UCSF Chimera是一個用于分子結構和相關數據的交互式可視化和分析工具。主要包括：密度圖，超分子組合，順序排列，對接結果，軌跡和構象整合。也可以生成高質量圖像和動畫。

軟件下載

UCSF Chimera為免費軟件，最新版本為Chimera-1.15，可根據電腦系統選擇下載，可支持Win、Mac和Linux系統。下載鏈接如下：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

下載完成后全部默認安裝即可

基本操作

UCSF Chimera的基本操作與PyMOL大致相同，首先準備好一個PDB文件。我們以HBB蛋白為例，使用UCSF Chimera打開，默認結構為ribbon。

使用鼠標左鍵轉動蛋白結構，按住鼠標右鍵可以進行放大和縮小，按住鼠標滑輪可以進行平移。

按照如下順序點擊，可查看蛋白序列

選擇該蛋白的α螺旋區域，并調整該區域的顏色

設置背景顏色

顯示/隱藏區域：通過調整藍框中的兩條黃線，顯示或隱藏蛋白質的一部分區域

蛋白質結構比對

我們以HSPA1L蛋白為例（PDB: 3GDQ），首先打開HSPA1L蛋白（棕色），通過“File→Open”打開第二個蛋白結構（HSPA1L?Ala268Thr突變，藍色）（按照下圖預測）。

顯示氫鍵

首先我們需要隱藏周圍的水分子，點擊"Select→Residue→HOH"。按住鍵盤的“Ctrl”，選擇配體中的一個原子，按鍵盤的“↑”鍵，選中完整配體，點擊“Tools→Structure Analysis→FindHBond，勾選1“Only find H-bonds”，顯示配體與周圍氨基酸的氫鍵作用。

測量兩個原子之間的距離

按住鍵盤的“Ctrl”和"Shift"，選中的兩個原子，點擊“Tools→Structure Analysis→Distances”，點擊Create，可顯示兩個原子之間的距離

同樣的操作，可測量其他原子之間的距離?？梢园l現突變之后，其周圍氨基酸殘基（GLU270）與配體之間的氫鍵距離發生了改變

輸出圖片

按照如下操作，可將圖片保存成png、jpg、tiff等格式

UCSF Chimera下載免費，安裝簡單，輸出圖片較為美觀。與PyMOL相比操作較為復雜（如選擇殘基時需要同時操作鍵盤和鼠標），但UCSF Chimera做點突變時相比 PyMOL功能更強大，可以自動調整點突變后周圍其他氨基酸結構的變化。UCSF Chimera的資助于2018年結束，不再處于積極的開發中，只在關鍵維護時才進行更新。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的分子结构模拟工具UCSF Chimera的安装及基本操作的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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