原來Rproj還可以這么使用

在別人的電子書，你的電子書，都在bookdown中我們講述了bookdown的應(yīng)用。里面涉及到一個文件Rproj用于項目管理。

本身是一個很簡單的文件，里面的內(nèi)容一般不需要修改，只是放置在每個項目目錄下即可。

比如我們有個內(nèi)容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些參數(shù)，看單詞都應(yīng)該明白這些參數(shù)是什么含義。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default SaveWorkspace: Default AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes UseSpacesForTab: Yes NumSpacesForTab: 2 Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave LaTeX: pdfLaTeXBuildType: Website

那么他有什么特別的應(yīng)用呢？

在我們之前的易生信培訓(xùn)課程中，R代碼都以Rmarkdown的形式呈現(xiàn)，因為它有一個便利的地方在于Rmd中運行的代碼默認(rèn)以Rmd所在目錄為工作目錄，這樣就方便設(shè)置相對路徑訪問文件了。

因為開始學(xué)習(xí)時對命令和命令下處理文件的不熟悉，找不到文件是我們最常見的錯誤之一。

但如果需要臨時調(diào)試，在Console下寫代碼時，工作路徑是需要自己切換的。而且Terminal下使用模擬Linux命令時路徑也需要手動切換，會給初學(xué)者一些困擾。(Windows輕松實現(xiàn)linux shell環(huán)境：gitforwindows)

而有了Rproj，問題就解決了，直接在培訓(xùn)教案所在目錄放置一個Rproj文件 (內(nèi)容如上，文件名甚至也不需要修改)，然后用Rstudio打開 (Open project)所有的路徑都為Rproj所在目錄了，具體看下方的動畫展示。

另外如果我們自己開發(fā)R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default SaveWorkspace: Default AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes UseSpacesForTab: Yes NumSpacesForTab: 2 Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave LaTeX: pdfLaTeXAutoAppendNewline: Yes StripTrailingWhitespace: YesBuildType: Package PackageUseDevtools: Yes PackageInstallArgs: --no-multiarch --with-keep.source PackageRoxygenize: rd,collate,namespace

易生信培訓(xùn)開展近兩年了有19期了，基礎(chǔ)課Python, Linux和R只開過一次，錄制了詳細(xì)的視頻，一直在優(yōu)惠出售，是適合生物信息程序?qū)W習(xí)的佳品。這三個課程跟著視頻反復(fù)練習(xí)效果是最好的。

其它課程如轉(zhuǎn)錄組（單細(xì)胞）、擴增子、宏基因組都開設(shè)了4次以上，每次都會優(yōu)化組織方式，升級到最新分析方案，現(xiàn)在已趨于成熟，可以在較短的時間學(xué)習(xí)和掌握較多的知識和分析經(jīng)驗。

培訓(xùn)班和培訓(xùn)視頻不是學(xué)習(xí)生信的唯一方式，但好的培訓(xùn)班和培訓(xùn)視頻可以起到很強的推動力，事半功倍的作用，大大儉省我們的時間，提高效率。

一位多次參加過我們課程的老師跟我們說，“課程的一部分資料和信息在網(wǎng)上我們也可以檢索到，但需要更多時間去鑒別和整合，而且我們還做不到向提供的教案這樣步驟之間銜接比較好。從時間效率和正確的學(xué)習(xí)方向養(yǎng)成來看，參加你們易生信培訓(xùn)班是我們效益最高的方式”。這位老師最先被我們的Linux課程圈粉，后來又參加了擴增子和轉(zhuǎn)錄組的課程，也一直在給我們推薦身邊感興趣的朋友參與課程。

確實，學(xué)習(xí)生信的一般方式是，在網(wǎng)上搜羅免費的教程、博文、視頻。這些資料本身良莠不齊或者更多是為了記錄自己學(xué)習(xí)中遇到的問題，缺乏系統(tǒng)性。而且因為每個人背景不同，作者以為他知道的信息讀者可能也知道，就會省略掉這些信息，初學(xué)者看到后卻不知道怎么操作，學(xué)習(xí)起來并不是太順暢，還得繼續(xù)搜索。看上去沒有花錢，但實際多花了很多時間和精力，也有可能走上錯誤的方向。

而易生信的講師，都是在生信領(lǐng)域?qū)W習(xí)和應(yīng)用了十年的老司機，而且運營了生信寶典和宏基因組公眾號，和相應(yīng)的數(shù)十個微信、QQ群，也都參與過一些大的項目，發(fā)表過Sciecne，NBT，Cell Stem Cell等高水平文章，跟實驗學(xué)家、生信初學(xué)者、中級者和領(lǐng)域內(nèi)生信高人都有比較多的溝通和交流，對每一個課程的整體把握和學(xué)習(xí)過程中需要注意的點都有系統(tǒng)總結(jié)，更是一種經(jīng)驗的分享。

而且三天的線下培訓(xùn)可以與我們的講師，與來自全國各地的優(yōu)秀學(xué)者們一起交流分享，互相學(xué)習(xí)，接觸更多的朋友，也尋求更多的合作機會。

現(xiàn)在我們在北京每月都開課，歡迎隨時來撩！！！

詳情見 http://www.ehbio.com/Training。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的原来Rproj还可以这么使用的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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