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Rstudio基礎
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Rstudio中新建或打開文件
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生信寶典，一起換個角度學生信
Rstudio基礎
R語言是比較常用的統計分析和繪圖語言，擁有強大的統計庫、繪圖庫和生信分析的Bioconductor庫，是學習生物信息分析的必備語言之一。

Rstudio是編輯、運行R語言的最為理想的工具之一，支持純R腳本、Rmarkdown (腳本文檔混排)、Bookdown (腳本文檔混排成書)、Shiny (交互式網絡應用)等。

Rstudio版本

Rsdutio分為桌面版和服務器版，桌面版可以在單機使用，服務器版可以從瀏覽器訪問供多人使用。

服務器版安裝好之后，訪問地址為<服務器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio version

Rstudio安裝

R安裝

Linux下安裝

Rstudio安裝前需要安裝R，如果使用的是新版的操作系統。直接可以用sudo apt-get installl r-base 或者yum install r-base來安裝。

若系統版本老，或沒有根用戶權限，則需要下載編譯源碼安裝，最新地址為https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz。

具體編譯方式為 (Linux下軟件安裝見 http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):

–enable-R-shlib 需要設置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的動態庫

–prefix指定軟件安裝目錄，需使用絕對路徑

./configure –prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 –enable-R-shlib

也可以使用這個命令，共享系統的blas庫，提高運輸速度

./configure –prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 –enable-R-shlib –with-blas –with-lapack

make
make install
Windows下安裝

下載https://cran.r-project.org/bin/windows/雙擊就可以了。

Rstudio安裝

Linux下安裝服務器版

安裝參考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
sudo yum install –nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
安裝完之后的檢測、啟動和配置

sudo rstudio-server verify-installation #查看是否安裝正確
sudo rstudio-server start ## 啟動
sudo rstudio-server status ## 查看狀態
sudo rstudio-server stop ## 停止
ifconfig | grep ‘inet addr’ ## 查看服務端ip地址
sudo rstudio-server start ## 修改配置文件后重啟
sudo rstudio-server active-sessions ## 列出活躍的sessions:
sudo rstudio-server suspend-session ## 暫停session
sudo rstudio-server suspend-all ##暫停所有session
Rstudio日志目錄，方便查看錯誤信息：/var/log/rstudio-server/
配置文件：
/etc/rstudio/rserver.conf

www-port=8787 (default)
www-address=0.0.0.0 (default)
rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib
rsession-which-r=/usr/local/bin/R
/etc/rstudio/rsession.conf

Timeout

[user]
session-timeout-minutes=30
[@powerusers]
session-timeout-minutes=0
Windows下安裝桌面版

下載之后 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)雙擊安裝，需要使用管理員權限，其它無需要注意的。

Rstudio 使用

Windows下桌面版直接雙擊打開即可使用，Linux服務器版訪問地址為<服務器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio 界面

Rstudio

Rstudio中新建或打開文件

如果是桌面版，直接就可以訪問”我的電腦”去打開之前寫過的腳本。如果是服務器版，可直接訪問服務器上寫過的腳本。Rstudio右下1/4部分可以切換目錄，點擊more，設置工作目錄。可以上傳本地的腳本到對應目錄打開。

Rstudio.gif

Rstudio還有其它的功能，不過這些對我們初學使用已經足夠了。后續會根據需要推出基于ggplot2作圖的R入門介紹。

Reference
http://blog.genesino.com//2017/06/R-Rstudio
生信寶典，一起換個角度學生信
R語言學習 - 入門環境Rstudio
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總結

以上是生活随笔為你收集整理的R 学习的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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