生物信息學習的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內容。

CIRCOS圈圖繪制 - circos安裝

CIRCOS圈圖繪制 - 最簡單繪圖和解釋

CIRCOS圈圖繪制 - 染色體信息展示和調整

CIRCOS圖在有了染色體信息界定繪圖區域后，就可以向里面添加離散數據如標記特定的區域或連續數據如展示修飾的豐度等。

經過前面部分對CIRCOS基本安裝，最簡單繪圖和調整各部分屬性的熟悉后，這些基本配置都可以寫入單獨的文件，供多次使用，就像下面主配置文件中的include所示。

而我們每次繪圖主要修改的部分就在主配置文件里面，更換下對應圈的文件名、半徑和繪制屬性即可。

main circos configure?

(test.circos.conf)

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>># # 必須的部分，控制染色體信息顯示 # # 之前兩篇教程為了方便理解ideogram和ticks都是直接寫在主配置文件的 # # 但通常實際使用時會拆分成不同文件，方便管理，所以這里采用了引用方式 # # 具體解釋都見前面的文章 <<include ideogram.conf>> <<include ticks.conf>># 定義輸出 <image> <<include etc/image.conf>> file*=test.circos.png dir*=./ </image># karyotype定義染色體的名字、ID、起始位置信息，是繪制圖的根本 # 具體解釋看前面2篇文章 karyotype = test.chromsomes.circos_input.txt# `chromosome_units`定義染色體一個單位的大小，縮寫為`u`。若`chromosome_units=1000000`,則`10u=10000000`。 # 后面會用到這個單位，尤其是ticks中 chromosomes_units =1000000 chromosomes_display_default = yes# 大標簽highlights，復數定義里面有多個highlight <highlights># 高亮的區域放在 <highlight>標簽中，配置簡單，給定文件名和內外半徑就好 # 文件格式見下面解釋 <highlight> file=HL1.bed.circos_input.txt r0=0.914285714286r r1=0.991428571429r </highlight># 高亮的區域放在 <highlight>標簽中，配置簡單，給定文件名和內外半徑就好 # 文件格式見下面解釋 <highlight> file=HL2.bed.circos_input.txt r0=0.828571428571r r1=0.905714285714r </highlight># 高亮的區域放在 <highlight>標簽中，配置簡單，給定文件名和內外半徑就好 # 文件格式見下面解釋 <highlight> file=HL3.bed.circos_input.txt r0=0.742857142857r r1=0.82r </highlight></highlights># 定義繪制的線圖、點圖、熱圖、直方圖等，復數plots <plots># 全局屬性定義 color = spectral-7-div-rev stroke_thickness = 1 stroke_color = black scale_log_base = 0.5# 其中一個子圖，給定文件名，內外半徑，和繪制類型 # 文件格式見下面解釋 <plot> file=Heatmap1.bed.circos_input.txt type=line r0=0.657142857143r r1=0.734285714286r </plot># 其中一個子圖，給定文件名，內外半徑，和繪制類型 # 文件格式見下面解釋 <plot> file=Heatmap2.bed.circos_input.txt type=scatter r0=0.571428571429r r1=0.648571428571r </plot># 其中一個子圖，給定文件名，內外半徑，和繪制類型 # 文件格式見下面解釋 <plot> file=Heatmap3.bed.circos_input.txt type=histogram r0=0.485714285714r r1=0.562857142857r </plot># 其中一個子圖，給定文件名，內外半徑，和繪制類型 # 文件格式見下面解釋 <plot> file=Heatmap4.bed.circos_input.txt type=heatmap r0=0.4r r1=0.477142857143r </plot></plots><<include etc/housekeeping.conf>> max_points_per_track* ?= ?2500000 data_out_of_range* = trim

下面看下文件格式的要求

test.chromsomes.circos_input.txt

##chr - ID LABEL START END COLOR chr - chr1 hs1 0 248956422 chr1 chr - chr2 hs2 0 242193529 chr2 chr - chr3 hs3 0 198295559 chr3 chr - chr4 hs4 0 190214555 chr4 chr - chr5 hs5 0 181538259 chr5

高亮文件的格式一致，選其中一個做例子 HL1.bed.circos_input.txt

#ParentID ? ?START ? ?END ? ?ATTRIBUTE #ParentID對應于karyotype文件的ID（第3列) #ATTRIBUTE列顏色的獲取看前面兩篇的介紹以獲知有多少可用顏色 chr1 0 6422000 fill_color=vlyellow chr1 12447822 24895644 fill_color=vlpred chr1 136926042 149373864 fill_color=vlppurple chr1 236508618 248956422 fill_color=vlporange chr2 0 2421000 fill_color=vlpred chr2 36329031 48438708 fill_color=vlpgreen chr2 193754832 205864509 fill_color=vlpred chr2 133206447 145316124 fill_color=vlyellow chr3 59488668 69403446 fill_color=vlpred chr3 128892114 138806892 fill_color=vlpblue chr3 1800000 198295559 fill_color=vlpred chr4 0 2145550 fill_color=vlpgreen chr4 95107280 104618008 fill_color=vlpblue chr4 133150192 142660920 fill_color=vlppurple chr4 190000000 190214555 fill_color=vlpgreen chr5 0 1538259 fill_color=vlpblue chr5 27230739 36307652 fill_color=vvlpgreen chr5 72615304 81692217 fill_color=vvlyellow chr5 127076782 136153695 fill_color=vvlporange chr5 15382590 15392590 fill_color=vlpblue

數值文件格式也一致，只是給定不同的type繪制不同屬性的圖，如線圖、熱圖等。

Heatmap1.bed.circos_input.txt

#ParentID ? ?START ? ?END ? ?Value #ParentID對應于karyotype文件的ID (第3列) #Value列為我們想展示的值 chr1 0 12447822 1 chr1 12447822 24895644 2 chr1 211612974 224060796 18 chr1 224060796 236508618 19 chr1 236508618 248956422 20 chr2 0 12109677 1 chr2 12109677 24219354 2 chr2 24219354 36329031 3 chr2 36329031 48438708 4 chr2 48438708 60548385 5 chr2 205864509 217974186 18 chr2 217974186 230083863 19 chr2 230083863 242193529 20 chr3 0 9914778 1 chr3 9914778 19829556 2 chr3 19829556 29744334 3 chr3 29744334 39659112 4 chr3 39659112 49573890 5 chr4 0 9510728 1 chr4 9510728 19021456 2 chr4 19021456 28532184 3 chr4 28532184 38042912 4 chr4 133150192 142660920 15 chr4 171193104 180703832 19 chr4 180703832 190214555 20 chr5 0 9076913 1 chr5 9076913 18153826 2 chr5 18153826 27230739 3 chr5 154307521 163384434 18 chr5 163384434 172461347 19 chr5 172461347 181538259 20

所有文件都準備好之后，運行circos -conf test.circos.conf就可以獲得test.circos.svg和test.circos.png兩幅圖了。

如果有屬性不理解或還需修改屬性，請參考前兩篇及前兩篇提供的屬性修改文檔方便查找。

后臺回復circos，可獲取本次的配置文章和測試數據，直接體驗出圖。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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