TCGA是研究腫瘤相關機制的重要資源。在線數據庫更新改版都比較快，使用時需要參照最新的線上數據教程。不過癌癥相關的數據庫操作起來也都比較類似，輸入一個或多個關注的目的基因，查看基因的功能注釋，基因在哪些樣品中存在突變，突變位點的分布，共表達網絡，生存分析等。

本系列包括了TCGA本站中數據的瀏覽、下載，尤其是TCGA改版后的功能介紹(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA數據在線提供的分析類型最多的一個平臺，再是FIREBROWSE，比較不錯的在線展示和方便的數據下載功能。

• 這是數據更新最實時的TCGA網站，功能強大

cBioPortal | 功能強大的TCGA再分析平臺

cBioPortal可查詢選定的癌癥中某一通路的基因或用戶自定義的多個基因的信息，多個基因的結果部分合并展示，部分獨立展示。下面以TP53和BRAF為例。

柱狀圖展示了2個基因在選擇的樣品（橫軸）中的突變類型（不同顏色）及其突變頻率（縱軸）的分布。

鼠標懸浮柱子上可查看詳細信息，Click View details查看更多信息。

查詢基因在選定樣品中的突變情況概覽。

Mutation面板進入查看基因水平突變的分布。

基因之間是否存在并發或互斥的突變。

基因共表達分析。

查詢基因與突變頻率最高的基因中連接最多的50個基因之間的互作網絡。

包含查詢的基因突變的病人和其它病人之間的生存分析比較。

FireBrowse | BROAD開發的TCGA分析平臺，強大的下載功能

特定基因表達譜查詢。

類似于OncoGrid顯示特定癌癥中沒Mb的突變率、突變類型、基因突變類型的分布。

FIREBROWSE的特色是提供了比較多類型的關聯分析。

數據分析方法描述、下載。

把基因根據表達量的四分位數分為4組之后的生存分析結果。

數據整體下載，FIREBROWSE提供了一個腳本工具，可以按需下載。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的功能强大的TCGA再分析平台的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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