生物信息學(xué)習(xí)的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、轉(zhuǎn)錄組分析?（Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細(xì)胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細(xì)胞RNA測序分析的最佳實(shí)踐教程 （原理、代碼和評述）)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學(xué)設(shè)計實(shí)驗GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內(nèi)容。

在前天的文章中送書 | 耗時很長的程序忘加nohup就運(yùn)行了怎么辦？，有一位朋友留言提到了Excel的一個坑，這個之前也專門有文章(Excel改變了你的基因名，30% 相關(guān)Nature文章受影響，NCBI也受波及)講述。

這讓我想起來很早之前碰到的一個關(guān)于基因名的詭異問題，數(shù)千個基因讀進(jìn)來的數(shù)據(jù)框只有幾百行，head和tail查看都沒問題，問題出現(xiàn)在中間部分基因存在的引號上面了。

以下面這個簡單數(shù)據(jù)為例子看下是怎么回事？

text <- "Gene;Samp1;Samp2 Pou5f1;23;34 Acg't;22;21 Deg;33;34 Oct'4;25;27 Sox2;12;13"

讀入數(shù)據(jù)，查看下

data <- read.table(text=text, sep=";", row.names=1, header=T)data

5個基因，讀進(jìn)去之后只有3個了。

Samp1 Samp2 Pou5f1 23 34 Acgt;22;21\nDeg;33;34\nOct4 25 27 Sox2 12 13

原來是引號在搞鬼，R默認(rèn)在遇到引號時會認(rèn)為兩個引號中間的字符屬于同一列。這樣做的好處是某一列的內(nèi)容中可包含列分隔符而不影響數(shù)據(jù)讀取，壞處如上。

因為通常遇到的數(shù)據(jù)是不會在列內(nèi)容中包含引號的，所以quote=""成了我讀取數(shù)據(jù)的標(biāo)配，盡量不再被這個問題困擾。comment=""也是類似 (默認(rèn)#開頭的行會被忽略，有沒有因此丟失過行呢？)。

data <- read.table(text=text, sep=";", row.names=1, quote="", header=T, comment="")data

讀進(jìn)來，數(shù)據(jù)如下，問題解決

Samp1 Samp2 Pou5f1 23 34 Acg't 22 21 Deg 33 34 Oct'4 25 27 Sox2 12 13

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的引号吃掉了我的数据~~~的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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