精选| 2021年5月R新包推荐(第54期）
翻譯：黃小偉，資深大數(shù)據(jù)分析從業(yè)者。目前就職杭州有贊數(shù)據(jù)分析團(tuán)隊(duì)!
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2021年5月，205個(gè)R新包收錄于CRAN（2021年4月份收錄179個(gè)），累計(jì)收錄約19,088個(gè)R包！此次選摘了40個(gè)R包（10個(gè)類別），分布結(jié)構(gòu)如下：
一. 計(jì)算方法
1.?madgrad: 實(shí)現(xiàn)隨機(jī)優(yōu)化的自適應(yīng)雙平均梯度法?MADGRAD.
2.?TriDimRegression: 提供使用Stan擬合2D和3D變換的函數(shù)，Stan返回?cái)M合參數(shù)的后驗(yàn)分布.
二. 數(shù)據(jù)
1.?AtmChile: 提供來自智利國家空氣質(zhì)量系統(tǒng) (S.I.N.C.A.) 的空氣質(zhì)量和氣象信息.
2.?basemaps: 提供一個(gè)輕量級接口，用于從開放源（如OpenStreetMap、Mapbox等）訪問spatial basemaps.
3. causaldata: 提供用于運(yùn)行在線因果推理教科書：The Effect and Causal Inference: What If 中的示例問題的數(shù)據(jù)集.
4.?exoplanets: 提供對 NASA外行星檔案的訪問.
5.?frenchdata: 提供對 Kenneth 的法國金融數(shù)據(jù)庫的訪問.
6.?tradepolicy: 提供對Yotov等人（2016）數(shù)據(jù)集的訪問，以及一本包含評論和代碼的在線書籍.
三.?基因組學(xué)
1.?artemis: 為環(huán)境DNA采集實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)和分析提供了一個(gè)建模框架.
2.?MAGEE: 提供執(zhí)行基于變體集的主效應(yīng)測試、基因-環(huán)境相互作用測試和關(guān)聯(lián)聯(lián)合測試的功能，如 Wang 等人提出?(2020).
3.?MultIS: 實(shí)施生物信息學(xué)方法來檢測同一克隆內(nèi)病毒載體的多重整合.
4.?TopDom: 提供從 Hi-C 序列數(shù)據(jù)中識別基因組拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)域的功能，如 Shin 等人所述(2016).
四. 機(jī)器學(xué)習(xí)
1.?cjbart: 使用貝葉斯加性回歸樹 (BART) 實(shí)現(xiàn)分析聯(lián)合實(shí)驗(yàn)的工具，這是一種由 Chipman & McCulloch (2010) 開發(fā)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法.
2. fastText: 實(shí)現(xiàn) Facebook 的 fastText 庫的接口，見 Bojanowski 等人?(2017) 對算法的描述.
五. 醫(yī)藥領(lǐng)域
1.?afdx: 提供在沒有黃金標(biāo)準(zhǔn)時(shí)，通過使用對數(shù)指數(shù)模型或潛在類別模型估計(jì)歸因分?jǐn)?shù)來估計(jì)診斷測試的診斷性能（靈敏度、特異性、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值）的功能.
2.?covidcast: 為Delphi 的 COVIDcast Epidata 提供接口，包括用于數(shù)據(jù)訪問、地圖和時(shí)間序列繪圖、基本信號處理的工具，以及與美國 COVID-19 大流行相關(guān)的眾多指標(biāo)的集合.
3.?eventTrack: 在臨床試驗(yàn)中實(shí)施用于事件預(yù)測的混合框架，如 Fang & Zheng (2011) 所述.
4.?goldilocks: 如 Broglio 等人所述?(2014)，使用分段指數(shù)模型和共軛 Gamma 先驗(yàn)分布為事件結(jié)果的時(shí)間實(shí)現(xiàn) Goldilocks 自適應(yīng)試驗(yàn)設(shè)計(jì).
六. 科學(xué)
1.?CopernicusDEM: 使用AWS CLI命令行工具提供與歐洲航天局哥白尼DEM數(shù)字高程模型的接口，分辨率為90米和30米.
2.?nimbleCarbon: 在靈活的建模框架內(nèi)，為放射性碳日期的貝葉斯分析提供函數(shù)和自定義概率分布，包括用于人口統(tǒng)計(jì)推斷的前后預(yù)測檢查的一套函數(shù)，如Crema&Shoda（2021）所述.
七. 統(tǒng)計(jì)領(lǐng)域
1. bayesmodels: 提供一個(gè)框架：將許多貝葉斯模型引入 tidymodels 生態(tài)系統(tǒng).
2.?div: 提供幫助分析公司環(huán)境中團(tuán)隊(duì)的功能，評估每個(gè)級別和工作的多樣性，搜索偏差，還提供模擬偏差影響的方法.
3.?HotellingEllipse: 提供計(jì)算Hotelling橢圓的半軸長度和坐標(biāo)點(diǎn)的函數(shù).
4.?makemyprior: 提供用于構(gòu)造和可視化方差參數(shù)的聯(lián)合先驗(yàn)的工具.
5.?Rage: 如Jones等人（2021）所述，提供使用矩陣人口模型（MPM）計(jì)算生命史指標(biāo)的函數(shù).
6.?unusualprofile: 提供函數(shù)來計(jì)算一組結(jié)果變量的每一行的馬氏距離.
八. 時(shí)間序列
1.?gsignal: 實(shí)現(xiàn)了Ovtave信號包，它提供了多種信號處理工具，如信號產(chǎn)生和測量、相關(guān)和卷積、濾波、濾波器設(shè)計(jì)、濾波器分析和轉(zhuǎn)換、功率譜分析、系統(tǒng)識別、抽取和采樣率變化等.
2.?legion:?提供用于實(shí)現(xiàn)多變量狀態(tài)空間模型（如向量指數(shù)平滑和向量誤差趨勢季節(jié)模型）的函數(shù)，用于時(shí)間序列分析和預(yù)測，如de Silva et al.（2010）所述.
九.?應(yīng)用工具
1. parsermd: 使用 Boost Spirit X3 庫實(shí)現(xiàn) R Markdown 文檔的正式語法和解析器。它還包括一組用于處理生成的抽象語法樹的高級函數(shù).
2. riskmetric: 提供用于根據(jù)多個(gè)指標(biāo)評估 R 包的工具，以幫助量化其穩(wěn)健性.
3.?shinyvalidate: 通過在缺少所需輸入或輸入值無效時(shí)提供反饋，提供改善 Shiny 應(yīng)用程序用戶體驗(yàn)的功能.
4.?ttt: 提供工具來創(chuàng)建結(jié)構(gòu)化、格式化的 HTML 表格.
十. 可視化
1.?fitbitViz: 實(shí)現(xiàn)與 Fitbit Web API 的連接，以提供 ggplot2、Leaflet 和 Rayshader 可視化.
2.?ggbreak: 提供用于為 ggplot2 設(shè)置軸中斷的比例函數(shù).
3.?ggpp: 提供對ggplot2的擴(kuò)展，以使用本機(jī)和npc數(shù)據(jù)坐標(biāo)向繪圖添加插入.
4. ggseg: 實(shí)現(xiàn)一個(gè)ggplot geom，使用簡單的功能繪制大腦圖譜。包中最大的組件是兩個(gè)內(nèi)置地圖集的數(shù)據(jù).
5.?ichimoku: 實(shí)現(xiàn)Ichimoku Kinko-Hyo，也就是通常所說的云圖，包括靜態(tài)和交互式可視化，以及用于創(chuàng)建、回溯測試和開發(fā)定量Ichimoku策略的工具.
6.?liminal: 為高維數(shù)據(jù)探索性分析提供組合交互式可視化和創(chuàng)建鏈接交互式圖形的功能.
7.?mipplot: 提供通用功能，按照綜合評估建模聯(lián)盟（IAMC）提交格式生成面積圖、條形圖、方框圖和折線圖，以便可視化氣候遷移場景.
8.?qqboxplot: 將Q-Q箱線圖作為ggplot2的擴(kuò)展實(shí)現(xiàn).
說明：限于個(gè)人水平，錯(cuò)誤之處難免，煩請批評指正，共同交流~
https://rviews.rstudio.com/2021/06/24/may-2021-top-40-new-cran-packages/
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的精选| 2021年5月R新包推荐(第54期）的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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