“

福利公告：為了響應(yīng)學(xué)員的學(xué)習(xí)需求，經(jīng)過易生信培訓(xùn)團(tuán)隊的討論籌備，現(xiàn)決定安排擴(kuò)增子16S分析、宏基因組和Python課程的線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內(nèi)選擇參加同課程的一次線下課?。期待和大家的線上線下會晤。

目前可以通報的信息：

• 宏基因組線上直播時間：2020/05/15-2020/05/17

• 擴(kuò)增子線上直播時間：2020/05/29-2020/05/31

• 報名鏈接：www/ehbio.com/Training

”

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之前是跟常規(guī)轉(zhuǎn)錄組一起開課的，但后來因為涉及內(nèi)容多，也需要更專業(yè)的講解，2019年8月份第一次單飛獨自開課，邀請中科院單細(xì)胞分析算法開發(fā)博士傾力授課，一鳴驚人，取得了很好的效果。

現(xiàn)于2020年04月17日-2020年04月19日在北京鼓樓推出《單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整合分析第三期》（具體時間待疫情控制而定，可先報名）專題培訓(xùn)，在前兩期基礎(chǔ)上進(jìn)一步精進(jìn)提高，適合研究臨床、動物、植物的科研工作者參加。

如果時間等不及，可以參加我們的線上視頻課程，隨時加入，隨時開始。（購買之前聯(lián)系我們，更有辦法獲得本次課程更新的視頻）

課程簡介

本課程一共3天，每天6節(jié)課，共18節(jié)課，全部課程均理論與實戰(zhàn)結(jié)合(只要課上講的都是可以帶你自己實現(xiàn)的分析)。從分析平臺搭建、Linux和R基礎(chǔ)、圖表解讀和實戰(zhàn)、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組設(shè)計、分析標(biāo)準(zhǔn)流程、單細(xì)胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鑒定，Pseudo-time分析，單細(xì)胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各類高級分析(WGCNA、通路圖繪制等)，和CNS級圖片修改排版。3天時間，老司機(jī)帶您完成自學(xué)需要3個月甚至是1年的崎嶇之路，助力您真正玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析。

課程大綱

每節(jié)課1小時一個主題，理論結(jié)合實戰(zhàn)，學(xué)懂原理，實戰(zhàn)實操，全是老司機(jī)多年經(jīng)驗和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節(jié)課，26代表第二天第六節(jié)課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

編號主題簡介

11	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組特點介紹	注意事項
12	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析環(huán)境搭建	Win/Linux
13	二代三代測序原理介紹	建庫測序過程及注意事項
14	單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)處理	原始數(shù)據(jù)到表達(dá)矩陣
15	基因富集分析和可視化	GSEA富集分析
16	文章常見圖表解讀	和Illustrator制作CNS標(biāo)準(zhǔn)圖版
21	單細(xì)胞數(shù)據(jù)質(zhì)控	細(xì)胞基因篩選
22	單細(xì)胞數(shù)據(jù)降維可視化	PCA，tSNE，umap
23	單細(xì)胞數(shù)據(jù)分型	Kmeans，層級聚類，graph-based method
24	可視化、分型實戰(zhàn)	Seurat3
25	Marker基因鑒定	Seurat3, Scran
26	基于知識和常規(guī)轉(zhuǎn)錄組	細(xì)胞類型定義
31	單細(xì)胞發(fā)育軌跡分析	Paga, Monocle3
32	單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析	高級分析, mnnCorrect, Seurat Anchor
33	單細(xì)胞數(shù)據(jù)影響因素鑒定	批次校正,?Seurat Anchor
34	圓桌論壇	自評學(xué)習(xí)效果、知識點回顧
41	答疑-線上	答疑、考試內(nèi)容串講

教程內(nèi)容簡介如下：

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)介紹

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究技術(shù)介紹

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)實驗設(shè)計和測序原則、注意事項

二代、三代測序過程和原理解析

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)文章案例分析

目標(biāo)基因GSEA/GO富集分析

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析

單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)處理和校正

細(xì)胞分型，PCA, ?TSNE, ?SC3聚類 (Seurat3, Monocle3, Scater)

單細(xì)胞發(fā)育演化分析

轉(zhuǎn)錄組常見圖形在線繪制

單細(xì)胞Marker基因鑒定，差異分析和功能分析

單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析、批次校正

單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化

繪制和理解單細(xì)胞分析常見圖形

生信基礎(chǔ)知識

Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

Linux/Windows下轉(zhuǎn)錄組分析流程的搭建

生物學(xué)家必要掌握的Shell和R語言基礎(chǔ)知識。

(如果基礎(chǔ)薄弱，報名付款成功后，可免費領(lǐng)取基礎(chǔ)程序課，做好準(zhǔn)備工作, 讓程序成為我們的得力工具而不是學(xué)習(xí)新知識的絆腳石。)

單細(xì)胞系列教程

• 收藏 北大生信平臺” 單細(xì)胞分析、染色質(zhì)分析” 視頻和PPT分享

• Science:?小鼠腎臟單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+突變分析揭示腎病潛在的細(xì)胞靶標(biāo)

• 10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell?ranger，從拆庫到定量

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（一）- 引言

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（二）- 實驗平臺

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（三）- 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（四）- 文庫拆分和細(xì)胞鑒定

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（五）- STAR, Kallisto定量

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（六）- 構(gòu)建表達(dá)矩陣，UMI介紹

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（七）- 導(dǎo)入10X和SmartSeq2數(shù)據(jù)Tabula Muris

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（八）- Scater包輸入導(dǎo)入和存儲

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（九）- Scater包單細(xì)胞過濾

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（十）- Scater基因評估和過濾

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（十一）- Scater單細(xì)胞表達(dá)譜PCA可視化

• Hemberg-lab單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（十二）- Scater單細(xì)胞表達(dá)譜tSNE可視化
  

• 單細(xì)胞分群后，怎么找到Marker基因定義每一類群？

• Science：通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序揭示玉米減數(shù)分裂進(jìn)程 | 很好的單細(xì)胞分析案例

• GO、GSEA富集分析一網(wǎng)打進(jìn)

• GSEA富集分析 - 界面操作

• 無需寫代碼的高顏值富集分析神器

• 去東方，最好用的在線GO富集分析工具

• 沒錢買KEGG怎么辦？REACTOME開源通路更強(qiáng)大

• 超簡便的國產(chǎn)lncRNA預(yù)測工具LGC

• 我想做信號通路分析，但我就是不想學(xué)編程

• 這個只需一步就可做富集分析的網(wǎng)站還未發(fā)表就被CNS等引用超過350

定制內(nèi)容

如果您看到文章中有哪些圖或分析工作需要重現(xiàn)，也請?zhí)岢?#xff0c;一起講述。

如果您有其它關(guān)注的問題，也請報名時提出，把這次課程變成您的定制講解。

主講教師

陳同，博士，2015年畢業(yè)于中科院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所，生物信息專業(yè)博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平雜志以第一作者或主要作者發(fā)表文章，運(yùn)營有數(shù)萬人關(guān)注的《生信寶典》微信公眾號，給你不一樣的學(xué)習(xí)生信體驗。

劉永鑫，博士。2008年畢業(yè)于東北農(nóng)大微生物學(xué)專業(yè)。2014年中科院遺傳發(fā)育所獲生物信息學(xué)博士學(xué)位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因組學(xué)實驗室工程師，目前主要研究方向為宏基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析與可重復(fù)計算。發(fā)表論文10余篇，SCI收錄7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月創(chuàng)辦“宏基因組”公眾號，目前分享宏基因組、擴(kuò)增子原創(chuàng)文章185篇，關(guān)注人數(shù)5萬+，累計閱讀千萬次。

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主，采用獨創(chuàng)四段式教學(xué)，封裝好的代碼全部分享，隨處可用：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習(xí)2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓(xùn)視頻繼續(xù)學(xué)習(xí)；

• 實現(xiàn)教-練-答-用四個環(huán)節(jié)的統(tǒng)一協(xié)調(diào)。

培訓(xùn)時間

2019-04-17到 2019-04-19 (線下講解實戰(zhàn))
每天早9點到晚6點，半封閉式教學(xué) (最后1小時為集中討論時間，最后一天會稍微提前一些，多留出時間討論，也方便老師乘車返回)
報到時間：開課當(dāng)天

授課地點

北京市西城區(qū)鼓樓附近

課程價格

開課兩周前報名? 4500 元/人

名額有限，每次課程報名滿40人后自動關(guān)閉報名通道 （老學(xué)員不受限）

提供易漢博基因科技實習(xí)機(jī)會或工作機(jī)會

課程福利

座位按報名并繳費或預(yù)付款成功順序從前到后龍擺尾式排序

贈送價值99元程序基礎(chǔ)課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

多人 (N，10>N>1) 組團(tuán)報名并同時繳費，每人還可減免N-1百元 (最高500)

贈送金士頓U盤一個（32G含培訓(xùn)數(shù)據(jù)和腳本）

附推薦與分享對應(yīng)的招生信息到朋友圈，截圖發(fā)到train@ehbio.com 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優(yōu)惠券（可拆分供多個課程使用）

易生信同時推出多門相關(guān)課程，連報優(yōu)惠——同時選2門課，95折；三門課9折，4門及以上85折。還可與團(tuán)購?fù)瑫r優(yōu)惠！擴(kuò)增子(項目初探)+宏基因組(高精尖)，祝你分析水平更上一層樓。

免費獲得價值3998元的線下課程錄屏（有效期一年）

注意事項 *

需自備筆記本電腦，推薦使用win10系統(tǒng)（MAC也可），4G以上內(nèi)存(推薦8G)。

課程實踐根據(jù)需要會提供云計算平臺

培訓(xùn)班所有數(shù)據(jù)，文檔為內(nèi)部資料，僅供參閱，未經(jīng)允許不得翻印外傳登刊

上課期間禁止錄音，錄像

成功付款的學(xué)員，若臨時有緊急事情不能到來的，可申請延期，更換后續(xù)培訓(xùn)班；

也可申請退款

若臨時有事不能參加，請?zhí)崆奥?lián)系。

開課前兩周退報，預(yù)付款全退。

開課前兩周內(nèi)，預(yù)付款退800元，開課前一周內(nèi)，預(yù)付款退500，開課前兩天，預(yù)付款不退。

不可先延期再退款

更多課程的詳細(xì)介紹，請掃描下方二維碼。

復(fù)制以下鏈接http://www.ehbio.com/Training/ 或 點擊閱讀原文跳轉(zhuǎn)報名頁，成為實驗中不可或缺的人，趕快報名吧！

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的中科院单细胞分析算法开发博士带你做单细胞转录组分析的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。