GenePix Pro 3.0 是由 Axon Instruments(www.axon.com) 公司所開發(fā)之快速且具高質量的 DNA 微數組掃瞄工具，它也提供微數組數據的獲取和分析軟件。

GenePix 4000 系列掃瞄器利用同步雙雷射(dual-laser)掃瞄系統(tǒng)及時產生比例影像(ratio image)，此比例影像是標準的 24 位紅、綠、藍色合成影像，它們的內定值分別為 635、532及 0 nm 之雷射光。如果我們將參考組(reference)與檢測組(test)的 cDNA 分別標示為 Cy3 (綠光) 和 Cy5(紅光)，若比例影像呈現紅色，則表示檢測組之cDNA的表現量高于參考組；反之，若為綠色，則表示檢測組之cDNA的表現量低于參考組；若兩者差異不大時，則以黃色呈現。然而，為使基因表現以數量化型式呈現，我們可以定義比例影像為紅光強度除以綠光強度，亦即Cy5/Cy3，其值大于(小于) 1，表示檢測組之cDNA的表現量高(低)于參考組。

GenePix Pro 3.0 將玻片上每一 DAN 斑點(inividual spot)稱作feature，并在feature上劃出一適當的圓形區(qū)域，稱之為feature-indicator，它是GenePix Pro 3.0數據分析的基本單位。首先將整個玻片劃分為格子狀之映像點(pixel)，利用這些原始影像上映像點之雷射光表現量可以計算各個feature-indicator的平均值、中位數及標準差。另外，以每一feature-indicator為中心，并以其直徑之3倍為直徑畫出一圓，利用落于此圓內、斑點外之映像點的雷射光表現量計算背景光強度之平均值、中位數及標準差。爾后GenePix Pro 3.0 計算每一feature-indicator比例影像值時，均先減去其各自背景光強度之中位數。

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GenePix Pro 3.0 提供的比例影像值包括中位數比值(ratio of medians)、平均數比值(ratio of means)、比例的百分位數(quantities derived from pixed-by-pixel ratios)、比例的中位數(median of ratios)、比例的平均數(mean of ratios)及回歸比例(regression ratio)，其定義分別如下：

令 ：雷射光 之單一原始映像點強度

：雷射光 之單一背景映像點強度

? ：Cy5 或 Cy3

：資料集S中 k 個觀測值的中位數

：資料集S中 k 個觀測值的第 Q個百分位數

? ：feature-indicator的映像點個數

? ：背景的映像點之個數

中位數比值 （對某個Feature，n表示其中的pixel格式，m表示背景pixel的個數；GenePix Pro 4.0.1.17已經核對正確）

平均數比值 （對于某個Feature，Feature以內的每個pixel；無法核對）

比例的百分位數 （與上一個公式類似，對于某個Feature，Feature以內的每個pixel；無法核對）

比例的中位數 （與上一個公式類似，對于某個Feature，Feature以內的每個pixel；無法核對）

比例的平均數 （與上一個公式類似，對于某個Feature，Feature以內的每個pixel；無法核對）

回歸比例 ： 不要嚴格區(qū)分 feature 與背景光強度，直接做 Cy5 與 Cy3 之比例，或是找出 Cy5 與 Cy3 間的回歸系數。

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GenePix Pro 3.0 的數據質量的檢測方式有，中位數和(sum of medians)、平均數和(sum of means)、比例的對數值(Log ratio)及Flags，其定義分別為：

中位數和 （GenePix Pro 4.0.1.17已經核對正確）

平均數和 （無法核對）

如果我們發(fā)現中位數和或平均數和不合理地異常小，表示參考組與檢測組的基因于此實驗僅有微量表現；因此，利用比例影像值分析數據，在解釋時需格外留意，以免有誤導情勢發(fā)生。

比例的對數值 （GenePix Pro 4.0.1.17核對不一樣；結果為log2((Cy5IMed-Cy5BMed)/(Cy3IMed-Cy3BMed))）

Flag ：影像數據經過 GenePix Pro 3.0 內部粗略分析后，它會標示出 “Bad”、“Good”、“Absent”及“Not Found”，并且分別以數值 “-100”、“ +100”、 “-75” 和 “-50” 表之；“Bad” 代表數據不合規(guī)格，“Good” 表示資料符合我們實驗的要求， “Absent” 為數據數組表的某一feature是遺漏數據(missing data)， “Not Found” 表示feature-indicator在自動排列時有缺失。

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GenePix Pro 3.0 對于前述比例影像值(中位數比值、平均數比值、比例的中位數、比例的平均數及回歸比例)提供數據正規(guī)化(data normalization)的正規(guī)化因子(normalization factor)為

其中 表示第 個 feature的比例影像值， 為feature的總個數。

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from http://binfo.ym.edu.tw/post/marray/genepick.htm

總結

以上是生活随笔為你收集整理的GenePix Pro 3.0的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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