkMRMLModelNode> modelNode; modelNode->SetPolyData(polyData); mrmlScene->AddNode(modelNode.GetPointer());

• 從文件中載入多邊形數據

vtkSlicerModelsLogic* modelsLogic = ...; //modelsLogic->SetMRMLScene(mrmlScene); modelsLogic->AddModel(polyDataFileName);

1.7當載入MRML場景時遇到如下錯誤怎么辦？

ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageMapToColors.cxx, line 153 vtkImageMapToColors (0x268f190): RequestInformation: No LookupTable was set but number of components in input doesn't match OutputFormat, therefore input can't be passed through!ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageExtractComponents.cxx, line 239 vtkImageExtractComponents (0x26947e0): Execute: Component 1 is not in input.ERROR: In /path/to/VTK/Imaging/vtkImageExtractComponents.cxx, line 239 vtkImageExtractComponents (0x26947e0): Execute: Component 1 is not in input.[...]要確定每一個colorNodeRef屬性設置在每一個VolumeDisplay節點上。

1.8 如何在2D視窗中更改體數據？

appLogic = slicer.app.applicationLogic() selectionNode = appLogic.GetSelectionNode() selectionNode.SetReferenceActiveVolumeID(bg) selectionNode.SetReferenceSecondaryVolumeID(fg) appLogic.PropagateVolumeSelection()

2.IO

為什么我的節點Writer沒有出現在保存的對話框中？

• 需要在qSlicerIOManager中注冊我們的Writer 用qSlicerYourModule::Setup();

資料：SlicerIOManager=?http://apidocs.slicer.org/master/classqSlicerIOManager.html?
示例：https://github.com/Slicer/Slicer/blob/3dd75da/Modules/Loadable/Markups/qSlicerMarkupsModule.cxx

• 你的節點需要成為vtkMRMLStorableNode的子類；

3.Modules

3.1 在Slicer的build-tree中，Slicer的模塊位于哪里？

Slicer模塊和庫位于Slicer主構建目錄： ~/Slicer-Superbuild/Slicer-build

3.2 如何從C++可加載模塊調用一個CLI模塊？

問題描述：http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/Calling-CLI-module-from-a-C-loadable-module-tt4031930.html 實例分析：https://github.com/Slicer/Slicer/blob/master/Modules/Loadable/CropVolume/Logic/vtkSlicerCropVolumeLogic.cxx#L318-351

3.3 如何從命令行調用一個CLI模塊？

示例： Slicer.exe --launch CastScalarVolume input.mha output.mha 在Windows中使用要注意：

• 需要使用Slicer應用程序的全名，即Slicer.exe而不是Slicer；
• 為了獲得CLI模塊支持的命令行參數的幫助，可以運行下面語句：

Slicer.exe --launch CastScalarVolume 2>c:\SomeWriteAbleDirectory\usage.txt 與50位技術專家面對面20年技術見證，附贈技術全景圖

總結

以上是生活随笔為你收集整理的3DSlicer8：FAQ-2的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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