基因組瀏覽器是高通量測序分析的一個重要的可視化工具。相比于最終提供的表格，基因組瀏覽器可以提供更多的信息，如直觀展示突變位點、查看有無新轉(zhuǎn)錄本或新的可變剪接形式、查看peak的可信度、上下游基因、區(qū)域保守性、重復元件、蛋白結(jié)合motif等。

我們前面有測序數(shù)據(jù)可視化列舉了4個常用的高通量數(shù)據(jù)可視化工具，詳細介紹了IGV基因組瀏覽器可視化高通量測序數(shù)據(jù)和UCSC 基因組瀏覽器的安裝使用。

最近幾次將以華盛頓大學(DC)開發(fā)的EPGG基因組瀏覽器為主要工具 (目前主流瀏覽器之一，不同的功能更新分別發(fā)表于NBT, Nature method等雜志)，介紹下基因組瀏覽器的基本展示內(nèi)容、各部分含義、使用方式等。

基因組瀏覽器都可以按照位置或基因名字搜索，可進行局部放大和縮小。雖然每個軟件略有不同，但基本操作是通用的。點一點，拽一拽，就都能用了。初次接觸一個軟件，多一點耐心，多一點操作，其實沒那么難。

基因信息展示包含基因的轉(zhuǎn)錄方向信息 (箭頭)，基因結(jié)構(gòu)信息 (CDS, UTR, intron)，基因功能描述信息等。方向信息對我們識別轉(zhuǎn)錄起始位點及啟動子區(qū)域和啟動子上的ChIP peak至關(guān)重要。

另外還有個功能，基因只在基因組占1%，瀏覽起來不方便，Juxtapose模式可以只顯示基因區(qū)，其它區(qū)域隱藏，這樣截圖或瀏覽起來都更方便。

重復元件是我們做分析時需要關(guān)注的一個點，最近Cell文章發(fā)現(xiàn) LINE元件 (A LINE-1-Nucleolin Patnership Regulates Early Development and ESC Identity)是胚胎發(fā)育的關(guān)鍵。如果我們的數(shù)據(jù)能在某個重復元件上有特殊分布，也可能催生重要發(fā)現(xiàn)呢。

“峰圖”是最常見的展示形式，reads的分布有高有低，在基因組上形成層戀疊嶂的山峰狀。峰頂表示對應區(qū)域的表達、修飾或結(jié)合比較高。

除了峰形圖，也可以展示熱圖、線圖等。

數(shù)值Track支持的數(shù)據(jù)一般是bigWig格式，在不同瀏覽器之間通用。不同Track之間比較時需要先對數(shù)據(jù)做標準化，也需要設(shè)置同等大小的Y軸。數(shù)據(jù)可以進行一定程度的擬合，使得結(jié)果更清晰 (圖中的Smooth window)。

這個線圖常用于比較富集樣品和對照樣品，或比較不同樣品之間的表達量高低等。把2個Track放到一起展示，高低立見。UCSC genome browser也有類似功能，而且展示效果更好，我們前面也已提過。

EPGG特有的甲基化數(shù)據(jù)展示，給定每個位點測序深度，CG甲基化比例，CHH，CHG甲基化比例等。還可以在線過濾，篩選不同支持reads數(shù)的甲基化位點，更有動態(tài)性。是甲基化分析的必備神器。

染色體的三維結(jié)構(gòu)研究越來越多，用途也越來越大。關(guān)聯(lián)SNP位點的功能，尋找enhancer的靶基因，基因組區(qū)域互作，都可以通過Hi-C數(shù)據(jù)提供更多支持信息。EPGG可以用互作熱圖或loop連線兩種方式展示區(qū)域之間的互作。

互作熱圖的識別方式是：如果要看位點A和位點B之間是否有互作，只需在正負45度方向畫一條線，查看線是否有交點和交點處顏色強弱即可判斷。

還有圈圖形式，從宏觀展示某個位點與基因組其它區(qū)域的互作。

SNP位點展示及連鎖不平衡展示，這也是EPGG的特有功能。可視化與Hi-C染色體互作類似。

下一步將講一下EPGG的自帶數(shù)據(jù)和分析功能，以更方便使用。

訪問鏈接：http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的高通量数据分析必备|基因组浏览器使用介绍 - 1的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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