前言

NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析 （Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析 (重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內容。

在準備GEO/TCGA培訓時，因為部分數據來自NCBI GEO數據庫，就系統梳理了GEO數據庫的結構和存儲方式，順便也看了GEO2R的使用。然后就發現了一個問題，可能直接使用GEO2R的分析結果是錯誤的。

原因見下圖 （官網介紹截圖）

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而GEO2R的R代碼使用的是GEOquery獲取GSEMatrix，所以如果我們自己寫代碼這樣獲取非原始數據時，也有可能得到的數據是不可比的。

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所以，還是建議使用工具或命令之前，好好讀一下幫助文檔，做到心中有數，知其所以然。如果能基于原始數據進行分析，可以做更多的質控和更深入的比較。如果不能，分析之前看下數據的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信寶典的原理類文章，值得好好閱讀。

• 典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集

• 典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - 數據獲取到標準化

• GO、GSEA富集分析一網打進

• GSEA富集分析 - 界面操作

• WGCNA分析，簡單全面的最新教程

• PCA主成分分析實戰和可視化 附R代碼和測試數據

• 一文掌握GSEA，超詳細教程

從課件中截取GEO簡介部分分享如下 ：

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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