通常情況下我們的處理是針對多個樣品的，比如多樣品質控、多樣品比對、多樣品定量等。這時就需要用到循環來簡化、優化計算了。

假如我們有一個命令如下（這是群里的提問，這條命令是把質量值編碼 Phred64 轉為 Phred 33）

# 輸入文件 sample1.fq # 輸出文件 sample1_33.fq vsearch --fastq_convert sample1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample1_33.fq

這條命令可以處理單個文件，假如有 3 個文件呢？這難不倒勤奮的小能手。

把命令寫 3 遍，改6 次樣本名。

# 輸入文件 sample1.fq # 輸出文件 sample1_33.fq vsearch --fastq_convert sample1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample1_33.fq vsearch --fastq_convert sample2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample2_33.fq vsearch --fastq_convert sample3.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample3_33.fq

如果有 100 個文件呢？把命令寫 100 遍，改200 次樣本名。

倒也不是太難的事！

但應該有好一點的辦法。

這就用到我們前面提到的for循環了。for循環有個固定格式for .. in .. do .. done，我們看看是怎么工作的。

for i in `seq 1 3`; do echo $i; done

這個命令本身沒啥意義，只是展示for的語法，變量i依次被賦值為了1,2,3，并且打印了出來，輸出為：

1 2 3

假如你的樣本名正好是sample1, sample2, sample3，那可以套用下。

for i in `seq 1 3`; do echo "sample"$i".fq"; done

輸出為 各個樣本的測序結果文件名

sample1.fq sample2.fq sample3.fq

這樣就通過命令的方式實現了各個樣本文件的遍歷。下一步，怎么把上面轉換編碼格式的命令套進來呢？

# 把變量 i 把每次循環獲得的值轉換為樣本名字 for i in `seq 1 3`; do vsearch --fastq_convert "sample"$i".fq" --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout "sample"$i"_33.fq"; done

這個代碼寫好了，對不對呢，可以打印一下看看：

# 命令前加一個 echo for i in `seq 1 3`; do echo vsearch --fastq_convert "sample"$i".fq" --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout "sample"$i"_33.fq"; done

打印出來，與前面自己手寫的比較下，一模一樣。這樣就實現了循環了，去掉 echo 就可以實際運行了。

vsearch --fastq_convert sample1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample1_33.fq vsearch --fastq_convert sample2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample2_33.fq vsearch --fastq_convert sample3.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout sample3_33.fq

假如樣本名沒有統一的規律，或者更復雜一些呢？

一般是需要準備一個metadata.txt的文件，里面至少包含兩列信息，樣本名字和樣本分組。

需要注意的是：metadata.txt中樣本名字需要與樣本的測序結果文件存在統一的對應關系

假如我們有4個樣品，名字如下，我們寫一個metadata.txt文件 (這里我們只用到了第一列)：

Sample Group WT1 WT WT2 WT KO1 KO KO2 KO

對應的序列分別為WT1.fq, WT2.fq, KO1.fq, KO2.fq。

# 命令前加一個 echo for i in `tail -n +2 metadata.txt | cut -f 1`; do echo vsearch --fastq_convert $i".fq" --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout $i"_33.fq"; done

輸出如下，可以直接拷貝運行，或去掉上面語句中的echo就可以直接運行了。

vsearch --fastq_convert WT1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout WT1_33.fq vsearch --fastq_convert WT2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout WT2_33.fq vsearch --fastq_convert KO1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout KO1_33.fq vsearch --fastq_convert KO2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout KO2_33.fq

for語句用起來方便，但樣品多時只能所有樣品串行運行或同時并行運行（當然也可能可以用wait控制并行的數量）。這里推薦另外一個工具rush, 這是重慶醫科大學沈偉博士開發的一個并行工具，https://github.com/shenwei356/rush，很好用。跨平臺，免安裝，下載即可用。

tail -n+2 metadata.txt | cut -f1 | rush -j 2 \"echo vsearch --fastq_convert {1}.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout {1}_33.fq"

運行輸出如下，除了命令順序有變化，看上去與for沒什么不同。關鍵參數有 2 個：

-j 2表示同時運行 2 個樣本，所以下面的輸出順序才有些亂；

如果去掉 echo，會發現同時有 2 個樣本正在轉換。

當然這里的 2 可以改為任意非 0 的正數，控制同時運行的命令數目。

{1}: 樣本名會替換在這里。

vsearch --fastq_convert WT1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout WT1_33.fq vsearch --fastq_convert WT2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout WT2_33.fq vsearch --fastq_convert KO2.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout KO2_33.fq vsearch --fastq_convert KO1.fq --fastq_ascii 64 --fastq_asciiout 33 --fastqout KO1_33.fq

如果你習慣用parallel也可以。

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總結

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