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傻瓜系列教程斷斷續(xù)續(xù)出了5篇了，依次為：

• 生信寶典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
• 生信寶典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
• 生信寶典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里發(fā)光 - 如何查找基因在發(fā)表研究中的表達(dá)
• 生信寶典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作網(wǎng)絡(luò)在線搜索
• 生信寶典之傻瓜式 (五) 文獻(xiàn)挖掘查找指定基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

這次介紹的是如何查找某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子在某個(gè)細(xì)胞系中調(diào)控哪些基因。

轉(zhuǎn)錄因子對基因的調(diào)控最直接的方式就是從轉(zhuǎn)錄因子是否在對應(yīng)基因啟動子區(qū)或鄰近有結(jié)合，這是TF ChIP-seq所要解決的問題 (當(dāng)然ATAC-seq配合motif分析也可以)。

哈佛大學(xué)劉小樂教授課題組收集并重頭分析了38,667個(gè)TF、Histone、Chromatin Accessibility數(shù)據(jù)并把每個(gè)樣品的質(zhì)量評估、比對結(jié)果、峰圖數(shù)據(jù)、結(jié)合peak和靶基因等數(shù)據(jù)共享在CISTROME平臺供我們使用。

這樣我們在預(yù)實(shí)驗(yàn)和確定研究思路時(shí)不需要把數(shù)據(jù)下載下來、分析一遍，而是直接在平臺搜索、點(diǎn)選即可獲得結(jié)果。

CISTROME訪問鏈接是http://cistrome.org/db/ (微信中不允許外鏈，不想拷貝輸入的可以后來回復(fù) cistrome獲取可點(diǎn)擊的鏈接)。

操作很簡單，官網(wǎng)還提供了一個(gè)9分鐘視頻，練練英語也不錯(cuò)。

搜索感興趣的細(xì)胞系或TF、Histone

查看某個(gè)數(shù)據(jù)集

點(diǎn)擊某個(gè)數(shù)據(jù)集可查看其實(shí)驗(yàn)信息, 質(zhì)量信息，在基因組瀏覽器查看峰圖，下載peak和峰圖文件，下載靶基因。

多個(gè)樣品的靶基因列表下載下來，可以用高顏值在線繪圖繪制Venn圖，查看交并集情況。

自己處理peak文件，不要忘了可以使用bedtools (簡單好上手)。

查找目標(biāo)基因是否受調(diào)控

在Check a putative target處輸入目的基因，查看其受調(diào)控情況，還可以跳轉(zhuǎn)到基因組瀏覽器，查看更多信息。

多個(gè)樣品比較查看

如果關(guān)注不同分化水平或不同組織之間轉(zhuǎn)錄一直結(jié)合、組蛋白修飾水平的差別和靶基因的差別，可同時(shí)選中目標(biāo)樣品，一鍵導(dǎo)入U(xiǎn)CSC基因組瀏覽器或WashU Browser基因組瀏覽器查看, 生成ChIP類文章不可缺少的reads分布峰圖。

數(shù)據(jù)批量下載

也可以填寫申請，批量下載關(guān)注的數(shù)據(jù), 利用我們提供的分析流程進(jìn)行進(jìn)一步的分析。

想不想趕一下大牛的分析

在廣大粉絲的期待下，《生信寶典》聯(lián)合《宏基因組》于2018年4月14在北京鼓樓推出《ChIP-seq分析專題培訓(xùn)》，為大家提供一條走進(jìn)生信大門的捷徑、為同行提供一個(gè)ChIP-seq實(shí)戰(zhàn)分析學(xué)習(xí)和交流的機(jī)會、助力學(xué)員真正理解分析原理和完成實(shí)戰(zhàn)分析， 獨(dú)創(chuàng)線下集中授課2天+自行練習(xí)5天+再集中講解答疑2天+后期學(xué)習(xí)群的四段式教學(xué)，并提供學(xué)習(xí)視頻，教、學(xué)、練、答結(jié)合，真正實(shí)現(xiàn)獨(dú)立分析大數(shù)據(jù)。

關(guān)于學(xué)習(xí)生物信息學(xué)分析的重要性，請閱讀《生物信息9天速成班—成為團(tuán)隊(duì)中不可或缺的人》。

ChIP-seq基本分析流程見流程。課程將在這個(gè)基礎(chǔ)上，提供更深入地分析指導(dǎo)。

課程介紹

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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