在上一期的內容中，我們分享了NCBI測序數據上傳的主要步驟和資料填寫的注意事項。今天跟大家分享最后一步：原始測序數據的上傳以及上傳后項目編號的相關類型和含義。

圖1 NCBI測序數據上傳步驟

| 原始測序數據上傳

完成樣本屬性和樣本測序建庫相關信息的填寫后，下一步（第7步）即為測序數據上傳。當然，如果測序數據量比較大，也可以在申請賬號后就開始數據預上傳，然后在第7步選擇對應文檔就可以。預上傳和第7步的上傳方法一樣（圖2、圖3）。

預上傳界面：登錄后→ my submissions→ Options to preload data。

圖2 預上傳界面

圖3 第7步上傳界面

Aspera和FTP都是遠程傳遞大數據量的軟件。通過軟件將本地地址與遠程地址相連，進行文件的高速傳輸。

我們以Aspera瀏覽器、Aspera命令行、FTP 3種形式為例介紹三種上傳方法，Aspera命令行看起來是代碼形式，比較復雜，但其實命令很簡單，上傳非常快而且穩定，大文件推薦使用Aspera命令行模式。

| 軟件安裝

1. Aspera軟件安裝

下載地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/

Tips：選擇“典型安裝”模式，避免無法自動彈窗顯示。

2. FTP安裝

下載地址：https://filezilla-project.org/download.php?type=client

方法一 Aspera瀏覽器

安裝成功后，進入 “步驟7”，出現彈框，詢問是否啟用IBM Aspera，選擇“打開”（圖4）；

選擇第一項，點擊“選擇文件”，彈框后，選擇“允許”，選擇對應文檔，即進入上傳界面（圖5）。

圖4 啟用Aspera

圖5 Aspera瀏覽器上傳

Tips：如果將不同樣本的序列文件壓縮成一個文檔，選擇continue會出現warning（圖6），提示找不到第6步meta data表格中的文檔名，再次點擊continue，NCBI會自動解壓并核對文檔。

圖6 如有多個序列文件壓縮，會提示warning界面

Tips：此步上傳的序列文檔名需要與metadata表格填寫的filename完全一致，且文檔數量也要一致。

方法二 Aspera命令行模式

在預上傳界面打開命令行的上傳說明，或者在第7步勾選命令行選項。

1. 下載aspera.openssh，記錄NCBI數據接收地址，即上傳者專屬路徑（圖7）。

圖7 賬戶對應的專屬路徑和密鑰界面

2. 查找記錄aspera.openssh和ascp.exe兩個文檔的存儲路徑，添加兩個“環境變量”：ASPERA_SCP_PASS 和Path（圖8）。

圖8 添加環境變量

操作如下：

我的電腦 → 鼠標右鍵→ 屬性 → 高級系統設置 →環境變量 → 新建 →“變量”輸入“ASPERA_SCP_PASS”，“值”輸入“路徑/aspera.openssh”; 新建 →“變量”輸入“Path”，“值”輸入“路徑/ascp.exe” → 確定。

3. 進入命令行模式：

Windows + R → 輸入cmd → 確定 → 打開命令提示符

4. 輸入命令：

（1）命令構成（各成分以空格相連）：①"路徑ascp.exe" ②-i "路徑aspera.openssh" ③上傳參數 ④"數據存放路徑"⑤NCBI接收地址

（2）命令示例：①"C:UsersAdministratorAppDataLocalProgramsAsperaAsperaConnectbinascp.exe"

②-i "D:aspera.openssh"

③-QT -l100m -k1 -d

④"D:raw data" ⑤subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/fish5691@qq.com_JexlxJIL

Tips：-l100m，表示設定的最大上傳速度。

Tips：-d表示打開本地路徑，建議先將所有待上傳的測序數據放在一個文件夾內，再輸入命令行，即可上傳該文件夾內所有文檔。如圖9，輸入命令后回車，界面會顯示讀取的文檔列表、上傳進度、文件大小、速度和耗時。完成后會給出Completed說明。

圖9 Asper命令行上傳界面（當前速度每秒約9.4M）

5. 上傳完成后，回到NCBI界面，點擊刷新，選擇文檔。

Tips：一般上傳完成后，需要等待大約10min，NCBI網頁才會同步上傳完成。

方法三 FTP上傳

在預上傳界面打開FTP的上傳說明，或者在第7步勾選FTP選項。

1. 按圖10，記錄紅框中的相關信息。

圖10 FTP上傳提示

2. 打開軟件，本地站點打開對應文件夾（圖11）。

圖11 FTP上傳文檔選擇

3. 建立連接（圖12），輸入對應主機（Address），用戶名（Username），密碼（Password）。

圖12 與NCBI建立連接

4. 輸入遠程站點分配的目錄位置，enter鍵進入上傳目錄（圖13）。

圖13 遠程連接

5. 在左邊的“本地站點”找到要上傳的文件夾，點擊鼠標右鍵，點“上傳”，頁面下邊則會有文件在上傳的隊列中。上傳完成后，回到NCBI界面刷新。

|Overview 總覽

上傳完成后可檢查所有信息，確認無誤后提交。

跳轉至my submission，顯示已提交，等待處理。大約10分鐘后，Bioproject和Biosample一般會先處理完成，然后SRA待處理（圖14）。1-2天后，SRA處理完成，即可獲得樣本和項目的SRA編號。

圖14 上傳進程查看

由于整個過程涉及到的編號非常多，所以我們進行了對比匯總，其中紅色編號表示可以用在文章中作為檢索測序數據的編號（圖15）。

圖15 NCBI上傳編號說明

以上就是原始測序數據上傳至NCBI的SRA數據庫的所有操作指南，希望能幫助大家在數據上傳時少走一些坑，讓數據上傳之路暢通無阻~

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的检查文件上传完成_“我的数据上传NCBI又报错了...” “攻略拿去！”的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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