生物信息的學(xué)習(xí)離不開Linux系統(tǒng)，不管自己寫命令處理數(shù)據(jù)，還是使用現(xiàn)有的工具。Linux對我們來講最重要的是它強(qiáng)大的命令行功能，可以快速、批量、靈活的處理數(shù)據(jù)的提取、統(tǒng)計(jì)和整理等耗時(shí)耗力的重復(fù)性工作。事實(shí)上在日常生信分析中，多數(shù)整理工作也都是用Linux命令的組合完成的，相比于寫完整的Python或Perl程序更簡便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下運(yùn)行，而Linux發(fā)行版眾多，更新速度不一，軟件的安裝是一個(gè)令人頭大的事情。

另外對我們大部分朋友來說，接觸電腦一直都是圖形界面系統(tǒng)，通過單擊、雙擊打開文件、切換目錄、安裝運(yùn)行軟件都已經(jīng)運(yùn)用的得心應(yīng)手，對文件路徑的概念也不太關(guān)注。乍一接觸Linux，會(huì)對其組織邏輯不適應(yīng)，生信寶典公眾號最開始推出Linux教程就是關(guān)于文件和目錄的描述，以及與Windows系統(tǒng)的對應(yīng)，方便做一個(gè)快速切換。

文后列出的Linux教程是屬于比較精簡的生信工作者常用的命令和命令組合。與傳統(tǒng)的Linux書籍不同的地方有兩點(diǎn)，

摒棄大部分用不到的Linux命令，只保留生信常用的，學(xué)習(xí)起來更有的放矢。

增加生信實(shí)戰(zhàn)中Linux命令的組合，這是通用Linux教程中所沒有的。通用教程只會(huì)提供一塊塊磚，我們是提供組合好的模塊，直接可以應(yīng)用，避免只見樹木不見森林。

教程有了，還需要一個(gè)練習(xí)的環(huán)境。如果不熟悉Linux時(shí)自己安裝是比較麻煩的，所以可以借助在線免費(fèi)平臺進(jìn)行練習(xí)。這又體現(xiàn)了我們的教程的又一好處，測試數(shù)據(jù)自帶于教程中，不依賴外部數(shù)據(jù)的導(dǎo)入，保證了自身的完整性。

推薦的免費(fèi)平臺有2個(gè)：linuxzoo和codenvy。

linuxzoo

訪問網(wǎng)址：http://linuxzoo.net/，按下圖生信寶典錄制的動(dòng)畫所示用郵箱注冊，注冊完之后理解可以使用。收到激活郵件點(diǎn)擊后，可永久使用。

注冊后，按圖示點(diǎn)擊選擇喜歡的操作系統(tǒng)，這里選的是默認(rèn)的Centos，然后就可以connect。最簡單的打開方式是直接在瀏覽器打開使用, 點(diǎn)擊JScript Telnet即可跳轉(zhuǎn)登錄界面。如果用根用戶登錄，輸入用戶名root和密碼secure。其它用戶名和密碼都在首頁展示，自己查詢即可獲得。

linuxzoo優(yōu)點(diǎn)是有根用戶權(quán)限，缺點(diǎn)是不能連接外網(wǎng)，但不影響我們大部分代碼的練習(xí)。

CODENVY

訪問網(wǎng)址：http://codenvy.io/，也需要先注冊，如果有Github和谷歌賬號的話，可以直接登錄。然后按圖示Create Workspace，任選一個(gè)STACK就可以，都是基于Ubuntu系統(tǒng)的，然后等待完成初始化，即可使用了。

優(yōu)點(diǎn)是有根用戶權(quán)限，同時(shí)可以連接外網(wǎng)。

教程合集

后臺回復(fù) “生信寶典福利第一波” 獲取完整版教程。

生信寶典-Linux教程.pdf

生信寶典Py3_course.pdf

生信寶典-R學(xué)習(xí)教程.pdf

系列教程

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• 關(guān)于編程學(xué)習(xí)的一些思考
• 該如何自學(xué)入門生物信息學(xué)
• 如何優(yōu)雅的提問
• 生信寶典視頻教程
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Linux

• Linux - 文件和目錄
• Linux - 文件操作
• Linux - 文件內(nèi)容操作
• Linux - 環(huán)境變量和可執(zhí)行屬性
• Linux - 管道、標(biāo)準(zhǔn)輸入輸出
• Linux - 命令運(yùn)行監(jiān)測和軟件安裝
• Linux - 常見錯(cuò)誤和快捷操作
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• Linux - 應(yīng)用Docker安裝軟件
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• Linux - 服務(wù)器數(shù)據(jù)定期同步和備份方式
• Linux - VIM的強(qiáng)大文本處理方法
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總結(jié)

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