http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/

從2017年11月份到2018年3月份，共進(jìn)行了5次培訓(xùn)研討活動(dòng)，內(nèi)容依次為轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析、生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應(yīng)用Python處理生物信息數(shù)據(jù)和作圖、微生物組擴(kuò)增子分析、應(yīng)用Linux處理生物信息數(shù)據(jù)和分析流程。

從培訓(xùn)網(wǎng)站的課程順序可以看到，最開(kāi)始設(shè)計(jì)是從Linux開(kāi)始的，隨后是R和Python，這是生物信息分析的三個(gè)基礎(chǔ)課程。后面是針對(duì)各個(gè)專題分別講述。希望通過(guò)這么一個(gè)循序漸進(jìn)的過(guò)程，利用半年時(shí)間，3節(jié)基礎(chǔ)課，1節(jié)專題課的學(xué)習(xí)可以熟悉一門(mén)操作，再加上半年的練習(xí)，就可以成為生信基礎(chǔ)和某個(gè)專題有些心得和體會(huì)的生信能手。假以時(shí)日，通一而博它，都可以成為生信分析的高手。

轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析

但實(shí)際開(kāi)課是從轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析開(kāi)始的。轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用廣泛、測(cè)序門(mén)檻低，只要手上有樣品，提取、建庫(kù)、測(cè)序，公司都可以搞定，價(jià)錢(qián)又實(shí)惠。因此對(duì)轉(zhuǎn)錄組分析有需求、對(duì)轉(zhuǎn)錄組結(jié)果解讀有需求，對(duì)轉(zhuǎn)錄組如何設(shè)計(jì)有需求的朋友就會(huì)比較多。

轉(zhuǎn)錄組分析流程簡(jiǎn)明，易于理解，是學(xué)習(xí)高通量測(cè)序的一個(gè)好的入門(mén)課程。另外在清晰的框架后面，又隱藏著不少需要注意的細(xì)節(jié)，具體見(jiàn)轉(zhuǎn)錄組分析的正確姿勢(shì)和120分的轉(zhuǎn)錄組考題，你能得多少。

轉(zhuǎn)錄組課程總體上是取得了不錯(cuò)的結(jié)果。前兩天以集中講練為主，在講述了原理后，進(jìn)行上機(jī)操作。大部分學(xué)員有一定的Linux和R基礎(chǔ)，上手還都是比較快的。但也有一些共性的問(wèn)題，比如一些步驟原理的理解不到位、一些軟件的參數(shù)不太了解、對(duì)Linux路徑概念不太熟悉、想修改參數(shù)又不了解其含義、不熟悉如何查找?guī)椭取?/p>

課堂上，在助教的幫助下，這些問(wèn)題都得到了解決。但依然還會(huì)有部分問(wèn)題會(huì)在后面5天的實(shí)戰(zhàn)中和最后2天答疑中被反復(fù)提及。因此在最后的串講和后期錄制的視頻中對(duì)這些問(wèn)題進(jìn)行了重點(diǎn)論述。

9天下來(lái)，總體感覺(jué)是大家都進(jìn)步很大，對(duì)轉(zhuǎn)錄組分析的原理有了更深的了解、能獨(dú)立完成流程操作，并拓展應(yīng)用到自己的數(shù)據(jù)分析，更實(shí)現(xiàn)學(xué)以致用。5月份，我們?cè)俅伍_(kāi)始了轉(zhuǎn)錄組分析課程，這次邀請(qǐng)了在三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序領(lǐng)域分析前沿自己開(kāi)發(fā)過(guò)多個(gè)分析軟件的美國(guó)愛(ài)荷華大學(xué)王老師，同時(shí)進(jìn)行二代+三代的轉(zhuǎn)錄組分析。有需要的朋友，可以提前行動(dòng)了。

微生物組擴(kuò)增子分析

在3月份的微生物組擴(kuò)增子分析中，整體換了一個(gè)思路。擴(kuò)增子測(cè)序分析流程基于Usearch (大數(shù)據(jù)使用vsearch)，安裝方便，Windows、Mac和Linux都可以使用。在Windows下，配合Rstudio和gitforwindows實(shí)現(xiàn)同時(shí)在Rstudio平臺(tái)下運(yùn)行Shell腳本流程和R繪圖。整體流程由多位經(jīng)驗(yàn)豐富的老師根據(jù)自己的多年體會(huì)整理而來(lái)，更貼近分析的前沿。

在首次運(yùn)行流程時(shí)，摒棄了以往讓大家輸入的模式，而是改為了在Rstudio界面下點(diǎn)擊運(yùn)行，完成整個(gè)流程的操作。由此帶來(lái)的好處時(shí)，大家都可以很快親自完成第一遍流程分析，在這一步操作時(shí)更多的是體會(huì)每一步要做什么，做了什么。有了整體的概念后，再走第二遍流程，可以輸入或自己在點(diǎn)擊運(yùn)行，去理解每一個(gè)命令的含義。這樣基礎(chǔ)好一些的朋友對(duì)流程能有更深入理解，去探討流程內(nèi)的程序?qū)懽?#xff1b;基礎(chǔ)弱一些的朋友則可以多次理解這個(gè)流程，并探討如何把這個(gè)流程應(yīng)用于自己的數(shù)據(jù)。

為了更好地方便學(xué)習(xí)和應(yīng)用，我們寫(xiě)的流程自動(dòng)化程度比較高，只需要按要求做好實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)文件，就可以應(yīng)用于自己的數(shù)據(jù)的分析。繪圖腳本也提供了輸入、輸出和調(diào)整參數(shù)，另外還有在線工具可輔助出圖 (www.ehbio.com/ImageGP)。這些腳本無(wú)論線上還是線下課程都是提供給大家的。

擴(kuò)增子分析應(yīng)該是目前最成功的一次研討活動(dòng)，學(xué)習(xí)熱情高，收獲知識(shí)多，適合不同基礎(chǔ)的朋友學(xué)習(xí)。參與培訓(xùn)研討的朋友有高校教授，副教授，他們水平本來(lái)就很高了，在相互交流互動(dòng)中也解決了我們的一些知識(shí)盲點(diǎn)。我們?cè)诳偨Y(jié)這次培訓(xùn)時(shí)，也決定在以后的課程設(shè)置中，更多考慮下課題的整體把握和解讀，更好的升華實(shí)戰(zhàn)操作帶來(lái)的意義。

生信程序基礎(chǔ)

本來(lái)，基本程序知識(shí) Linux、R和Python是用來(lái)幫我們提高效率的，但因?yàn)椴皇煜?#xff0c;卻成了不該存在的攔路虎。對(duì)基礎(chǔ)程序的知識(shí)欠缺，一方面給基礎(chǔ)操作帶來(lái)了不少麻煩，使得本應(yīng)該理解每一步操作的原理和輸入輸出的時(shí)候，卻把時(shí)間花在了解決基本Linux操作上；另一方面，不會(huì)編程沒(méi)有限制大家的想象力，卻限制了實(shí)現(xiàn)能力。知道要做什么，卻不能從提供的流程的腳本或命令中做下變通真正做出來(lái)。

因此就有了三期生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應(yīng)用Python處理生物信息數(shù)據(jù)和作圖、應(yīng)用Linux處理生物信息數(shù)據(jù)和分析流程基礎(chǔ)課，特色是從生信分析常見(jiàn)數(shù)據(jù)和需求出發(fā)，去講述每一個(gè)技術(shù)的知識(shí)點(diǎn)和應(yīng)用實(shí)踐。而非專業(yè)類編程課程，更多的是程序語(yǔ)言自身出發(fā)，去講解程序語(yǔ)言的特性和應(yīng)用。這樣是很系統(tǒng)，但也存在兩個(gè)弊端：

涉及的內(nèi)容太多，一次接受比較困難，而且有些內(nèi)容也不是生信分析常用的；

離生信應(yīng)用遠(yuǎn)些，并不能做到快速學(xué)以致用。學(xué)完后可以做提供的基礎(chǔ)類練習(xí)題，卻不能寫(xiě)出針對(duì)生信分析處理的命令和腳本。我們則希望通過(guò)這3期課程去解決這個(gè)問(wèn)題。

小半年過(guò)去了，5期培訓(xùn)研討活動(dòng)結(jié)束了。一路走下來(lái)，收獲很多友誼，也學(xué)到很多知識(shí)。當(dāng)你在梳理如何把一個(gè)分析流程、一個(gè)分析細(xì)節(jié)說(shuō)清楚的時(shí)候，你對(duì)這個(gè)事情的認(rèn)識(shí)也上了一個(gè)臺(tái)階。有幾個(gè)朋友一直伴隨我們走過(guò)這個(gè)過(guò)程，有的一直在線下, 更喜歡面對(duì)面交流；有的因?yàn)槿嗽谕獾?#xff0c;經(jīng)過(guò)2-3次線下研討后，后面通過(guò)我們的在線視頻 (http://bioinfo.ke.qq.com)一起學(xué)習(xí)。感謝大家一直以來(lái)的信任、支持和陪伴。

為了給大家降低學(xué)習(xí)生信編程的門(mén)檻，我們從這三門(mén)基礎(chǔ)課中節(jié)選出部分基礎(chǔ)和實(shí)戰(zhàn)內(nèi)容，匯總為一個(gè)新的生信程序基礎(chǔ)課節(jié)選，方便大家學(xué)習(xí)接觸基礎(chǔ)知識(shí)也了解我們的講練風(fēng)格。秉承書(shū)非借不能讀也的原則，象征性收取25元的費(fèi)用 (為了獎(jiǎng)勵(lì)行動(dòng)派，我們會(huì)每月調(diào)兩次價(jià)格，每次增加5元)。如果您覺(jué)得有益，可以在購(gòu)買(mǎi)每一門(mén)基礎(chǔ)課時(shí)找我們索要8元優(yōu)惠券，彌補(bǔ)相當(dāng)于課程預(yù)覽付出的費(fèi)用。

希望大家都能找到適合自己的學(xué)習(xí)方式，解決自己遇到的問(wèn)題，更好地進(jìn)行科學(xué)研究。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的谈谈数次生信线下活动的收获和体会的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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