今天培訓(xùn)群里有人問了這么一個(gè)問題：這個(gè)熱圖上面的樹是根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系畫的嗎？

這個(gè)問題不只問過一次，類似的問題也有一些，拿到一個(gè)圖不知道各部分是怎么來的?？吹綐渚鸵詾槭沁M(jìn)化樹，看到點(diǎn)就是差異基因，看到顏色就是表達(dá)。

遇到這種問題，原因一般有 2 點(diǎn)：

主觀原因：對圖的含義不理解，對圖怎么畫出來的不清楚

客觀原因：很多工具包裝太好，輸入一個(gè)大對象，出各種圖，不細(xì)了解的人不知道每個(gè)圖的輸入數(shù)據(jù)是啥 （后面落腳還是主觀原因）

針對這個(gè)圖，如果問“這個(gè)樹是根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系出來的嗎？”

首先考慮作圖時(shí)有沒有直接提供給程序系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

其次考慮有沒有提供數(shù)據(jù)讓程序推斷系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，比如有沒有提供序列信息 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

再次考慮每個(gè)分支是不是標(biāo)準(zhǔn)的物種名字，部分程序可以根據(jù)物種名獲取進(jìn)化關(guān)系 - 如果不是，那就不是系統(tǒng)進(jìn)化樹。

這個(gè)圖推測繪制的應(yīng)該是樣本相關(guān)性熱圖，提供的是樣本中基因或 OTU 或其它指標(biāo)的豐度數(shù)據(jù)，計(jì)算相關(guān)性（也可能直接提供相關(guān)性矩陣），再進(jìn)行層級聚類出的熱圖。樹代表的是層級聚類的結(jié)果。

其它圖也是，問出問題時(shí)看下自己的輸入數(shù)據(jù)，給的是什么數(shù)據(jù)，再去解釋圖。

富集分析的圖，每次問起每個(gè)點(diǎn)代表什么，會有人說“基因”；顏色代表什么，會有人說“基因表達(dá)量”。這也許就是思維定式，“看到顏色就是表達(dá)”。仔細(xì)看看圖例，想想輸入數(shù)據(jù)。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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