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教師節時, 我們推出了文章用圖的修改和排版視頻教程, 演示了如何利用Adobe Illustrator修改分析獲得的矢量圖和實驗獲得的標量圖; 并整理了一系列的視頻教程在 生信寶典視頻教程R TCGA Cytoscape。

在錄制那期視頻時, 翻閱了之前準備文章期間做的圖形排版教程。當時每天都在不斷的調整圖和排版, 心得體會比現在更多些, 也錄制了視頻, 但是無聲版, 錄制完之后為EXE格式。如果您已觀看過文章用圖的修改和排版視頻教程, 也自己操作過, 有了一定基礎, 還想進一步的了解, 可以看看這份無聲版的記錄是否能有些幫助。

矢量圖和標量圖

矢量圖是使用直線和曲線來描述圖形, 這些圖形的元素是一些點、線、矩形、多邊形、圓和弧線等等, 它們都是通過數學公式計算獲得的。矢量圖形最大的優點是無論放大、縮小或旋轉等不會失真；最大的缺點是難以表現色彩層次豐富的逼真圖像效果。常見的矢量圖有PDF, SVG, EPS等格式。如果圖形中有文字, 并且文字可以復制, 則可初步判斷為矢量圖。

與矢量圖相對應的就是標量圖了, 常見的png, jpg, gif格式等, 是由像素點構成, 放大到一定程度會出現馬賽克效果。圖中的文字不可復制, 元素不可拆分。

矢量圖的制作

• 常規圖：

  • Excel, 生成的圖可以直接拷貝到AI里面修改
  • R, Perl, Python等程序語言輸出pdf, eps格式的圖 (詳見公眾號中R作圖系列)

• 常用工具的出圖

  • 二代測序出圖 UCSC – PDF; IGV – SVG; epigenomegateway - SVG; 在高通量數據可視化文章中也有介紹
  • Motif Weblogo - eps
  • 作圖軟件 Graphpad

矢量圖編輯工具

主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。適用之后, 從穩定性還是易用性來講, Adobe illustrator是最好的一款。但是是收費軟件, 在線會有一些試用版, 供測試時用。

作圖基本原則

• 圖形中文字的字體保持統一, 一般使用Helevetica或Arial
• 符號一般使用Symbol字體, 常見符號有 ′, β等
• Panel的字號(A,B,C,D)一般比其余的文字大一號, 上下左右對齊
• 文字特別密集的地方字體可適當縮小, 原則是看著協調
• 圖和圖之間的距離在空間允許的情況下盡可能的大

• 一篇文稿所有柱狀圖理論上柱子的寬度保持一致
• 柱狀圖的Error bar寬度一致
• 坐標軸上的刻度尺寬度, 長度一致
• 坐標軸的寬度、顏色一致
• 膠圖的泳道對齊

作圖中的要點注意

• 標準化, 便于位置調整

  • 從最開始作圖, 到文章投稿、修改、定稿, 中間會不斷調整, 子圖會根據文章需要不斷刪減, 調整位置。因此標準化之后, 就可以很簡單的互換位置就可以了
  • 每個子圖的長寬盡量一致
  • 每個相似子圖內部元素的特征一致, 比如柱子的寬度 (6 mm), 柱子之間的距離, 坐標軸的刻度的寬度 (0.7 mm), 誤差線的寬度 (1 mm), P-value連接線寬度 (6 mm), 膠圖泳道的寬度等

• 合理利用對齊工具, 左右對齊、橫向分布、縱向分布等, 即保證對齊效果, 又免去人為調整的繁瑣

• 在選擇單個元素時盡量使用直接選擇工具
• 作圖要做到自己滿意, 自己對自己負責；當你覺得一個地方不合適需要調整時, 一定要及時修改；如果怕麻煩現在沒調整, 過幾天別人發現或自己覺得不舒服也還是會再調整的。所有要做好充足的準備和充足的工作
• 保留備份, 保留備份, 保留備份.每次大的修改都要保留原始版本, 因為不知道明天是否還會改回來

視頻教程

左邊是修改前的, 右邊是成品或近成品截圖。

AI編輯線圖.exe

AI_柱狀圖.exe

AI_UCSC.exe

AI_設計.exe

圖形導出

可以導出為PDF、TIFF格式；最好用PhotoShop導出, 分辨率高, 文件小。

視頻文件統一下載地址：鏈接: https://pan.baidu.com/s/1dFcWadV 密碼: (后臺回復 AI或拼圖獲取密碼)

生信寶典，換個角度學生信

總結

以上是生活随笔為你收集整理的文章用图的修改和排版(2)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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