生物信息學(xué)習(xí)的正確姿勢(shì)

NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、轉(zhuǎn)錄組分析?（Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細(xì)胞測(cè)序分析?(重磅綜述：三萬(wàn)字長(zhǎng)文讀懂單細(xì)胞RNA測(cè)序分析的最佳實(shí)踐教程 （原理、代碼和評(píng)述）)、DNA甲基化分析、重測(cè)序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內(nèi)容。

patchwork是基于ggplot2的拼圖包，因?yàn)間gplot2本身沒(méi)有強(qiáng)大的拼圖語(yǔ)法，而一般使用的gridExtra與cowplot的拼ggplot2圖形都存在不少問(wèn)題。

我關(guān)注這個(gè)包蠻久了，現(xiàn)在Github上的Star數(shù)已經(jīng)遠(yuǎn)超大部分的R包，但似乎還沒(méi)有發(fā)布到CRAN。我的工作看似跟作圖相關(guān)，寫(xiě)的博文大多數(shù)也如此，但實(shí)際對(duì)圖形的掌控力并不咋的，所以還是要多多學(xué)習(xí)。

下面進(jìn)入正題，掌握好ggplot2與patchwork的基本用法，一般的圖形都可以搞定了，并必要搞的很復(fù)雜。解決問(wèn)題是關(guān)鍵，認(rèn)真工作也是關(guān)鍵，畫(huà)圖看起來(lái)是，其實(shí)不是。

安裝

#?需要提取安裝好devtools包， #?如果你解決安裝和載入包很麻煩，可以試試pacman包，我在簡(jiǎn)書(shū)寫(xiě)了介紹和簡(jiǎn)單使用 devtools::install_github("thomasp85/patchwork")

導(dǎo)入：

p_load(patchwork) #?或 #?library(patchwork)

例子

patchwork的使用灰常簡(jiǎn)單，使用+把要拼的圖加在一起就可以了。

library(ggplot2) library(patchwork)p1?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_point(aes(mpg,?disp)) p2?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_boxplot(aes(gear,?disp,?group?=?gear))p1?+?p2

我們不用創(chuàng)建對(duì)象，也可以像ggplot2本身使用一樣相加。

ggplot(mtcars)?+geom_point(aes(mpg,?disp))?+ggplot(mtcars)?+?geom_boxplot(aes(gear,?disp,?group?=?gear))

另外，可以使用布局函數(shù)plot_layout對(duì)拼接細(xì)節(jié)進(jìn)行更細(xì)致地指定，像每個(gè)圖的范圍，圖形的排列。

p1?+?p2?+?plot_layout(ncol?=?1,?heights?=?c(3,?1))

如果你想要在圖形之間添加一些空間，可以使用plot_spacer()填充一個(gè)空白格。

p1?+?plot_spacer()?+?p2

增加花括號(hào)的使用進(jìn)行嵌套可以布置更復(fù)雜的圖形：

p3?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_smooth(aes(disp,?qsec)) p4?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_bar(aes(carb))p4?+?{p1?+?{p2?+p3?+plot_layout(ncol?=?1)} }?+plot_layout(ncol?=?1) ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x' image.png

括號(hào)也是可以的：

p3?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_smooth(aes(disp,?qsec)) p4?<-?ggplot(mtcars)?+?geom_bar(aes(carb))p4?+?(p1?+?(p2?+p3?+plot_layout(ncol?=?1)) )?+plot_layout(ncol?=?1) ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x'

高級(jí)特性

除了將圖形添加到一起，patchwork定義了一些有意思的操作符，，簡(jiǎn)化了上面的嵌套語(yǔ)法。-操作符將左右兩邊的對(duì)象放在同一個(gè)嵌套層，而不是像+號(hào)把右邊放入左邊的嵌套層。

p1?+?p2?+?p3?+?plot_layout(ncol?=?1) ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x' p1?+?p2?-?p3?+?plot_layout(ncol?=?1) ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x'

現(xiàn)在p1+p2與p3在同一嵌套層。

|與/操作符可以用來(lái)水平和垂直布局。

(p1?|?p2?|?p3)?/p4 ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x'

子圖多的時(shí)候同時(shí)修改圖形比較麻煩，patchwork提供了*與&用來(lái)簡(jiǎn)化代碼，它們都可以將同一個(gè)操作應(yīng)用到所有圖形。

(p1?+?(p2?+?p3)?+?p4?+?plot_layout(ncol?=?1))?*?theme_bw() ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x'

需要注意*只會(huì)應(yīng)用到當(dāng)前嵌套層。

p1?+?(p2?+?p3)?+?p4?+?plot_layout(ncol?=?1)?&?theme_bw() ##?`geom_smooth()`?using?method?=?'loess'?and?formula?'y?~?x'

&可以用遞歸的方式應(yīng)用到所有層面。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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