? ?MEGA是一個用于多序列比對和可視化、以及構建系統(tǒng)發(fā)育樹的免費程序。自1993年發(fā)布以來，MEGA共更新9個版本 (沒有第八、九版)，今年發(fā)布的MEGA 11為處理更大的數(shù)據(jù)集進行了優(yōu)化。

? ?之前我們介紹的DNAMAN和Jalview (后文附有鏈接)都可以用于多序列比對，MEGA有一些其它特點，本篇給大家做簡單的介紹。

軟件下載

? ?可根據(jù)電腦系統(tǒng)選擇下載，可支持Win、Mac和Linux系統(tǒng)。下載鏈接如下：https://www.megasoftware.net/

? ?下載完成后全部默認安裝即可。

基本操作

多序列比較

? ?下載安裝好 MEGA 11 后，首先打開軟件。

? ?在 MEGA 11首頁選擇"ALIGN"，點擊 "Edit/Build Alignment"?，會彈出一個對話框，選擇"Create a new alignment"，根據(jù)需要比對的序列?(氨基酸序列或核苷酸序列)，選擇"DNA"或"Protein"。

點擊"Edit"，選擇"Insert Sequence From File"導入我們需要比對的序列，序列文件格式為.fasta格式。

? ?對目標序列進行多序列比較，可以使用ClustalW和MUSCLE，這里我們選擇ClustalW，調(diào)整參數(shù)(一般用默認參數(shù))，即可完成多序列比對。

? ?比較結果如圖所示

? ?最后點擊"Data"選擇"Save Session"，保存序列比對的結果。

系統(tǒng)發(fā)育樹

? ?構建系統(tǒng)發(fā)育樹時需要基于多序列比對結果進行加工，可以按照下述方法進行，也可以采用其他軟件，再將其輸出結果導入MEGA 11。

? ?我們基于上述結果繼續(xù)操作，找到兩端不對齊序列(紅框)，選中此段序列，點擊鼠標右鍵，選擇"Cut"。

? ?點擊"Data"，選擇"Phylogenetic Analysis"進行系統(tǒng)發(fā)育分析。

? ?返回主頁面，點擊"PHYLOGENY"，構建系統(tǒng)發(fā)育樹主要有三種方法，分別是最大似然法 (Maximum Likelihood)、鄰接法 (Neighbor-Joining)?和最小進化法 (Minimum Evolution)。?

? ?調(diào)整參數(shù)，選擇自展值，即重復構建進化樹以進行檢驗的次數(shù)，一般選擇 1000 以上比較可靠。點擊 OK 。即可完成系統(tǒng)發(fā)育樹的構建。

? ?可以用鼠標雙擊選中發(fā)育樹，修改發(fā)育樹中的文字。

? ?點擊"Copy to Clipboard"可保存為多種圖片格式 (PDF、PNG、TIFF等)，還可以選擇"Copy to Clipboad"，直接復制到word中進行圖片編輯(wps不可以)。

使用體驗

? ?DNAMAN、Jalview和MEGA都可以做多序列比對，各有優(yōu)劣。DNAMAN的優(yōu)勢在于序列比對的結果輸出為矢量圖，可以顯示黑白圖 (節(jié)省版面費)，更方便調(diào)整序列的名稱和前后順序。Jalview比對方法和算法豐富，圖形美觀、顏色多樣，還可以輸出Sequence logo圖。MEGA的序列比對圖更加美觀 (見仁見智)，最大的優(yōu)勢在于更專業(yè)的進化分析。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的MEGA | 多序列比对及系统发育树的构建的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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