生物信息學習的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎、在線繪圖、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step)）、批次效應處理等內容。

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1 Linux初探，打開新世界的大門

1.1 Linux系統簡介和目錄理解

1.1.1 為什么要用Linux系統

1.1.2 Linux系統無處不在

1.1.3 免費的Linux系統來一套

1.1.4 Linux系統登錄-聯系遠方的她

1.1.5 初識Linux系統 - 黑夜中的閃爍是你的落腳點

1.1.6 我的電腦在哪？

1.1.7 系統配置怎樣？來看看256M硬盤的服務器

1.1.8 看下目錄下都有什么

1.1.9 新建一個目錄

1.1.10 訪問文件

1.1.11 查看幫助，獲取可用命令行參數

1.1.12 小結

1.1.13 做個小測試

1.2 Linux下文件操作

1.2.1 文件按行翻轉和按列翻轉

1.2.2 新建文件的n種方式

1.2.3 文件拷貝、移動、重命名、軟鏈

1.2.4 Linux下命令的一些突發事故

1.2.5 了解和操作你的文件

1.2.6 小結和練習

1.3 Linux終端常用快捷操作

1.4 Linux下的標準輸入、輸出、重定向、管道

1.5 Linux文件內容操作

1.5.1 命令組合生成文件

1.5.2 文件排序原來有暗倉

1.6 Linux下的查找命令 - 文件哪里跑

1.6.1 命令/可執行程序查找 - 定位腳本的位置

1.6.2 locate普通文件快速定位

1.6.3 find讓文件無處可逃 find

1.6.4 按文件內容查找 grep

1.7 一句話加速grep近30倍

1.7.1 獲取單基因表達量

1.7.2 那如果獲取多個基因怎么操作呢？

1.8 監控程序的運行時間和資源占用

2 Linux下軟件安裝相關

2.1 文件屬性和可執行屬性

2.1.1 文件屬性

2.1.2 可執行屬性

2.2 PATH和path，傻傻分不清

2.2.1 小事也不能忽略

2.3 軟件安裝的幾種傳統方式

2.3.1 系統包管理器安裝

2.3.2 下載二進制文件

2.3.3 源碼編譯安裝

2.3.4 Python包的安裝

2.3.5 Anaconda的兩個福利

2.3.6 R和R包的安裝

2.3.7 Perl包的安裝

2.4 Conda安裝配置生物信息軟件

2.4.1 Conda安裝和配置

2.4.2 Conda基本使用

2.4.3 Conda的channel

2.4.4 創建不同的軟件運行環境

2.4.5 移除某個conda環境

2.4.6 Conda配置R

2.4.7 Conda環境簡化運行

2.4.8 Conda環境備份

2.4.9 Conda環境導出和導入

2.4.10 Conda軟件安裝 core dump error/Segment fault/段錯誤 怎么辦

2.4.11 Conda為什么越來越慢？

2.4.12 Conda是如何工作的

2.4.13 Conda哪一步慢？

2.4.14 如何提速Conda

2.4.15 下載提速

2.4.16 使用conda-pack直接從已經安裝好的地方拷貝一份 (同一操作系統)

2.5 Docker安裝

2.5.1 Docker能做什么

2.5.2 Docker的幾個基本概念

2.5.3 安裝和配置

2.5.4 Docker用戶權限

2.5.5 Docker試用

2.5.6 Docker系統基本操作

2.5.7 使用Dockerfile自動構建鏡像

2.5.8 Docker的特征

2.5.9 Docker使用注意

2.6 Makefile知識

2.6.1 參考

3 Linux神器

3.1 正則表達式替換文本隨心所欲

3.2 awk-生信分析不可缺少

3.2.1 awk基本參數解釋

3.2.2 awk基本常見操作

3.2.3 awk糅合操作 - 命令組合體現魅力

3.3 SED命令 - 文本替換舍我其誰

3.3.1 sed基本參數解釋

3.3.2 常見操作

3.4 VIM的使用

3.4.1 初識VIM

3.4.2 VIM中使用正則表達式

3.5 有了這些，文件批量重命名還需要求助其它工具嗎？

3.5.1 簡單重命名

3.5.2 復雜重命名

3.6 耗時很長的程序忘加nohup就運行了怎么辦？

4 Bash 字符串處理

4.1 Bash特殊字符

4.2 Bash變量

4.3 Bash操作符

4.4 Shell中條件和test命令

4.5 Shell流控制

4.6 Shell函數

4.7 輸入輸出

4.8 命令行處理 命令行處理命令

4.9 進程和作業控制

5 Bioinfo tools

5.1 尋找Cas9的同源基因并進行進化分析

5.2 如何獲取目標基因的轉錄因子（上）——biomart下載基因和motif位置信息

5.2.1 1. 文件準備

5.2.2 2. 什么是bed文件？

5.2.3 3. BioMart數據下載

5.3 如何獲取目標基因的轉錄因子（下）——Linux命令獲取目標基因TF

5.3.1 1. 基礎回顧

5.3.2 2. 文件格式處理

5.3.3 3. 計算基因的啟動子區

5.3.4 4. 取兩文件的交集

5.3.5 5. 提取我們關注的基因

5.3.6 重點總結

5.4 emboss的使用

5.5 使用samtools計算SNP

5.6 Bedtools使用

5.7 SRA toolkit使用

5.8 生信流程開發

5.9 數據同步和備份

5.9.1 原創拷貝scp

5.9.2 鏡像備份和增量同步 rsync

5.9.3 增量備份，記錄各個版本 rdiff-backup

6 生物信息中Linux命令練習

6.1 統計GTF文件中染色體數目？

6.2 統計GTF文件中基因數目？

6.3 計算GTF中外顯子總長度？

6.4 計算GTF文件中基因所擁有的平均轉錄本數目

6.5 生成一個多行Fasta測試序列供后續運算 (也可使用我們前面提供的腳本生成)

6.6 test.fa中的序列全轉成大寫

6.7 計算多行FASTA文件test.fa中每條序列長度

6.8 多行FASTA轉單行FASTA序列

6.9 取出單行FASTA文件中序列長度大于40的序列的名字

6.10 分別用awk和grep從test.fa中提取給定ID對應的序列

6.11 利用AWK對基因表達數據進行標準化

6.12 寫出3種寫法，去掉上一題test.expr矩陣中的第一行？

6.13 分別用awk和sed給test.expr矩陣加上標題行？

6.14 給定一個BAM文件，怎么計算有多少基因組區域被測到了？平均測序深度是多少？

6.15 如何使用bedtools的其它工具或其它Linux命令實現bedtools jaccard子功能？

6.16 如何基于原始md文檔生成這個目錄?

http://www.ehbio.com/Bioinfo_bash_course/

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的这个为生信学习打造的开源Bash教程真香！！（目录更新）！的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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