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從2017年11月份到2018年3月份，共進行了5次培訓研討活動，內容依次為轉錄組高級分析、生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應用Python處理生物信息數據和作圖、微生物組擴增子分析、應用Linux處理生物信息數據和分析流程。

從培訓網站的課程順序可以看到，最開始設計是從Linux開始的，隨后是R和Python，這是生物信息分析的三個基礎課程。后面是針對各個專題分別講述。希望通過這么一個循序漸進的過程，利用半年時間，3節基礎課，1節專題課的學習可以熟悉一門操作，再加上半年的練習，就可以成為生信基礎和某個專題有些心得和體會的生信能手。假以時日，通一而博它，都可以成為生信分析的高手。

轉錄組高級分析

但實際開課是從轉錄組高級分析開始的。轉錄組應用廣泛、測序門檻低，只要手上有樣品，提取、建庫、測序，公司都可以搞定，價錢又實惠。因此對轉錄組分析有需求、對轉錄組結果解讀有需求，對轉錄組如何設計有需求的朋友就會比較多。

轉錄組分析流程簡明，易于理解，是學習高通量測序的一個好的入門課程。另外在清晰的框架后面，又隱藏著不少需要注意的細節，具體見轉錄組分析的正確姿勢和120分的轉錄組考題，你能得多少。

轉錄組課程總體上是取得了不錯的結果。前兩天以集中講練為主，在講述了原理后，進行上機操作。大部分學員有一定的Linux和R基礎，上手還都是比較快的。但也有一些共性的問題，比如一些步驟原理的理解不到位、一些軟件的參數不太了解、對Linux路徑概念不太熟悉、想修改參數又不了解其含義、不熟悉如何查找幫助等。

課堂上，在助教的幫助下，這些問題都得到了解決。但依然還會有部分問題會在后面5天的實戰中和最后2天答疑中被反復提及。因此在最后的串講和后期錄制的視頻中對這些問題進行了重點論述。

9天下來，總體感覺是大家都進步很大，對轉錄組分析的原理有了更深的了解、能獨立完成流程操作，并拓展應用到自己的數據分析，更實現學以致用。5月份，我們再次開始了轉錄組分析課程，這次邀請了在三代轉錄組測序領域分析前沿自己開發過多個分析軟件的美國愛荷華大學王老師，同時進行二代+三代的轉錄組分析。有需要的朋友，可以提前行動了。

微生物組擴增子分析

在3月份的微生物組擴增子分析中，整體換了一個思路。擴增子測序分析流程基于Usearch (大數據使用vsearch)，安裝方便，Windows、Mac和Linux都可以使用。在Windows下，配合Rstudio和gitforwindows實現同時在Rstudio平臺下運行Shell腳本流程和R繪圖。整體流程由多位經驗豐富的老師根據自己的多年體會整理而來，更貼近分析的前沿。

在首次運行流程時，摒棄了以往讓大家輸入的模式，而是改為了在Rstudio界面下點擊運行，完成整個流程的操作。由此帶來的好處時，大家都可以很快親自完成第一遍流程分析，在這一步操作時更多的是體會每一步要做什么，做了什么。有了整體的概念后，再走第二遍流程，可以輸入或自己在點擊運行，去理解每一個命令的含義。這樣基礎好一些的朋友對流程能有更深入理解，去探討流程內的程序寫作；基礎弱一些的朋友則可以多次理解這個流程，并探討如何把這個流程應用于自己的數據。

為了更好地方便學習和應用，我們寫的流程自動化程度比較高，只需要按要求做好實驗設計文件，就可以應用于自己的數據的分析。繪圖腳本也提供了輸入、輸出和調整參數，另外還有在線工具可輔助出圖 (www.ehbio.com/ImageGP)。這些腳本無論線上還是線下課程都是提供給大家的。

擴增子分析應該是目前最成功的一次研討活動，學習熱情高，收獲知識多，適合不同基礎的朋友學習。參與培訓研討的朋友有高校教授，副教授，他們水平本來就很高了，在相互交流互動中也解決了我們的一些知識盲點。我們在總結這次培訓時，也決定在以后的課程設置中，更多考慮下課題的整體把握和解讀，更好的升華實戰操作帶來的意義。

生信程序基礎

本來，基本程序知識 Linux、R和Python是用來幫我們提高效率的，但因為不熟悉，卻成了不該存在的攔路虎。對基礎程序的知識欠缺，一方面給基礎操作帶來了不少麻煩，使得本應該理解每一步操作的原理和輸入輸出的時候，卻把時間花在了解決基本Linux操作上；另一方面，不會編程沒有限制大家的想象力，卻限制了實現能力。知道要做什么，卻不能從提供的流程的腳本或命令中做下變通真正做出來。

因此就有了三期生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版、應用Python處理生物信息數據和作圖、應用Linux處理生物信息數據和分析流程基礎課，特色是從生信分析常見數據和需求出發，去講述每一個技術的知識點和應用實踐。而非專業類編程課程，更多的是程序語言自身出發，去講解程序語言的特性和應用。這樣是很系統，但也存在兩個弊端：

涉及的內容太多，一次接受比較困難，而且有些內容也不是生信分析常用的；

離生信應用遠些，并不能做到快速學以致用。學完后可以做提供的基礎類練習題，卻不能寫出針對生信分析處理的命令和腳本。我們則希望通過這3期課程去解決這個問題。

小半年過去了，5期培訓研討活動結束了。一路走下來，收獲很多友誼，也學到很多知識。當你在梳理如何把一個分析流程、一個分析細節說清楚的時候，你對這個事情的認識也上了一個臺階。有幾個朋友一直伴隨我們走過這個過程，有的一直在線下, 更喜歡面對面交流；有的因為人在外地，經過2-3次線下研討后，后面通過我們的在線視頻 (http://bioinfo.ke.qq.com)一起學習。感謝大家一直以來的信任、支持和陪伴。

為了給大家降低學習生信編程的門檻，我們從這三門基礎課中節選出部分基礎和實戰內容，匯總為一個新的生信程序基礎課節選，方便大家學習接觸基礎知識也了解我們的講練風格。秉承書非借不能讀也的原則，象征性收取25元的費用 (為了獎勵行動派，我們會每月調兩次價格，每次增加5元)。如果您覺得有益，可以在購買每一門基礎課時找我們索要8元優惠券，彌補相當于課程預覽付出的費用。

希望大家都能找到適合自己的學習方式，解決自己遇到的問題，更好地進行科學研究。

系列宣傳

• 表觀調控高通量測序分析培訓開課啦 最新
• 轉錄組分析的正確姿勢
• 120分的轉錄組考題，你能得多少
• 生物信息作圖系列R、Cytoscape及圖形排版和Python編程培訓研討班開課了
• 維密摔倒不可怕，關鍵時有人攙一把，堅持走下去
• 生物信息作圖系列 - R、網絡圖及文章圖形排版
• 易生信轉錄組培訓總結和優惠分享
• 生物信息9天速成班 — 你也可以成為團隊不可或缺的人
• Python沒有捷徑，但可以加速，零基礎九天你也可以會編程
• 小學生都學Python了，你還不知道怎么開始-資源帖
• 一個月學會Python的Quora指南和資料放送
• 擴增子分析基本流程和結果解讀
• 微生物組——擴增子分析專題實戰開課啦
• 如何入門生信Linux
• 3分和30分文章差距在哪里？
• 生信必備Linux培訓，助您扎好根基

總結

以上是生活随笔為你收集整理的谈谈感想，8元体会易生信培训的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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