精选| 2021年2月R新包推荐(第51期)
譯:黃小偉,資深大數(shù)據(jù)分析從業(yè)者。目前就職杭州有贊數(shù)據(jù)分析團(tuán)隊(duì)!
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2021年2月,243個(gè)R新包收錄于CRAN(2021年1月份收錄230個(gè)),累計(jì)收錄18,483個(gè)R包!此次選摘了40個(gè)R包(12個(gè)類別),分布結(jié)構(gòu)如下:
以下是本期(總第51期)R新包的核心功能介紹:
一. 計(jì)算方法
1.?blaster: 實(shí)現(xiàn)一種高效的(類似于BLAST)序列比較算法,該算法以C ++ 11編寫.
2.?rando: 提供比內(nèi)置函數(shù)更能感知上下文的隨機(jī)數(shù)生成函數(shù).
二. 數(shù)據(jù)
1.?AWAPer: 提供來自澳大利亞氣象局水資源可用性項(xiàng)目的全澳大利亞集水區(qū)加權(quán)氣候數(shù)據(jù)NetCDF文件.
2. caRecall: 提供對加拿大政府車輛召回?cái)?shù)據(jù)庫的API訪問,該數(shù)據(jù)庫由缺陷調(diào)查和召回部門用于車輛、輪胎和兒童汽車座椅.
3.?geofi: 提供在R中讀取芬蘭開放地理空間數(shù)據(jù)的工具.
4. hockeystick: 為非氣候?qū)<姨峁┇@取基本氣候變化數(shù)據(jù)集的工具。用戶可以從權(quán)威渠道下載最新的原始數(shù)據(jù),并通過預(yù)定義的ggplot2圖表進(jìn)行查看。數(shù)據(jù)集包括大氣CO2、儀器和代理溫度記錄、海平面、北極/南極海冰和古氣候數(shù)據(jù).
5.?votesmart: 實(shí)現(xiàn)對Project VoteSmart API的封裝.
三. 金融
1. PriceIndices: 提供計(jì)算雙邊和多邊指數(shù)的函數(shù)。有關(guān)詳細(xì)信息請參見:de Haan和Krsinich(2017)以及Diewert和Fox(2020).
2.?treasuryTR: 根據(jù)固定期限的債券收益率數(shù)據(jù)(例如報(bào)告的國庫券收益率)生成總收益(TR),這可為商業(yè)產(chǎn)品提供替代方案.
四. 游戲
1.?pixelpuzzle: 實(shí)現(xiàn)一個(gè)益智游戲,可以在R控制臺中玩.
五. 基因組學(xué)
1.?CDSeq: 提供同時(shí)使用批量測序數(shù)據(jù)估計(jì)細(xì)胞類型特異性基因表達(dá)譜和樣本特異性細(xì)胞類型比例的函數(shù).
2. ClusTorus: 提供各種工具,用于在圓環(huán)體上對多變量數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類,同時(shí)包括對常用聚類方法(如k-均值聚類、成對角度距離)的角度調(diào)整.
3.?dsb: 提供了一種基于液滴的單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中蛋白質(zhì)表達(dá)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化和去噪方法.
六. 機(jī)器學(xué)習(xí)
1.?besridge: 使用Wen等人(2020)提出的原始-對偶活動集算法,提供在高維數(shù)據(jù)的復(fù)雜情況下執(zhí)行嶺回歸的函數(shù).
2. ROCket: 提供估計(jì)接收器工作特性(ROC)曲線和曲線下面積(AUC)計(jì)算的函數(shù),能夠區(qū)分兩種類型的ROC曲線表示形式:1)參數(shù)曲線-真實(shí)正率(TPR)和錯(cuò)誤正率(FPR)為 得分參數(shù)的函數(shù);2)函數(shù)曲線-TPR是FPR的函數(shù).
3.?wordpiece: 提供在給定適當(dāng)詞匯表的情況下,對輸入文本應(yīng)用詞條標(biāo)記化的函數(shù).
七. 數(shù)學(xué)
1.?fractD: 用盒計(jì)數(shù)法估計(jì)二維和三維(切片)圖像中黑色區(qū)域的分形維數(shù).
2.?spacefillr: 生成隨機(jī)和準(zhǔn)隨機(jī)的空間填充序列,包括Halton、Sobol和其他錯(cuò)誤分布為各種類型抖動藍(lán)色噪聲的序列.
3.?tensorsign: 提出了一種基于符號序列的非參數(shù)張量完備化算法,Lee和Wang(2021)中描述了采用交替優(yōu)化方法解決加權(quán)分類問題的算法.
八. 醫(yī)藥領(lǐng)域
1.?bhmbasket: 提供使用貝葉斯層次模型和貝葉斯決策規(guī)則評估具有二進(jìn)制端點(diǎn)試驗(yàn)設(shè)計(jì)的函數(shù).
2.?bp: 通過為研究人員提供描述性和可視化工具,提供有助于分析各種形式的血壓數(shù)據(jù)的函數(shù).
3.?CHOIRBM: 提供用于可視化通過“協(xié)作健康結(jié)果信息注冊表”(Collaborative Health Outcours Information Registry CHOIR)收集的體圖數(shù)據(jù)的函數(shù).
4.?QDiabetes: 通過使用ClinRisk得出的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測算法,可以計(jì)算患2型糖尿病的風(fēng)險(xiǎn).
5.?SteppedPower: 提供縱向混合模型的功率和樣本量計(jì)算、設(shè)計(jì)診斷工具,重點(diǎn)是使用Hussey和Hughes(2007)中介紹的方法和Li等人(2020)中討論的擴(kuò)展進(jìn)行階梯楔設(shè)計(jì).
九.?網(wǎng)絡(luò)圖形
1.?bnmonitor:?實(shí)現(xiàn)了貝葉斯網(wǎng)絡(luò)的靈敏度和魯棒性方法,包括通過各種協(xié)變方案進(jìn)行參數(shù)變化、計(jì)算靈敏度函數(shù)以及通過距離和發(fā)散量量化兩個(gè)貝葉斯網(wǎng)絡(luò)的不同性的方法.
2.?iconr: 提供使用網(wǎng)絡(luò)和空間分析研究考古圖像數(shù)據(jù)集(巖畫、陶藝裝飾、石碑等)的方法.
3.?MLVSBM: 提供使用隨機(jī)塊模型框架對多級網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模擬、推理和聚類的函數(shù),如Chabert-Liddell等人所述.
4.?motifr: 提供分析多層次網(wǎng)絡(luò)(將多個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)合在一起的網(wǎng)絡(luò),例如社會生態(tài)網(wǎng)絡(luò))基序(節(jié)點(diǎn)和邊的小配置)的工具.
十. 統(tǒng)計(jì)領(lǐng)域
1.?cfda: 提供將分類數(shù)據(jù)編碼為功能數(shù)據(jù)并執(zhí)行基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)分析的功能.
2.?cvCovEst: 實(shí)現(xiàn)了一種高效的協(xié)方差矩陣估計(jì)交叉驗(yàn)證方法,特別適用于高維環(huán)境.
3.?flipr: 對多種數(shù)據(jù)類型實(shí)現(xiàn)置換框架點(diǎn)估計(jì)、置信區(qū)間或假設(shè)檢驗(yàn).
4.?ipmr: 使用基于表達(dá)式的框架實(shí)現(xiàn)積分投影模型,該框架處理密度依賴性和環(huán)境隨機(jī)性,并提供診斷、繪圖、模擬和分析工具.
5.?metapack: 提供通過馬爾可夫鏈蒙特卡羅算法對元分析和網(wǎng)絡(luò)元分析模型執(zhí)行貝葉斯推理的函數(shù).
6. sassy: 加載一組程序包,這些程序包的共同目標(biāo)是使SAS?程序員更容易使用R。函數(shù)將許多熟悉的SAS?概念帶到R中,包括數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)字典、格式和格式目錄、數(shù)據(jù)步驟和可跟蹤日志.
十一. 應(yīng)用工具
1.?gargoyle: 實(shí)現(xiàn)基于事件的框架以構(gòu)建Shiny應(yīng)用程序,?該程序包不再依賴于標(biāo)準(zhǔn)的Shiny反應(yīng)對象,而是依靠更輕量的觸發(fā)器.
2.quarto: 提供Quarto markdown發(fā)布系統(tǒng)的界面,并允許將R Markdown文檔和Jupyter Notebooks轉(zhuǎn)換為多種輸出格式.
3.?var: 提供功能以管理,配置和使用為R預(yù)先配置的虛擬機(jī),以及在干凈的環(huán)境中開發(fā),測試和構(gòu)建程序包.
十二. 可視化
1.?ggh4x: 通過為每個(gè)面板設(shè)置單獨(dú)的比例、調(diào)整面板大小,提供嵌套的構(gòu)面并允許每個(gè)圖使用多種顏色和填充比例來擴(kuò)展ggplot2圖形.
2.?tastypie: 提供用于制作餅圖的函數(shù)和模板.
3.?terrainr: 提供檢索、操作和可視化地理空間數(shù)據(jù)的功能,目的是在Unity 3D渲染引擎中生成“3D”景觀可視化.
說明:限于個(gè)人水平,錯(cuò)誤之處難免,煩請批評指正,共同交流~
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總結(jié)
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