高颜值可定制在线绘图工具
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圖形支持
整體界面
數據格式
繪圖布局
線圖
富集分析泡泡圖
熱圖
箱線圖
散點圖
柱狀圖
火山圖
維恩圖
UpsetView
共表達密度圖
直方圖
PCA
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生信寶典，生物信息學習系列教程，轉錄組，宏基因組，外顯子組，R作圖，Python學習，Cytoscape視頻教程
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十一之前，出了一期畫圖專輯：好色之旅-畫圖三字經簡潔明快地總結了生信寶典推出的一系列畫圖相關文章，包括多種形式的熱圖、線圖、柱狀圖、箱線圖、泡泡圖、韋恩圖、進化樹、火山圖、生存分析等(點上面的鏈接還有美女相贈)，這些都是基于R代碼或簡便封裝的R腳本，便于學習和使用。另外還有Cytoscape和其它作圖工具以及圖形排版的介紹，是在家作圖、出門收藏的必備良品。
代碼很簡單，封裝很方便，但在使用時還是有不少朋友遇到不少問題，那么有沒有辦法不寫代碼就可以直接出圖，并且既簡單易用，又可定制，還能得到矢量圖。
神器來了，生信寶典團隊開發的在線繪圖工具E Chart(也請大家給起個名字)開始面向公測了，有問題或新增功能或用著不習慣的地方還請反饋。
圖形支持
設計有生信分析常見的14種圖，都已實現。(公測，無需注冊)
整體界面
初進入是網站展示和圖形Demo界面。輪播圖中貼心地提供了R中支持的顏色的名字和代碼，方便繪圖時查詢使用，用戶可點擊右上角按鈕全屏查看。下方每個Demo圖點擊都可進入相應繪圖頁面。
數據格式
輸入數據格式根據繪圖需要支持兩種格式，Wide format和Long format。
Wide format每一列為一個變量，更像常見的基因表達數據，比如每一行為一個基因，每一列為一個樣品，適合于中規中矩的矩陣，可讀性好。
Long format最簡單的格式是兩列，一列包含所有變量類型，如前面提到的樣品，一列包含所有值。常見的基因表達矩陣從Wide format轉換為Long format后有三列，一列為GeneID, 一列為樣品名字，再一列 (通常為value)為基因表達值，表示對應基因在對應樣品的表達量。這種格式方便程序處理，也適合不規則數據。
初使用此網站對輸入數據結構不熟悉的用戶，可以試用給出的默認輸入數據，并仿照其格式編輯自己的數據。注意表格類輸入數據要以tab分割。
繪圖布局
繪圖頁面布局參照下圖，提供數據和必選參數就可提交了。如果想更多調整布局和增加元素，可在對應版塊針對性修改。成功繪出的圖片會顯示在頁面下方，并提供下載功能。繪制完后，可繼續調整參數，以使圖滿足需要。
線圖
線圖支持2種輸入格式，基因表達趨勢圖使用常見的Wide format，只是樣品為行，基因為列，在Excel中可以很輕松轉置；如果有需要，后期也會提供在線處理功能。
Wide format沒有必填的參數，輸入數據后，直接點擊Plot就可以出圖了。
再復雜一點，增加標題、X-軸、Y-軸標題，調整圖例位置和X軸旋轉，就得到了右邊的圖。(黃色字體為對應參數，綠色文字為參數設置的值)
線圖還支持長表格格式，需要特別注意的是value列是必須的，而且列的名字必須是value。這種格式下有必填項需要指定哪一列作為X軸X-axis variable和哪一列做分組信息 (圖例信息)Legend variable，同時需要指定X軸是數值類型Continuous還是字符串類型Discrete (數字可以做為數值處理，也可以作為字符串處理，根據圖形意義的需要來選擇)。然后就可以點擊Plot出圖了。
這個圖還可以繼續美化，比如增加垂線標記啟動子區域，橫軸改為生物含義的標示，線可在不違反趨勢的條件下更圓潤一些，更改線的顏色和排列順序等。注意使用到的符號為英文符號，顏色可以是名字 (見首頁顏色表)，也可以是顏色代碼 (顏色參數旁邊有個調色板，可獲取顏色代碼，寫入顏色設置框中)。
富集分析泡泡圖
富集分析泡泡圖只需要輸入Long format的輸入格式，也是之前推薦的富集分析工具去東方，最好用的在線GO富集分析工具和GO、GSEA富集分析一網打進直接輸出的格式。
輸入數據后，必須填入的參數為X-軸類型，X-軸信息所在列名字，Y-軸信息所在列名字，點的顏色變量和大小變量，具體見下圖標識 (黃色字體為對應參數，綠色為參數設置的值)或按網頁提示填寫即可，直接點擊Plot就可以出圖了。
若只有一組數據，X-axis variable一般選擇GeneRatio (continuous variable)；若有多組數據，X-axis一般選擇SampleGroup (用于標識分組的列)。
這是另外一種情況，同時用上了GeneRatio作為X-axis variable，SampleGroup作為Shape variable，并且改變了點的顏色等。
熱圖
熱圖的輸入數據主要包括Data matrix (wide format)和Annotation matrix兩部分(注釋不是必須的)。
最簡單情況下，只需要輸入數據矩陣，點擊Plot就可以出圖了。
還可以選擇是否需要按行或列聚類，X-軸標記傾斜角度，是否進行標準化和更改顏色。
顏色設置有多種方式，可以提供兩個邊界顏色 (white,blue (colortype設置為continuous，表示最小值為白色，最大值為藍色，生成一系列的色階))；如果只有有限的數，想單獨賦給顏色，可以選擇colortype為Discrete。
另外一個重要功能是添加注釋和更改注釋項的顏色，添加注釋比較簡單，如果是行注釋，那么文件的第一列與Data matrix的第一列內容一致；如果是列注釋，文件第一列與Data matrix的第一行內容一致，其它的列根據分組信息自由標記就好。系統會自動給注釋賦值顏色，通常都是足夠使用的。
如果想自定義顏色，就復雜一些了，按圖中的示例，連續型變量Count需要賦值一個顏色向量，表示對Count列的值從小到大顏色賦值為white到red。離散型變量Type，則需要對每個值分別指定顏色。Type和Count都是注釋矩陣中的列名字，需要根據需要修改。如果是離散變量，每個值也需要修改。
箱線圖
只需要輸入數據矩陣，指定分組變量(Legend variable)和數據列(Y-axis variable)就可以了。
美化一點，調整下圖例位置，box方向，X、Y、Title等，Box類型
如果數據有亞組，則需同時指定橫軸變量 (X-axis variable)、亞組變量 (Legend variable)、縱軸變量 (Y-axis variable)。
散點圖
比較直觀，指定哪一列做橫軸、縱軸、用于上色、形狀、大小 (大小除了可以是某一列，也可以是一個數字)
柱狀圖
只需要輸入符合格式的數據，就可以出圖了
如果需要顯示Error-bar，則需要使用Long format，并且指定哪一列數據是平均值, 哪一列是標準差。
火山圖
最少需要2列數據，設置下閾值，就可以了。
也可以提供計算好的差異基因，如果需要標記基因，則需提供一列 (列內的非’-‘都會被標記)
維恩圖
直接上圖吧
UpsetView
更多集合的維恩圖時，推薦使用
共表達密度圖
輸入常規矩陣就可以
直方圖
PCA
生信寶典培訓班
生信寶典系列培訓班開班了，前兩期已經完成，視頻課程詳見培訓網站 (www.ehbio.com/Training)。
三段式培訓模式，教-學-練-答充分結合，不怕你學不會，就怕你不努力。
如果你覺得路途遙遠或者沒有你想了解的課程，歡迎給我們反饋，所有一切都在培訓網站操作。
激動人心的訪問地址
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生信寶典，一起學生信
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的高颜值可定制在线绘图工具的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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