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编程问答

高颜值可定制在线作图工具-第二版

發布時間:2025/3/15 编程问答 22 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 高颜值可定制在线作图工具-第二版 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

歡迎關注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/12/ImageGP/
生信寶典推出之前推出了一系列畫圖相關文章,包括多種形式的熱圖、線圖、柱狀圖、箱線圖、泡泡圖、韋恩圖、進化樹、火山圖、生存分析、共表達分析聚類如等(可點擊文末鏈接直達),都是基于R代碼或簡便封裝的R腳本,便于學習和使用。另外還有Cytoscape和其它作圖工具以及圖形排版的介紹,是在家作圖、出門收藏的必備良品。

現在推出的線上版設計有生信分析常見的12種圖, 推出到現在獨立訪問次數達到8000+次,平均每人訪問頁面5+次, 總計打開次數4萬+次。具體使用和樣例可見之前的推文最簡單漂亮的免費在線生信繪圖工具。在大家不斷的反饋下,新版做出了很多調整,提示信息更友好,工具更容易使用了。下面簡單介紹下訪問統計、最常使用的工具、新版的改進和操作方式,希望大家多多使用,給出更多的反饋。

有的朋友很細致,指出我們的Home旁的圖標應該是個小房子,不應該是心形(在網頁上更多代表收藏的意思)。我們也做了很多其他細節優化,歡迎大家繼續提出更多的意見,界面上的、操作上的、功能上的,我們都會給予積極反饋和協調優化。

訪問統計

推出到現在獨立訪問次數達到8000+次,平均每人訪問頁面5+次。

月度最受歡迎頁面是熱圖、富集分析圖和線圖,排名第四的是火山圖。學習GO富集分析和GSEA富集分析的原理和操作,點擊關鍵字直達, 還有去東方,最好用的在線GO富集分析工具, 注釋數據每周同步更新等你體驗。

功能改進

  • 對需要有必填參數的繪圖,增加了Demo按鈕。

    點擊Demo后,可看到非默認參數都標記了黃色背景,從上到下瀏覽下去,就可以看到參數如何填寫的,然后點擊PLOT就可以查看出圖效果。

    如果一個圖沒看到Demo按鈕,那說明沒有必選,直接點擊PLOT就可以看到繪圖效果。

  • 增加了數據的預先讀取,把列名字存儲到對應的下拉框中。這樣既省去了輸入,又避免了不知道填寫什么內容的尷尬。

    因為必選項一般是數據的列名字,不常用程序語言繪圖的朋友可能對這個缺少一些概念理解,后臺程序是通過列名字索引某一列的內容的,所以只需要把數據放到數據框,在下面variable name處提供列名字就可以了索引對應的列了。

    如下圖,需要指定哪一列做為橫軸,比如GeneRatio; 哪一列做縱軸,比如Description; 哪一列指示上色方案;哪一列指示點的大小,都可以從下拉框中選擇。

    可以用上面的Demo幫您演示,或者直接看每個圖最開始的輪播,上面有詳細的輸入數據格式、參數選擇和結果圖形展示。

  • 增加了數據格式判斷。

    若輸入的數據存在一些不符合后臺語言規則的寫法,給出提示。主要針對數據的第一行 (也就是列名字),存在非數字、字母、下劃線外的字符。這些寫法在Windows下沒問題,但對程序語言讀取會造成一些坤然,所以做了系統幫助判斷,規范寫法,避免后期出現意料外的錯誤。這個也是大家反饋最多的問題, 可以體驗下這種解決方式是否有效。

  • 每個圖都可以下載PDF格式,這個是一直都有的功能,現在只是優化了顯示位置。

  • 可選參數的面板默認都是關閉狀態,可點擊每個面板右上角的+打開查看,獲取更多的功能和更高的定制性。

  • 增加了更多的參數判斷和數據格式支持。

    比如繪制熱圖,有時給的矩陣會有重復的基因名字(尤其是無參轉錄組的結果),自己匹配的基因,沒有嚴格命名,而在Windows下重名也不會有影響,我們增加了默認給重復的基因名加一個編號的操作,這樣就不會出現錯誤,完好出圖。不過還是建議大家自己核查結果,是否有必要自己先對基因重新命名下。

    再如UpsetView是另一種形式的韋恩圖,可能大家接觸不多,對它的數據格式也不了解,現在是維恩圖繪制的數據,可以直接拿來繪制UpsetView,使用更方便。

    輸入的中文逗號會自動換為英文逗號

    只需要輸入數字的地方,如果輸入了無關字符會自動抹去。

  • FAQ頁面,搜集了一些常見的錯誤。這也是我們在做轉錄組和繪圖培訓時,學員常犯的錯誤。不過慢慢地這些錯誤都不會在出現了,要么被我們優化了后臺處理,要么給出了貼心的提醒。

  • 多設備支持目前也有比較好的效果,歡迎更多的試用、反饋和調整。

  • 如果您使用過程中,遇到問題,也請直接聯系我們或填寫Problem Feedback頁面,我們會及時解答。如果有新的功能需求或其它對我們發展的建議,也請提出,我們會優先添加。我們會加您入搶先用戶群,體驗更多新功能,后期也會有很多福利哦。

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    總結

    以上是生活随笔為你收集整理的高颜值可定制在线作图工具-第二版的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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