展示一个基本的正则用例
生活随笔
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展示一个基本的正则用例
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正則表達(dá)式是常用的序列匹配工具,在之前的文章三大開源生信基礎(chǔ)教程和視頻課程中也有介紹,最近給高顏值免費在線SCI繪圖工具 的一個序列搜索功能增加封面和Demo圖片時,舉出了幾個常用案例,以解釋最簡單的幾個正則的使用方式。
import re seq = “ACGTCGATGACTGACGACTCGAACTGACGCATGACGCACGAGCATGAGAGACGCGATACGACGAGACTGA” pat = [‘ACTG’, ‘[AC]TG’, ‘[^TG]TG’, ‘^[AC]CG’, ‘GA$’, ‘A.G’, ‘A..G’, ‘A.{2}G’, ‘A.{2,4}G’, ‘A.G’, ‘A.?G’, ‘A.+G’, ‘A.+?G’] for i in pat: re_obj = re.compile(r”%s” % i) match_list = re_obj.finditer(seq) if match_list: print(i) for match_part in match_list: print(match_part.span(), match_part.group())輸出結(jié)果如上圖。
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總結(jié)
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