做差異基因分析時經常會遇到有老師糾結是樣品組A比樣品組B還是樣品組B比樣品組A。每次我都是很詫異，這有區別嗎？

這是一個典型的DESeq2輸出結果，我們怎么知道他計算的是trt/untrt還是untrt/trt?

ID trt untrt baseMean log2FoldChange pvalue padj ENSG00000152583 1885.248 80.835 983.042 4.546 1.219e-91 2.149e-87 ENSG00000189221 4366.392 416.725 2391.559 3.387 9.955e-61 8.779e-57 ENSG00000179094 1353.139 161.359 757.249 3.065 2.435e-54 1.432e-50 ENSG00000116584 1450.876 3033.977 2242.427 -1.064 3.957e-49 1.745e-45

選2個基因做個例子就可以，ENSG00000152583的log2FoldChange是正值，這個基因在trt樣本組表達高；ENSG00000116584的log2FoldChange是負值，這個基因在untrt樣本組表達高；結果很明顯了，是trt/untrt。log2FoldChange為正時表示基因在處理后上調，為負時表示基因在處理后下調。

如果反過來，如下（給log2FoldChange列都乘以了-1）,log2FoldChange為正時表示基因在處理后下調，為負時表示基因在處理后上調。

ID trt untrt baseMean log2FoldChange pvalue padj ENSG00000152583 1885.248 80.835 983.042 -4.546 1.219e-91 2.149e-87 ENSG00000189221 4366.392 416.725 2391.559 -3.387 9.955e-61 8.779e-57 ENSG00000179094 1353.139 161.359 757.249 -3.065 2.435e-54 1.432e-50 ENSG00000116584 1450.876 3033.977 2242.427 1.064 3.957e-49 1.745e-45

其實就是描述方式不同。你可以在差異基因分析之前制定以哪個組做參考；如果沒有指定或忘記了指定，結果正好又是反過來的，直接對log2FoldChange取反就可以。

另外還有一個問題，在之前幾期課程也是常常被問起，log2 Fold change （有時簡寫為log2FC）是什么？初次不知道這個單詞的含義沒問題，如果不知道差異倍數就有點不好理解了。

首先看Fold change是什么？是差異倍數。怎么算的呢？正常計算是兩個組的平均值的商，具體到上面的例子就是trt/untrt，如ENSG00000152583的fold change是1885.248/80.835=23.32217。

為什么會取log2呢？我們看下下面這張圖。所有算出的小于0的Fold change轉為了負數，大于0的Fold change還是正數。且上調兩倍可轉為log2FC=1,下調兩倍可轉為log2FC=-1，轉換后的值上下調存在對稱關系，更有利于查看、篩選和繪圖。如常用篩選標準abs(log2FC)>=1可以獲得差異倍數2倍的上下調基因 (log(2)==1; log(0.5)=-1)。

fc=c(seq(0.25,1,length.out=4), seq(1,4,length.out=4))data = data.frame(fc=fc, log2fc=abs(log2(fc)))data$sign = ifelse(data$fc<1,'neg','pos')data# devtools::install_git("https://gitee.com/ct5869/ImageGP") library(ImageGP) sp_scatterplot(data, xvariable = "fc", yvariable = "log2fc", color_variable = "sign", manual_color_vector = c("red","blue"))

當然我們算出的log2FC跟DESeq2給出的不完全一致，是因為DESEq2做了進一步校正，但通常差別不大。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的蜜汁问题？差异基因分析谁比谁有差别吗？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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