▼生物信息學習的正確姿勢（第三版）

NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內容。

較早時發表的生物信息之程序學習闡述了我自己學習程序的歷程，這次學習下廈大統計系Dwzb同學關于編程的一些思考，關鍵兩點：輸入和輸出；即是程序的輸入和輸出，也是知識的輸入和輸出，更是腦力的輸入和輸出。讀進來的知識是別人的，能寫出的東西才是自己的。有出有進，才能細水長流，匯成江河。

生信學習學的是什么？常識！

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作者：?Dwzb?, 公眾號Python愛好者社區專欄作者 ，授權轉載?
廈門大學統計專業學生
知乎專欄：https://zhuanlan.zhihu.com/Data-Analysis

很久以來，我一直都有這樣兩個困惑：

• 統計專業學習編程應該系統學習還是遇到問題再找答案？

• 要不要寫博客？寫博客對自己的編程水平有多大提升？把自己的技術全部分享出去是不是會被超越？

最近我才把這兩個問題徹底想清楚，而且這兩個問題的根源在同一個地方，寫在這里和大家分享一下。

首先我來回答一下這兩個問題：

• 第一，其實系統學習和現查都是可以的，兩條路徑都可以成為大神，并沒有哪條路徑是捷徑的說法，just do it! （PS：我個人傾向于系統學習）

• 第二，要寫博客，提升非常大，也不會被超越

為什么是這個答案呢？因為編程語言掌握的好不好，完全在于你付出的時間多不多，會不會思考總結，而不在于你學習的途徑。只有解決了足夠多的報錯，并進行總結歸納，你對這個編程語言才會有基本的直覺，這個直覺比任何顯式的知識都重要，但卻常常為人所忽略。

下面是我的理由。

系統學習還是遇到問題再找答案

我相信這個困惑是比較普遍的

• 對于主張系統學習的人來說，他們沒有掌握這個用法是不敢直接去做項目的，總會覺得心里沒底，遇到什么bug解決不了怎么辦，所以他們總會在做之前先對這個東西有一個比較系統的認識，我就是這樣。但是這又會帶來一個問題，那就是系統了解要花費大量的時間，而且學過的東西很容易忘記；最重要的是，即使系統學習過，做項目的時候還是會遇到之前沒想過的問題。

• 對于主張遇到問題再找答案的人來說，他們會遇到找不到答案的情況，當你在毫無了解的情況下，在搜索時有時連該輸入什么關鍵詞都不知道。還有一種情況是，明明有現成的方法，你卻不知道，自己造輪子還造不出來，陷入絕望中。

兩種人都羨慕對方的優勢，同時又畏懼按照對方那么做而產生的弊端，于是陷入迷茫。我在學習生信的系列書籍中一提到過我自己的一點理解。

這時，我們如果能意識到下面這點，就不會有迷茫的感覺了。

要想成為其他人眼中的編程高手，無論走哪一條路，都是行得通的，但是都有兩個前提：要花費大量時間精力、要思考總結。

相信更多的人會主張邊做邊查，所以先說這一點。我見過這樣做成為大神的人，也見過因為這樣而被一個小bug卡住半天的人，他們的區別在哪里？在編程上花的時間精力不一樣，對編程的興趣不一樣。

• 大神遇到bug會搞清楚它產生的原因，保證以后不會再犯，每遇到一個bug都積累一次經驗。甚至他們會通過這個問題思考出一些新的問題，完善這方面的知識體系，積土成山。長此以往，他們的知識體系也會非常完整，對待bug有自己的一套解決方案。

• 而小白則只要能跑出結果不報錯就滿足了，他們甚至不知道結果是不是自己想要的，更不會去深究、擴展這方面的技術細節。編程對他們來說是噩夢，沒有bug就謝天謝地，無論做了多少項目，他們依然是小白（而且他們可能會逃避這種項目，做的也沒有大神多）。

我們可以看到，大神良性循環，小白惡性循環，逐漸走到兩個極端。生活中的編程大神幾乎不會問編程問題，而小白問的問題你只要百度一下就能幫他找到答案了。這是肯不肯思考總結的差別、肯不肯花時間精力的差距。所以只要肯思考總結花精力，邊做邊查的弊端是可以完美解決的。

接下來，我們來討論系統學習的情況。系統學習中也會出現上面提到的大神和小白。這點拿我自己的經歷來說就可以了。

我在學習python的時候，廖雪峰老師的教程我看過不下5遍，每一次我都不怎么敲代碼就覺得自己已經會了，之后也沒去用，一段時間之后就全都忘記了，之后我又會去看一遍，然后又忘記，如此循環往復。直到后來我真的去敲代碼了，用的比較多了，才逐漸熟悉python的語法的。

后來我有指導過女朋友入門python，也是看的廖雪峰老師的網站。她之前沒怎么接觸過編程，但是學python的時候每一行代碼都會自己敲一遍，現在已經掌握的不錯了。不過從當時她問我的問題上來看，我深刻地認識到，正確的代碼就擺在那里，你還是會敲錯，新手總是會犯在我看來非常低級的錯誤，但是每個人都會經歷那個階段。不去敲代碼，一個低級錯誤在你眼中可能就是不可逾越的高山。

我舉這個例子是想說，系統學習的一個弊端在于你學的東西可能在短時間內用不到，于是非常容易忘記。這種情況無法避免，但是這并不一定說明你的時間是浪費掉了的。如果你學習的時候只是看別人的代碼就以為自己懂了，那么你的時間確實是浪費掉了。但是如果你是邊敲著代碼，有時還會思考出一些新的問題，并去尋找解決方法的話，這個時間完全沒有浪費掉。下面我來解釋一下二者的區別。

在我們敲代碼的時候，掌握的并不只是當前代碼的知識，而且還有一些潛移默化的、你自己可能都沒有意識到的收獲。可以這么說，我們看教程、看幫助文檔學習一個個函數、語法、數據類型的時候，收獲最大的不是了解了這些東西，而是你寫代碼調試的過程。所以如果你只是在看，或者復制粘貼運行，沖著那些具體的“知識”去的，那就完全失去了這段時間學習的意義。

我還是拿自己的親身經歷來舉例。當初我學習R語言時，幾乎看遍了dplyr data.table ggplot2等包的幫助文檔中的所有函數，不僅運行了他們的示例代碼，而且不斷思考實際中會需要怎么用，實際中需要什么功能。讀者可以從下面3點中看出這樣做的好處

• 我思考函數在實際中應用的時候，經歷了自己編寫、報錯、查找答案的過程。這個過程其實和其他人做項目時的過程沒有什么區別，只不過一個是項目中遇到問題，一個是自己給自己提問題，都可以起到鍛煉編程能力的效果。如果說做項目可以遇到自己想不到的問題，從而更大豐富自己的經驗；那么我要說幫助文檔中的例子、函數中形形色色的參數經常非常富有啟示性，可以達到開拓視野的作用。

• 自己寫代碼、解決問題的過程可以讓這塊知識更難忘記，即使忘記也能留下比較清晰的痕跡，隨便查一下就可以馬上熟悉。

• 第三個非常重要的點我稱之為信仰。你相信自己的代碼一定能正常運行，相信一個bug可以順利解決，相信看這個資源可以學到你想要的東西，這些是我所說的信仰，這些信仰是從編程中潛移默化獲得的，也是最有價值的部分。舉幾個例子

對代碼的信仰。假設你剛學會使用爬蟲抓取10個頁面的信息，現在讓你抓取1萬個頁面的信息，你心里虛不虛。你想可以把原來循環中的10改成10000，但是又不敢確定它能正常運行。運行一會兒發現果然報錯，然后你找到了解決問題的辦法，設置了代理ip，再啟動爬蟲，你心里還是虛的。果然，又報錯了，可能頁面增多解析時需要處理特例，修改后再運行.....心里虛就是沒有信仰的表現，因為沒有成功實現過，就怕解決了一個問題又來一個，問題多了心態就崩了，尤其是在這個任務是很急迫的時候。

遇到bug時的信仰。在剛剛接觸編程的時候，我就聽說過stackoverflow這個網站是非常好的，幾乎你遇到的所有編程問題都可以再這個網站上找到答案。當時我也去看了一下，看到那些寥寥幾個贊的回答，心中大不以為然。直到后來編程越來越多，我才逐漸認識到，真的是幾乎所有問題都有人實現碰到過并在這個網站上討論。我認為這是一種信仰的建立，長期查找才能建立起這些途徑信仰，這可以讓你遇到新問題時知道應該怎么找答案，甚至相信什么樣的問題到哪里一定能找到答案，這樣你在遇到bug或者需要了解新問題時幾乎不會有焦慮感，對編程不會有挫敗感，反而有解決問題的快感。

資源的信仰。我們經常看到，一篇文章列出了各種書籍、pdf、視頻資源，人們往往趨之若鶩，最后絕大多數都只是收藏下來再也不會翻看。其中的根本原因在于他們對這些推薦的資源沒有信仰，就算別人吹的天花爛墜，自己沒有親自看一下依然不會完全相信這是非常好的資源，沒有這種信仰自然就沒有驅動，不說當前沒有學這個的需求，即使之后有這個需求也想不起來這個時間收藏過這個東西了。

博客的信仰。學習編程很多時候是看網上的博客學習的，長期接觸一些博客也會對一些博客產生信仰，比如愿意無條件接受某個公眾號的文章一定是精品。對于我來說，遇到一個bug我喜歡去stackoverflow這樣的問答社區，當需要系統掌握一塊知識（比如字符編碼）的時候，我就會去尋求博客。當搜索引擎不能幫我挑選出優質文章的時候，我一般會搜“字符編碼伯樂在線”，因為在我的印象中伯樂在線的文章沒有一篇水文。看，當你看到我這么說的時候，你肯定對伯樂在線有點好奇，但是你肯定只是想去確認一下是不是真如我所說，甚至會認為我在打廣告，而不會建立和我一樣的信仰。而當你親自看過才有可能建立這個信仰。

系統學習對于建立信仰非常有幫助，因為這個時候不像做項目有個截止時間催著你，你可以盡情享受各種報錯和找答案的過程，逐漸培養自己的信仰。信仰也是一種直覺，是潛移默化的收獲，也是我們在討論競爭力時常常忽略的一點。但是獲得信仰的前提也是要主動去查、主動去試，花費時間精力思考總結。

總結

看完上面的論述后，再回過頭來看邊做邊查和系統學習的困惑，應該豁然開朗了。無論哪種方式，要想在編程方面達到很高的水平，都需要付出大量的精力，沒有捷徑可以走，只有一直在寫代碼，一直總結，才可以成為大神。區別只在于這個人是不是想成為大神了。

而邊做邊查和系統學習這兩種學習方法則是因人而異，首先看你習慣哪一種，其次看你能不能接觸到項目。

這一點擴展到是否要寫博客的問題上也很清楚了。

以我自己寫博客的經歷來看，寫博客能極大促進自己思考，解決以往會回避的問題。因為我以前學習可能會糊弄自己，但是現在我不能糊弄讀者，這應該算是一種責任。

以前我看別人博客學習的方式是，跟著博客的思路學習那些函數、用法等；而且學了一篇我就覺得掌握了80%的東西，就認為自己已經掌握了。

而現在我看別人的博客從來不跟著他的思路，我會按照自己要寫的文章的思路進行學習。一個知識點我要寫成一篇文章，需要進行下面這些步驟

• 首先模棱兩可的概念我需要查清楚了才能寫下來

• 然后我會思考關于這個知識點我曾經遇到過的所有有關的問題，全部列出來

• 對于我列出來的點，可能有一些東西只是處于知道的層次我要查資料搞清楚

• 然后關于這個知識點，我要看網上的文章都寫了哪些東西，是否有一些我之前沒有接觸到的點

• 整理好所有的點之后，我要排列先后順序、組織哪些點放在一起講、用什么樣的示例等，還要用通俗易懂的語言講出來

• 最后我寫出來的文章必須是網上能找到的教程中最全面，還要是能看懂的

可以看到，我通過寫博客來掌握知識，就會力求掌握該領域100%的知識。這樣做我很明顯發現，我學過的東西真的沒有那么容易忘記，而且復習起來很快，這應該也是跑那些困難的程序帶來的信仰。

所以說寫博客對自己編程水平的提升是非常顯著的。當然，寫那種復制粘貼官網代碼，毫不重新組織思路的博客是沒有什么幫助的。

最后只剩下一個問題：寫的這么辛苦的博客，被別人看了會被超越嗎？

我相信這個問題的根源在于，覺得別人會比自己更快地學會這些知識，自己的努力完全就是在給他人做嫁衣。

那么我們不談別人能不能看全你所有文章的問題，也不談他是不是走馬觀花不自己寫代碼運行，就看那些知道該怎么學的人非常精致地扒著你的博客來學的人。

就算有人能做到這一點，他也不會輕易超過你，因為他這么精致地學習，即使有你的博客做輔助，也是要花費大量的時間的，這個時間不亞于你當初學習的時間。我們舉一個例子，你在博客中說如果這個參數換成某某，結果就大不相同，讀者自己嘗試。你這么寫肯定是嘗試過了，他如果不自己再嘗試一下，只是知道了，并不會產生和你一樣的對這個參數的信仰。這一點的外在表現是，他在跟別人說這個參數的時候，不會有自信說一定會得到這個結果，只敢說應該會，因為他自己沒有試過，有時候相同的代碼在不同機子上結果就是不一樣（有時用的不同IDE就會不一樣）。

更何況他沒有自己組織邏輯的過程，思考也不會比你更深入。你什么都在博客里解決了，也喪失了自己去查資料的機會，在信仰這方面的收獲就缺失了。

最后還是那句話，顯式知識的學習不如潛移默化的提升更有價值，當你的信仰建立起來，學什么知識都是手到擒來。編程能力是要靠大量時間堆積起來的。開始寫博客吧！（歡迎投稿）

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授權轉載自：Python愛好者社區。

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總結

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