Jalview是一個用于多序列比對編輯、可視化和分析的免費程序。使用系統發育樹和主成分分析 (PCA) 圖對序列進行分析，并探索分子結構和注釋。

Jalview 內置了 DNA、RNA 、蛋白質序列的結構可視化和分析功能，它使用 Jmol 查看 3D 結構，使用 VARNA 顯示 RNA 二級結構，Jalview 還可以連接數據庫進行分析服務。

軟件下載

Jalview為免費軟件，可根據電腦系統選擇下載，可支持Win、Mac和Linux系統。下載鏈接如下：

http://www.jalview.org/getdown/release/

安裝前請先下載安裝Java，下載完成后全部默認安裝即可。

使用體驗

安裝好Jalview后，打開軟件會自動彈出這些界面，這是該軟件的內置信息，目的就是為了展示該軟件的主要功能及可視化效果。可以通過下圖大致看到，可以實現以下功能：

1、多序列比對

2、顯示保守區間、比對質量和共有序列

3、對多序列比對結果進行編輯

4、構建進化樹

5、顯示序列的蛋白結構

通過如下操作，導入文件，可支持多種文件格式（.fasta、.aln等），也可直接導入clustalx的比對結果。

使用Jalview進行多序列比較，它可以使用的比對方法較多。

各軟件的比對速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比對準確性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。（參考：https://www.jianshu.com/p/19ce91d3dfe8）

這里我們使用的是Muscle

比較結果如圖所示

將多序列比較結果分行顯示

更改配色方案

更改序列的排列順序

隱藏保守區間、比對質量和共有序列注釋結果，將“Show annotations”取消勾選。

輸出圖片，可保存為HTML、PNG、SVG等格式

使用體驗

Jalview可一站式完成多序列比較、圖形的美化及編輯，使用的比對方法、算法豐富，圖形美觀、顏色多樣。此外還可以展示系統發育樹和蛋白結構（后續將測試、更新）。

Jalview一些功能需要聯網才能操作。可能不能隨意改變序列的排列順序及序列名稱（還未測試）。總體來講體驗較好，方便了相關科研和臨床工作。

另外，基于Web的JalviewJS應用程序的alpha版本也可以通過JalviewJS鏈接獲得。Jalview的基于Web的版本與Jalview Java程序相同，可使用Java2Script和SwingJS編譯成JavaScript。

往期精品(點擊圖片直達文字對應教程)

機器學習

后臺回復“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集

創作挑戰賽新人創作獎勵來咯，堅持創作打卡瓜分現金大獎

總結

以上是生活随笔為你收集整理的多序列比对软件Jalview的安装及使用体验的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。