前面講述了富集分析泡泡圖的繪制，富集分析結果也可以用網絡形式同時展示富集的條目以及對應的基因。

首先看下示例數據，列數可多可少，這里只用到Description列和geneID列。

ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count Group HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB 26/156 200/4386 4.45471795944512e-09 2.09371744093921e-07 1.82877895177221e-07 PER1/DUSP1/IRS2/KLF9/CEBPD/DNAJB4/CFLAR/GADD45B/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/KLF6/RHOB/MAFF/PTX3/NR4A3/MAP3K8/GCH1/NFIL3/CYR61/NR4A1/DUSP5/ATF3/GFPT2/RCAN1/PTPRE 26 trt._higherThan_.untrt HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION 18/156 200/4386 0.000216131430625001 0.00507908861968753 0.0044363819970395 NNMT/FZD8/GADD45B/SAT1/COL7A1/LAMA2/THBS1/RHOB/PTX3/COL4A1/ANPEP/FSTL3/CYR61/COL11A1/LAMA3/ACTA2/TAGLN/FBN2 18 trt._higherThan_.untrt HALLMARK_HYPOXIA HALLMARK_HYPOXIA 17/156 200/4386 0.000638557923391064 0.0100040741331267 0.00873816105693035 DUSP1/MT2A/ERRFI1/IRS2/MT1E/FOXO3/SAP30/KLF6/GLRX/MAFF/UGP2/CITED2/NFIL3/CYR61/ATF3/STC1/GCNT2 17 trt._higherThan_.untrt HALLMARK_P53_PATHWAY HALLMARK_P53_PATHWAY 16/156 200/4386 0.00176676135024713 0.0207594458654038 0.0181325506999047 STOM/ZBTB16/ABAT/ALOX15B/DCXR/FOXO3/SAT1/TSC22D1/CCND3/INHBB/TM4SF1/ATF3/CD82/PDGFA/SLC19A2/PTPRE 16 trt._higherThan_.untrt HALLMARK_UV_RESPONSE_DN HALLMARK_UV_RESPONSE_DN 12/156 144/4386 0.00478020785355157 0.0449339538233847 0.0392480223765287 DUSP1/APBB2/MT1E/ANXA4/TGFBR2/PDLIM5/AMPH/CITED2/CYR61/COL11A1/DDAH1/PPARG 12 trt._higherThan_.untrt HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE 9/156 101/4386 0.00920383270379172 0.0720966895130351 0.0629735921838381 FKBP5/ADAMTS1/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/CCND3/STEAP4/SLC38A2/PTK2B 9 trt._higherThan_.untrt

采用BIC的工具Explode matrix對矩陣進行轉換，把geneID列的基因按行拆分開：

http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NDI%3D%27

設置geneID列為Column for exploding

設置/為Item separtor in exploding column

設置只保留geneID和Description列，且geneID列在前 (Specify columns to be included in final matrix)

點擊提交，下載結果（如果結果直接在瀏覽器打開了，則右鍵另存為下載）

獲得轉換后的數據格式如下 (兩列文件，基因和其對應的富集條目)：

geneID Description PER1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB DUSP1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB IRS2 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB KLF9 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB CEBPD HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB DNAJB4 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB CFLAR HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB GADD45B HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB PDLIM5 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB SAT1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB TSC22D1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB KLF6 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB RHOB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB MAFF HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB PTX3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB NR4A3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB MAP3K8 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB GCH1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB NFIL3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB CYR61 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB NR4A1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB DUSP5 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB ATF3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB GFPT2 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB RCAN1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB PTPRE HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB NNMT HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION FZD8 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION GADD45B HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION SAT1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION COL7A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION LAMA2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION THBS1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION RHOB HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION PTX3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION COL4A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION ANPEP HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION FSTL3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION CYR61 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION COL11A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION LAMA3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION ACTA2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION TAGLN HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION FBN2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION DUSP1 HALLMARK_HYPOXIA MT2A HALLMARK_HYPOXIA ERRFI1 HALLMARK_HYPOXIA IRS2 HALLMARK_HYPOXIA MT1E HALLMARK_HYPOXIA FOXO3 HALLMARK_HYPOXIA SAP30 HALLMARK_HYPOXIA KLF6 HALLMARK_HYPOXIA GLRX HALLMARK_HYPOXIA MAFF HALLMARK_HYPOXIA UGP2 HALLMARK_HYPOXIA CITED2 HALLMARK_HYPOXIA NFIL3 HALLMARK_HYPOXIA CYR61 HALLMARK_HYPOXIA ATF3 HALLMARK_HYPOXIA STC1 HALLMARK_HYPOXIA GCNT2 HALLMARK_HYPOXIA STOM HALLMARK_P53_PATHWAY ZBTB16 HALLMARK_P53_PATHWAY ABAT HALLMARK_P53_PATHWAY ALOX15B HALLMARK_P53_PATHWAY DCXR HALLMARK_P53_PATHWAY FOXO3 HALLMARK_P53_PATHWAY SAT1 HALLMARK_P53_PATHWAY TSC22D1 HALLMARK_P53_PATHWAY CCND3 HALLMARK_P53_PATHWAY INHBB HALLMARK_P53_PATHWAY TM4SF1 HALLMARK_P53_PATHWAY ATF3 HALLMARK_P53_PATHWAY CD82 HALLMARK_P53_PATHWAY PDGFA HALLMARK_P53_PATHWAY SLC19A2 HALLMARK_P53_PATHWAY PTPRE HALLMARK_P53_PATHWAY DUSP1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN APBB2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN MT1E HALLMARK_UV_RESPONSE_DN ANXA4 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN TGFBR2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN PDLIM5 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN AMPH HALLMARK_UV_RESPONSE_DN CITED2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN CYR61 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN COL11A1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN DDAH1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN PPARG HALLMARK_UV_RESPONSE_DN FKBP5 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE ADAMTS1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE PDLIM5 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE SAT1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE TSC22D1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE CCND3 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE STEAP4 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE SLC38A2 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE PTK2B HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE

把這個文件粘貼到最全Venn圖繪制工具Evenn (http://www.ehbio.com/test/venn/#/，更多功能見這個Venn 網絡很漂亮！3分鐘帶你繪制！)的Venn network處，直接點擊submit。

點擊提交后，直接出來一張網絡圖

點擊Preferred layout按鈕，看動畫，調布局 (具體操作可查看EVenn的Help幫助文檔和對應的視頻)。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的Venn网络展示富集分析结果的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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