细菌基因组 | rpoB的插入变异导致高度耐药性
時間：2020-6-16
單位：巴西路德大學(xué)
期刊：Tuberculosis (結(jié)核病專業(yè)雜志, IF: 3.13)
鏈接：https://doi.org/10.1016/j.tube.2020.102015
題目：在巴西南部發(fā)現(xiàn)一株對利福平具有高度耐藥性的結(jié)核分枝桿菌
前 言
? ?結(jié)核病 (Tuberculosis, TB)仍然是世界范圍內(nèi)的重大突發(fā)公共衛(wèi)生事件，目前控制該疾病的努力受到耐藥結(jié)核病 (Drug-resistant TB, DR-TB)病例高比率的威脅。結(jié)核病治療的總體成功率為82%，但多重耐藥 (Multidrug resistance-TB, MDR-TB)，即對兩種主要抗結(jié)核藥物異煙肼 (INH)和利福平 (Rifampicin, RIF)的耐藥性，與較差的治療結(jié)果有關(guān)，使治愈率降至60%。RIF具有很強(qiáng)的殺菌作用，是抗結(jié)核治療中最重要的藥物之一。
? ?RIF的作用機(jī)制為與rpoB基因編碼的RNA聚合酶 (RNAp)的β亞基結(jié)合，從而抑制細(xì)菌mRNA轉(zhuǎn)錄。結(jié)核分枝桿菌對RIF耐藥的發(fā)生一般與rpoB基因的單核苷酸替換有關(guān)，主要位于利福平耐藥決定區(qū) (Rifampicin resistance determining region,?RRDR)，是一個81bp的區(qū)域。
? ?在巴西南部的南里奧格蘭德州研究發(fā)現(xiàn)，在耐多藥結(jié)核分枝桿菌rpoB基因的435密碼子處插入12個核苷酸 (nt)，導(dǎo)致了4個氨基酸 (Q-N-N-P)重復(fù)，這種插入在世界上任何其他地區(qū)都沒有報道。因此，為了加強(qiáng)巴西南部結(jié)核病控制管理，需要闡明12nt插入的分子和表型后果，以及對這種菌株傳播到人群的理解。對于這一建議，基于WGS的研究方法篩選了南里奧格蘭德州的耐RIF結(jié)核分枝桿菌菌株，以確定攜帶12nt插入的菌株。本文研究了這些菌株之間的系統(tǒng)進(jìn)化 (Phylogenetic)關(guān)系，插入突變在抗性水平和生物學(xué)成本 (Biological cost)上的表型后果，以及對RIF結(jié)合效應(yīng)的影響的計算機(jī)預(yù)測。
結(jié) 果
人群與表型耐藥性
? ?在南里奧格蘭德州的174株耐RIF菌株中，有16株 (9.19%)在rpoB基因第435位密碼子上進(jìn)行了12nt插入，均為多重耐藥株。根據(jù)藥敏試驗 (DST)結(jié)果，在這16株MDR菌株中，一株對乙胺丁醇 (EMB)額外耐藥，另一株對鏈霉素 (STR)額外耐藥。其中9人是囚犯，或在監(jiān)獄里呆過一段時間，2人無家可歸。這些囚犯來自4個不同的監(jiān)獄機(jī)構(gòu)。(文章結(jié)尾：12nt插入株有可能從監(jiān)獄服刑人群傳播到社區(qū))
RpoB基因12nt插入的分子特征
? ?通過分析rpoB基因的核苷酸序列，發(fā)現(xiàn)12nt插入的發(fā)生情況略有不同。總體而言，12nt插入發(fā)生在對應(yīng)于rpoB基因第435密碼子的基因組位置761111。然而，在16株插入該基因的菌株中，有12株在761110位由腺嘌呤變?yōu)轼B嘌呤，導(dǎo)致第435位氨基酸發(fā)生替換 (GAC>GGC，Asp435Gly)。為了便于理解，將基因組位置761110處具有額外多態(tài)性的12個核苷酸插入命名為“rpoB INS1” (12/16)，而將僅有12個nt插入命名為“rpoB INS2”?(4/16)。此外，對兩株同時攜帶rpoB INS1和rpoB INS2的菌株 (混合菌株)進(jìn)行了Sanger測序，發(fā)現(xiàn)與基于NGS的測序沒有差異。為了了解這種插入在全球其他菌株中可能發(fā)生的情況，基于在線工具TBDreaMDB、MUBII-TB-DB、ReSeqTB中的可用數(shù)據(jù)進(jìn)行了審查，結(jié)果沒有發(fā)現(xiàn)這種變異。
顯示12個核苷酸插入的發(fā)生情況，INS1, INS2
遺傳多樣性與系統(tǒng)進(jìn)化分析
? ?根據(jù)SNP分型 (SNP-based typing)，所有出現(xiàn)12nt插入的菌株均屬于結(jié)核分枝桿菌第4亞型，4.3.3亞型，屬于歐美系 (LAM RD115 sublineage)。同樣，所有菌株都帶有RD115缺失。在計算機(jī)分型 (In silico spoligotyping)中，有15株菌株具有相同的Spoligo型，屬于Spoligo國際型 (SIT)，以前被錯誤地鑒定為Mycobacterium pinnipedii。其余菌株在重復(fù)序列 (Direct repeat, DR)位點上缺失43個間隔 (Spacers)，在SITVIT2數(shù)據(jù)庫中被歸類為ATYPIC (SIT 2669)。
? ?此外，包括7個結(jié)核分枝桿菌譜系、4個亞系和其他4個不含12nt插入的SIT863菌株的基因組的系統(tǒng)進(jìn)化推斷表明，12nt插入的菌株與其他SIT863菌株 (下圖淺綠色背景)的親緣關(guān)系很近。基于WGS的系統(tǒng)進(jìn)化分析揭示的另一個重要事實是，以5個SNPs為閾值，這16個菌株被聚為一個獨特的基因組簇。
16株攜帶12nt插入的菌株，4株未插入的SIT863菌株，以及來自主要譜系和4個亞系的進(jìn)化樹。
基于goeBURST算法的12nt插入和不帶插入應(yīng)變的SIT863的最小生成樹
? ?在耐藥相關(guān)基因突變方面，16株菌株均存在katG基因Ser315Thr突變，其中3株存在與乙胺丁醇 (EMB)耐藥相關(guān)的變異：1株為embA基因 (?11C>A)，1株為embB基因 (Met306Val)，1株為embB基因雙突變 (Gly406Asp和Met306Ile)。此外，1株顯示出與乙硫酰胺抗性相關(guān)的突變(ethA基因755/756密碼子的插入)。
計算機(jī)預(yù)測藥物結(jié)合效應(yīng)
? ?本研究模擬了INS1和INS2對RNAP結(jié)構(gòu)的影響，以預(yù)測這些多態(tài)性對RIF和聚合酶之間相互作用的影響。首先先進(jìn)行同源建模，隨著同源模型的驗證，使用對接程序 (Docking programs)來預(yù)測模型結(jié)構(gòu)中的RIF相互作用。在表1中，可以觀察到，與RNAP_INS1-RIF相互作用和RNAP_INS2-RIF相互作用的平均值相比，對接到RNAP_wt-RIF結(jié)合位點指示了對RNAP_wt-RIF相互作用的更大的親和力。
RNAP_wt(淺藍(lán))、RNAP_INS1(紅色)和RNAP_INS2(藏青藍(lán))結(jié)構(gòu)的擬合示意圖
抗性水平與生物代價
? ?9株攜帶12nt插入的臨床分離株的MIC值為≥32 mg/L，分別測定了2株12nt插入的臨床分離株 (GI=38.5h)、3株野生型臨床分離株 (GI=20h)和1株敏感對照株(H37Rv)?(GI=15h)的平均生長指數(shù)。插入株的生長速度比野生型和H37Rv株分別慢1.95和2.5倍，表現(xiàn)出適應(yīng)性劣勢。
結(jié) 果
? ?本研究描述了近年來在巴西南部出現(xiàn)的一種結(jié)核分枝桿菌菌株的關(guān)鍵分子和表型特征，該菌株在rpoB基因上有一個罕見的12nt插入突變，導(dǎo)致了高水平的RIF耐藥。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)方法 (系統(tǒng)進(jìn)化分析)表明，12nt插入株有可能從監(jiān)獄服刑人員傳播到社區(qū)，這表明有必要加強(qiáng)對服刑人員中結(jié)核病傳播的監(jiān)測，以及該地區(qū)抗結(jié)核治療的工作，特別是MDR株。由于對RIF的高度抗藥性及其已確定的持續(xù)性傳播，監(jiān)測這種毒株在人群中的傳播至關(guān)重要。有必要對這種描述的菌株進(jìn)行更快速、更實時的監(jiān)測，以切斷其傳播。對于這一建議，有必要進(jìn)行基于PCR的快速檢測，快速、簡便和低成本地鑒定該菌株。
聊生信復(fù)現(xiàn)
從頭分析獲得的VCF文件中記錄的變異 (服從NGS左移原則，變異位置：761110)
灰色：利福平；淺藍(lán)：野生；紅色：INS1；紫色：INS2
(聊生信)
—? ?基本概念?—
外顯子和基因組基本概念(一)
外顯子和基因組基本概念(二)
??蛋白質(zhì)生物學(xué)推介（一）
??蛋白質(zhì)生物學(xué)推介（二）
??蛋白質(zhì)生物學(xué)推介（三）
??蛋白質(zhì)生物學(xué)推介（四）
??蛋白質(zhì)生物學(xué)推介（五）
—? ?文獻(xiàn)解讀? —
一個家系突變分析一篇 SCI | 文章解析
全基因組測序有助于診斷更多的罕見病
整合基因組學(xué)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的致病機(jī)制分析
JMG | 基因PRKG2的變異導(dǎo)致骨骼表型異常
JGG?|?LRP6變異與滲出性玻璃體視網(wǎng)膜病變
????基因突變與腦癱風(fēng)險（Nature Genetic,2020）
全外顯子測序顯示COQ8B基因新的純合突變與腎病綜合征有關(guān)
IF>10 家系研究 | OGDHL變異導(dǎo)致神經(jīng)發(fā)育譜系疾病，表現(xiàn)為癲癇、聽力與視力障礙等
—? ?數(shù)據(jù)庫? —
ClinVar數(shù)據(jù)庫詳解
AlphaFold數(shù)據(jù)庫簡介
gnomAD數(shù)據(jù)庫簡介（一）
gnomAD數(shù)據(jù)庫簡介（二）
國際千人基因組計劃數(shù)據(jù)庫（一）
國際千人基因組計劃數(shù)據(jù)庫（二）
????在線人類孟德爾遺傳 (OMIM)數(shù)據(jù)庫簡介
—? ?期刊? —
人類遺傳學(xué)領(lǐng)域期刊速覽
AJHG?| 人類遺傳學(xué)領(lǐng)域一流期刊
國產(chǎn)好刊?|?中科院遺傳學(xué)一區(qū)JGG
—? ?分析技術(shù)? —
Sanger測序拼?接
BAM文件格式解讀
Trim Galore軟件詳解
346個基因組可視化工具一網(wǎng)打進(jìn)！
基因組瀏覽器IGV的安裝和圖形解讀
利用IGV可視化基因組遺傳變異位點
Jalview多序列比對圖中顯示序列標(biāo)識
蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域及蛋白修飾預(yù)測
多序列比對軟件Jalview的安裝及使用體驗
正常與突變蛋白三維結(jié)構(gòu)模型的繪制與分析
分子結(jié)構(gòu)模擬工具UCSF?Chimera安裝及操作
—? ?分析平臺? —
Linux操作系統(tǒng)結(jié)構(gòu)及常用命令
服務(wù)器 | 查看操作系統(tǒng)重啟日志
設(shè)置RStudio-Server不頻繁掉線
RStudio-Server安裝和內(nèi)網(wǎng)穿透要點
Linux服務(wù)器的磁盤概念與相關(guān)操作 (一)
Linux服務(wù)器的磁盤概念與相關(guān)操作 (二)
—? ?理論與技術(shù)培訓(xùn)? —
臨床基因組家系數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)，快速發(fā)表SCI文章
轉(zhuǎn)錄組分析和可視化的正確姿勢你知道了嗎？
—? ?遺傳咨詢? —
遺傳性腎臟病的基因檢測
—? ?政策法規(guī)? —
雇人代寫論文是否犯法？
中華人民共和國人類遺傳資源管理條例
—? Tales of Genetics? —
巴黎保姆
60億人，60億組堿基對
一個突變基因保護(hù)了歐洲人祖先
高中學(xué)歷父親自學(xué)基因編輯，看五六百篇論文，自制藥用級化合物救治罕見病兒子！
歡迎咨詢?nèi)虘B(tài)大型云服務(wù)器租用
1周內(nèi)完成家系變異生信分析，盡快推進(jìn)下游分析
更適合家系全外顯子組
若有服務(wù)器亦可免費技術(shù)咨詢，提供力所能及的解答
一/二代測序、臨床基因組/外顯子組/轉(zhuǎn)錄組、遺傳學(xué)分析
??
第 3 期臨床基因組家系分析，助力發(fā)表Case Report
系統(tǒng)性培訓(xùn)，一次學(xué)會終身會分析，只待新病例
服務(wù)器免費1個月，每日答疑，足以完成小家系分析
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的细菌基因组 | rpoB的插入变异导致高度耐药性的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇： md5sum
- 下一篇： 如何在CentOS 5/6上安装EPEL