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sed基本參數解釋

sed是stream editor的簡稱，擅長對文件進行各種正則操作、插入操作、替換操作和刪除操作，可以全局，可以指定特定范圍的行或者特定特征的行。

s/pat/replace/: 正則替換

前插行i, 后插行a, 替換行c, 刪除行d, 輸出行p

N: 讀入下一行，同時存儲；n:讀入下一行，拋棄當前行

常見操作

• 替換特定的文本

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5 ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/' mat ID 2_cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5 ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/g' mat ID 2_cell 4_cell 8_cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 獲得逗號分隔的一組數

ct@ehbio:~/SXBD$ echo `seq 1 10` | sed 's/ /,/g' 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10

• 針對指定行替換

ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,$ s/_[0-9]//g' mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1 2 3 4 5 Nanog 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1 2 3 4 5

• 替換特定出現位置

# 替換第一個空格 ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/1' mat ID 2_cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5 # 替換第二個空格 ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2' mat ID 2 cell 4_cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5 # 替換第二個及以后的空格 ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2g' mat ID 2 cell 4_cell 8_cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 給序列起名字

ct@ehbio:~/SXBD$ cat seq ACDGTFGGCATGCDTGD ACDGAGCDTAGCDGTA CAGDTAGDCTADTG ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq 1 ACDGTFGGCATGCDTGD 2 ACDGAGCDTAGCDGTA 3 CAGDTAGDCTADTG # 同時緩沖兩行，但只對第一行行首操作 ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq | sed 'N;s/^/>/;' >1 ACDGTFGGCATGCDTGD >2 ACDGAGCDTAGCDGTA >3 CAGDTAGDCTADTG

• 給文件增加標題行

ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n c-Myc 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 Pou5f1_1 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5# 1 表示第一行 # i 表示插入，在指定行前面插入新行 ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n | sed '1 i ID\t2_cell\t4_cell\t8_cell\tembryo' ID 2_cell 4_cell 8_cell embryo c-Myc 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 Pou5f1_1 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 提取特定或指定范圍的行

# -n是必須的，阻止程序自動輸出匹配行，不然會導致重復輸出 ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '2,4p' mat Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '4p' mat c-Myc 2 3 4 5

• 提取符合特定模式的行

ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/_/ p' mat Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 Tet1_3 2 3 4 5 ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/-/ p' mat c-Myc 2 3 4 5

• 去除文件中的空行

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5 # 空行就是只有行首和行尾的行 ct@ehbio:~/SXBD$ sed '/^$/d' mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 原位刪除

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5# -i 參數的使用 ct@ehbio:~/SXBD$ sed -i '/^$/d' mat ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 刪除指定范圍的行

ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo Pou5f1_1 2 3 4 5 Nanog_1 2 3.2 4.3 5 c-Myc_2 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,3d' mat ID 2 cell 4 cell 8 cell embryo c-Myc_2 2 3 4 5 Tet1_3 2 3 4 5

• 記憶匹配

\(\)啟動記憶匹配；\1為第一個匹配項，\2為第二個匹配項；匹配項的計數根據左括號出現的位置來定，第一個(包括起來的為\1。

ct@ehbio:~/SXBD$ echo "hah ehbio hah" | sed 's/ \(.*\) /\t\1\t\1\t/' hah ehbio ehbio hah

• 奇偶數行處理

ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" odd even odd even# 奇偶數行合并 ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed 'N;s/\n/\t/' odd even odd even# 取出偶數行，比較簡單 # 注意 n (小寫)撇掉了奇數行 ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'n;p' even even# 取出奇數行 # 先都讀進去，然后替換偶數行為空值，再輸出 ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'N;s/\n.*//;p' odd odd

• Windows/Linux換行符困境

Windows下的換行符是\r\n, Linux下換行符是\n, MAC下換行符是\r。所以Windows下的文件拷貝到Linux后，常會出現行尾多一個^M符號的情況，從而引起匹配或其它解析問題。

^M的輸是 ctrl+v+M ctrl+v;ctrl+m，不是簡單的輸入^,再輸入M。

ct@ehbio:~/SXBD$ cat -A windows.txt ID^M$ A^M$ B^M$ C^M$ ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/^M//' windows.txt | cat -A ID$ A$ B$ C$

• sed中使用bash變量

# 注意雙引號的使用 ct@ehbio:~/SXBD$ bash_variable='ehbio' ct@ehbio:~/SXBD$ echo "sheng xin bao dan " | sed "s/$/$bash_variable/" sheng xin bao dan ehbio

正則表達式不同語言略有差別，但整體相近，更多正則操作見：不用Linux也可以的強大文本處理方法。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Linux学习 - sed使用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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