歡迎關(guān)注生信寶典，數(shù)萬小伙伴一起學(xué)生信！http://mp.weixin.qq.com/s/VguRtaGpEcaNzmZEi48gLg

生信的作用越來越大，想學(xué)的人越來越多，不管是為了以后發(fā)展，還是為了解決眼下的問題。但生信學(xué)習(xí)不是一朝一夕就可以完成的事情，也許你可以很短時間學(xué)會一個交互式軟件的操作，卻不能看完程序教學(xué)視頻后就直接寫程序。也許你可以跟著一個測序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么參數(shù)需要修改，結(jié)果可以出來，卻把我不住對還是錯。

學(xué)習(xí)生信從來就不是一個簡單的事，需要做好持久戰(zhàn)的心理準(zhǔn)備。

在學(xué)習(xí)時，我們都希望由淺入深的逐步深入，不斷地練習(xí)和實(shí)踐，這就是為什么我們需要一本書，因?yàn)闀芟到y(tǒng)。但生信發(fā)展的歷史短于計(jì)算機(jī)編程的歷史，如果想要一門程序設(shè)計(jì)的入門數(shù)據(jù)，每種語言都可以找到幾本。但想要一個囊括生信的書，就有些難了。本身生信跨領(lǐng)域，需要多學(xué)科的知識，而其內(nèi)部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔癢的感覺。

我們當(dāng)時都是零基礎(chǔ)下自學(xué)Linux, 自學(xué)Python，自學(xué)R，自學(xué)高通量測序；這些學(xué)習(xí)經(jīng)歷，之前都零星地記錄在博客里。現(xiàn)在回頭去看幾年前自己記錄的東西，覺得好簡單，而當(dāng)時卻費(fèi)了很大的力氣。這些零星的隨手記，當(dāng)時也只是為了自己看，到現(xiàn)在確實(shí)只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。

因此我們創(chuàng)建了生信寶典，希望從不同的角度傳播知識。這個不同有三點(diǎn)含義，一是形式上的不同，摒棄之前主編們單人作戰(zhàn)想寫啥就寫啥，而是有組織有計(jì)劃的內(nèi)容聚合，提供一系列的教程，由入門到提高。二是內(nèi)容的不同，不去用網(wǎng)上現(xiàn)有教程的通用數(shù)據(jù)做例子，而是拿實(shí)際生物數(shù)據(jù)，講述如何解釋生信中普遍碰到的問題，講述如何處理自己的數(shù)據(jù)。三是立足點(diǎn)不同。在寫作時，我們回到了當(dāng)年，在回憶中用整個階段的學(xué)習(xí)去指導(dǎo)當(dāng)初的那個小白，從那些會了的人覺得微不足道而不會的人又邁不過的坎入手，直擊痛點(diǎn)。知識點(diǎn)的收錄依據(jù)不是是否炫酷，是否難，而是是否必要。如果必要，再簡單，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暫不納入。

通過大量的生信例子、關(guān)鍵的注釋和濃縮的語句形成下面的一系列學(xué)習(xí)教程。每一篇內(nèi)容都不多，可以當(dāng)做小說閱讀，也可以跟著去練，反復(fù)幾遍，每讀一次都會有不同的收獲和體會。

程序?qū)W習(xí)心得

• 生物信息之程序?qū)W習(xí)
• 如何優(yōu)雅的提問
• 生信寶典視頻教程
• 好色之旅-畫圖三字經(jīng)

Linux 學(xué)習(xí)

• 文件和目錄
• 文件操作
• 文件內(nèi)容操作
• 環(huán)境變量和可執(zhí)行屬性
• 管道、標(biāo)準(zhǔn)輸入輸出
• 命令運(yùn)行監(jiān)測和軟件安裝
• 常見錯誤和快捷操作
• 文件列太多，很難識別想要的信息在哪列？
• 文件排序和FASTA文件操作
• 用了Docker，媽媽再也不擔(dān)心我的軟件安裝了 - 基礎(chǔ)篇
• Linux服務(wù)器數(shù)據(jù)定期同步和備份方式
• 不用Linux也可以的強(qiáng)大文本處理方法
• 又雙叒叕一個軟件安裝方法
• 查看服務(wù)器配置信息

R統(tǒng)計(jì)和作圖

• 入門環(huán)境Rstudio
• 熱圖繪制 (heatmap)
• 基礎(chǔ)概念和矩陣操作
• 熱圖簡化
• 熱圖美化
• 線圖繪制
• 線圖一步法
• 箱線圖（小提琴圖、抖動圖、區(qū)域散點(diǎn)圖）
• 箱線圖一步法
• 火山圖
• 富集分析泡泡圖 （文末有彩蛋）
• 散點(diǎn)圖繪制
• 一文看懂PCA主成分分析
• 富集分析DotPlot，可以服
• 韋恩圖
• 柱狀圖
• 圖形設(shè)置中英字體
• 教師節(jié)獻(xiàn)禮 - 文章用圖的修改和排版
• 非參數(shù)法生存分析
• 文章用圖的修改和排版(2)

NGS基礎(chǔ)

• NGS基礎(chǔ) - FASTQ格式解釋和質(zhì)量評估
• NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理
• NGS基礎(chǔ) - 參考基因組和基因注釋文件
• NGS基礎(chǔ) - GTF/GFF文件格式解讀和轉(zhuǎn)換
• 本地安裝UCSC基因組瀏覽器
• 測序數(shù)據(jù)可視化 (一)
• 測序文章數(shù)據(jù)上傳找哪里

NGS分析工具評估

• 39個轉(zhuǎn)錄組分析工具，120種組合評估(轉(zhuǎn)錄組分析工具哪家強(qiáng)-導(dǎo)讀版)
• 39個轉(zhuǎn)錄組分析工具，120種組合評估(轉(zhuǎn)錄組分析工具大比拼 （完整翻譯版）)
• 無參轉(zhuǎn)錄組分析工具評估和流程展示

癌癥數(shù)據(jù)庫

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
• ICGC數(shù)據(jù)庫使用
• TCGA數(shù)據(jù)庫在線使用

Python學(xué)習(xí)

• Python學(xué)習(xí)極簡教程 （一）
• Python學(xué)習(xí)教程（二）
• Python學(xué)習(xí)教程（三）
• Python學(xué)習(xí)教程 （四）
• Python學(xué)習(xí)教程（五）
• Python學(xué)習(xí)教程 （六）
• Pandas，讓Python像R一樣處理數(shù)據(jù)，但快
• Python解析psiBlast輸出的JSON文件結(jié)果

NGS軟件

• Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）
• 輕松繪制各種Venn圖
• ETE構(gòu)建、繪制進(jìn)化樹
• psRobot：植物小RNA分析系統(tǒng)
• 生信軟件系列 - NCBI使用
• 去東方，最好用的在線GO富集分析工具

Cytoscape網(wǎng)絡(luò)圖

• Cytoscape教程1
• Cytoscape之操作界面介紹
• 新出爐的Cytoscape視頻教程

分子對接

• 來一場蛋白和小分子的風(fēng)花雪月
• 不是原配也可以-對接非原生配體
• 簡單可視化-送你一雙發(fā)現(xiàn)美的眼睛
• 你需要知道的那些前奏

生信寶典之傻瓜式

• 生信寶典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
• 生信寶典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
• 生信寶典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里發(fā)光 - 如何查找基因在發(fā)表研究中的表達(dá)

生信人寫程序

• 生信人寫程序1. Perl語言模板及配置
• 生信人寫程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和語法高亮

小技巧系列

• 參考文獻(xiàn)中雜志名字格式混亂問題一次解決

友情鏈接流程

宏基因組 - 擴(kuò)增子分析流程

• 質(zhì)控,實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),雙端序列合并 查看原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量，編寫合格的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)用于分析，雙端序列合并為單端的擴(kuò)增子序列；
• 提取barcode,質(zhì)控及樣品拆分,切除擴(kuò)增引物 將Barcode序列從序列中拆除，篩選高質(zhì)量的測序結(jié)果并標(biāo)記文庫中每條序列中的樣品來源，最后切除擴(kuò)增時使用的引物；
• 格式轉(zhuǎn)換,去冗余,聚類 轉(zhuǎn)換QIIME生成fasta格式為Usearch要求格式；使用Usearch對序列去冗余并篩選高豐度，極大降低下游計(jì)算量和去除噪音；最后使用用Usearch聚類生成OTU，默認(rèn)會組內(nèi)自動去除大量嵌合體；
• 去嵌合體,非細(xì)菌序列,生成代表性序列和OTU表 本講詳細(xì)講了嵌合體的概念，并使用參考數(shù)據(jù)庫去除嵌合體；學(xué)習(xí)基于參數(shù)數(shù)據(jù)庫篩選細(xì)菌序列，這些都是可選的操作，根據(jù)實(shí)際情況決定是否需要，最終生成高質(zhì)量的OTU序列作為參考序列；
• 物種注釋,OTU表操作 這部分采于不同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行細(xì)菌或真菌注釋；同時根據(jù)實(shí)際情況，對OTU表進(jìn)一步按樣品、豐度、物種等條件篩選；
• 進(jìn)化樹,Alpha,Beta多樣性 將OTU多序列比對生成進(jìn)化樹，為依賴進(jìn)化關(guān)系的計(jì)算方法提供輸入文件；再進(jìn)行多種Alpha和Beta多樣性的計(jì)算；
• 物種分類統(tǒng)計(jì),篩選進(jìn)化樹和其它 對物種進(jìn)行分類統(tǒng)計(jì),篩選高豐度結(jié)果用于進(jìn)化樹展示，和其它用于R統(tǒng)計(jì)分析的結(jié)果生成。

生信媛 - Biostar handbook

• 手把手教你入門生信——The Biostar Handbook
• 課程1、2-Linux中生信分析常用命令入門
• 課程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安裝及使用
• 課程5、6-編寫可重復(fù)使用的腳本
• 課程7、8-二代測序質(zhì)控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk
• 課程9、10-測序文件的質(zhì)控&在線序列比對
• 課程11、12-下載序列，建blast數(shù)據(jù)庫以及本地blast
• 課程13、14-常用的mapping軟件bwa & sam格式簡介
• 課程15、16-samtools簡介&利用readseq對GenBank文件格式轉(zhuǎn)換
• 課程17、18-awk進(jìn)行簡單的編程&序列比對軟件bwa和bowtie2
• 課程19、20-利用samtools mpileup和bcftools進(jìn)行SNP calling
• 課程21、22-使用samtools和FreeBayes進(jìn)行變異的calling并用snpEff注釋
• 課程23、24-SNP calling
• 課程25、26-bedtools的安裝和使用
• 課程27、28-RNAseq分析
• 課程29、30（大結(jié)局）-差異表達(dá)分析以及用ErmineJ做GO

Biobabble - ChIP-seq

• CS0: ChIPseq從入門到放棄
• CS1: ChIPseq簡介
• CS2: BED文件
• CS3: peak注釋
• CS4：關(guān)于ChIPseq注釋的幾個問題
• CS5: 吃著火鍋，唱著歌，還把分析給做了

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學(xué)習(xí)生物學(xué)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的学习生信的系列教程的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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