很多優(yōu)秀的生物信息學(xué)軟件，如QIIME、QIIME 2、LEfSe等沒有Windows版，而使用VirutalBox虛擬機(jī)不僅效率低，而且掛載外部硬盤和使用中也經(jīng)常遇到各種問題，配置和使用詳見 - 擴(kuò)增子分析流程1. QIIME虛擬機(jī)安裝配置及掛載外部目錄。

好在Windows 10自16年9月起支持內(nèi)置Linux系統(tǒng)，經(jīng)過幾年發(fā)展后使用也比較穩(wěn)定，目前有最新Linux發(fā)行版Ubuntu 20.04 LTS可用，可直接通過微軟商店(Microsoft Store)安裝。

安裝后可通過程序中的Ubuntu 20.04 LTS直接打開終端使用，也可以Rstudio中的Terimal來調(diào)用，使用非常方便。

圖1. Ubuntu的終端(上)和RStudio中的Terimal(下)使用Windows 10中的Linux子系統(tǒng)

安裝前配置

Win 10中的Linux子系統(tǒng)類似于Docker，需要較高的權(quán)限，因此在使用前可以需要調(diào)整一些系統(tǒng)設(shè)置才能順利安裝和使用。

更新系統(tǒng)，確保Win10系統(tǒng)版本>1606，建議為最新版，提高系統(tǒng)兼容性和安全性：開始 —— 設(shè)置 —— 更新和安裝

上圖顯示系統(tǒng)需要更新。“立即重新啟動”可使已經(jīng)安裝更新生效。“下載和安裝”可以繼續(xù)安裝更新。可能要反復(fù)下載更新重啟幾次。

顯示“你使用的是最新版本”，系統(tǒng)為最新版。

2. 啟動開發(fā)人員模式

同一個頁面，左側(cè)選擇“開發(fā)者選項” —— 切換至“開發(fā)人員模式”，點(diǎn)擊“是”確認(rèn)，會自動安裝開發(fā)人員模式程序包，并啟動桌面遠(yuǎn)程工具等。

3. 啟動適用于Linux的Windows子系統(tǒng)

Win10開始菜單旁“搜索”按鈕，查找“控制面板”并打開，選擇”程序” —— “程序與功能”子頁面，點(diǎn)擊“啟用或關(guān)閉Windows功能”，托動滾動條至最低部，勾遠(yuǎn)“適用于Linux的Windows子系統(tǒng)” ，再點(diǎn)擊“確定”。

程序會自動安裝相關(guān)底層軟件，然后選擇立即重新啟動。

4. Win11還需要安裝?WSL

點(diǎn)擊鏈接下載 https://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msi，雙擊安裝即可

5. Win11還需要在 PowerShell 中運(yùn)行下面一句 wsl --set-default-version?1

從微軟商店安裝

Win10開始菜單旁“搜索”按鈕，查找“app”并打開“Microsoft Store”，搜索“Ubuntu”，選擇“Ubuntu 20.04 LTS”。

注：20.04 LTS目前是最新版，但新版可能也會出現(xiàn)一些舊軟件沒有測試和優(yōu)化不支持的問題。如果使用的工具出現(xiàn)安裝和使用時系統(tǒng)環(huán)境不支持的問題，可安裝Ubuntu 18.04 LTS嘗試解決。

點(diǎn)擊安裝，需要下載444.6 MB的安裝包。安裝完后“安裝”會變成“啟動”，開始菜單也會增加新的APP“Ubuntu 20.04 LTS”。

注：第一次啟動會進(jìn)行軟件安裝和布置，須等待幾分鐘。

提示輸入用戶名和密碼。然后進(jìn)入命令行模式，開始你的分析工作吧！

安裝到其它盤

從https://www.microsoft.com/en-us/p/ubuntu-2004-lts/9n6svws3rx71#activetab=pivot:overviewtab 直接下載 Ubuntu 子系統(tǒng)（報名后也可從我們 QQ 群下載），放在其它盤，然后雙擊打開即可完成安裝。

環(huán)境和目錄介紹

Ubuntu20.04的安裝目錄:

%userprofile%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu20.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState

其中Linux系統(tǒng)中的根目錄/為其中的rootfs目錄，

你的家目錄(~)則為其中的/home/yourname目錄。

注：%userprofile%代表用戶家目錄，如C:\Users\Yourname\

程序會自動掛載系統(tǒng)硬盤，如c/d盤，分別對應(yīng)的目錄為/mnt/c，/mnt/d，我們開展分析使用windows下的文件也可以輕松找到。

使用

方法1.?

在開始菜單中選擇“Ubuntu 20.04 LTS”可以打開終端使用Linux，該終端支持右鍵粘貼功能，方便復(fù)制代碼，在終端中快速粘貼并運(yùn)行。

方法2. RStudio中使用。

RStudio可以打開Shell流程，逐行運(yùn)行，方便隨時修改，而且不必復(fù)制和粘貼代碼。

在RStudio的Tools菜單中，選擇Options，切換為Terminal選項卡，修改“New terimnals open with”為“Bash (Windows Subsystem for Linux)”

再打開Rstudio中新的Termianl即為Linux系統(tǒng)的命令行。

在Linux下軟件安裝主要使用conda安裝

# 下載 wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安裝 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f # 加載環(huán)境 ~/miniconda3/condabin/conda init

關(guān)閉終端，再重新打開，conda環(huán)境即可生效。

conda的安裝和使用可進(jìn)一步閱讀下文：

• 一文掌握Conda軟件安裝：虛擬環(huán)境、軟件通道、加速solving、跨服務(wù)器遷移
  

• 軟件安裝不上，可能是網(wǎng)速慢！Conda/R/pip/brew等國內(nèi)鏡像大全

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Windows10/11安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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