近日，由中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數(shù)據(jù)中心開發(fā)的人類長非編碼RNA（long non-coding RNA, lncRNA）表達數(shù)據(jù)庫正式上線。該研究成果以`LncExpDB: an expression database of human long non-coding RNAs`為題在國際學術(shù)期刊《核酸研究》（`Nucleic Acids Research`）在線發(fā)表。

`LncRNA`通過復雜多樣的分子機制發(fā)揮重要調(diào)控功能，在多個生物學過程以及疾病發(fā)生發(fā)展中均發(fā)揮重要作用。目前，人類基因組中已鑒定出十萬多個lncRNA基因，但有功能研究的僅有數(shù)千條，因此全面注釋lncRNA功能是人類基因組研究的重要內(nèi)容和巨大挑戰(zhàn)。近年來，高通量測序技術(shù)的迅速發(fā)展促進了正常組織、疾病、胚胎發(fā)育、器官分化、病毒侵染、亞細胞區(qū)室等多種生物學場景的研究，積累了豐富的組學數(shù)據(jù)，尤其是轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，為從多角度發(fā)現(xiàn)和研究lncRNA的生物學功能提供了重要的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)與研究思路。

LncExpDB數(shù)據(jù)庫致力于提供多生物學場景的lncRNA表達譜，鑒定具有潛在功能的lncRNA，促進lncRNA的功能實驗研究。在LncBook數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的人類lncRNA數(shù)據(jù)集基礎(chǔ)上，研究人員整合CHESS、RefLnc、FANTOM等10余個專業(yè)數(shù)據(jù)庫鑒定的lncRNA，基于嚴格審編標準，獲得全面的高質(zhì)量人類lncRNA參考數(shù)據(jù)集，包含101,293個基因／33,1244個轉(zhuǎn)錄本。LncExpDB數(shù)據(jù)庫進一步整合9種重要生物學場景（正常組織/細胞系、器官發(fā)育、植入前胚胎發(fā)育、細胞分化、亞細胞定位、外泌體、癌癥細胞系、病毒侵染、晝夜節(jié)律）的1,977個樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，通過標準化的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程，系統(tǒng)分析并鑒定每種生物學場景的特征基因（管家基因／組織特異性基因、差異表達基因、節(jié)律基因、動態(tài)表達基因、亞細胞區(qū)室富集基因）集合，共計25,191個特征lncRNA基因和28,443,865對相關(guān)的lncRNA-mRNA共表達關(guān)系。此外，LncExpDB鑒定了具有表達證據(jù)支持的92,016個lncRNA基因，評估了lncRNA的表達水平與表達潛力。

LncExpDB數(shù)據(jù)庫具備友好的檢索、瀏覽與可視化功能，方便用戶通過不同基因／轉(zhuǎn)錄本ID、基因symbol進行檢索和瀏覽，探索特定生物學場景下特征基因與共表達關(guān)系，全面比較lncRNA在不同生物學場景中的功能差異，提供FTP下載所有相關(guān)注釋信息與分析結(jié)果的開放共享功能，為非編碼RNA功能研究提供了重要數(shù)據(jù)基礎(chǔ)和共享平臺。

　　
北京基因組所（國家生物信息中心）碩士研究生李昭和博士研究生劉琳為本文共同第一作者，馬利娜副研究員與章張研究員為共同通訊作者。該研究得到了中科院戰(zhàn)略性先導科技專項、國家重點研發(fā)計劃、中科院青促會等項目資助。

分享我們承建的三篇NAR的數(shù)據(jù)庫：有類似數(shù)據(jù)庫建設(shè)需求請聯(lián)系我們。

往期精品(點擊圖片直達文字對應(yīng)教程)

后臺回復“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集

?

（請備注姓名-學校/企業(yè)-職務(wù)等）

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的人类长非编码RNA表达数据库，整合9种重要生物学场景（发育、癌症、病毒侵染等）...的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。