題目描述

大家都知道，基因可以看作一個堿基對序列。它包含了?4?種核苷酸，簡記作?A,C,G,T?。生物學家正致力于尋找人類基因的功能，以利用于診斷疾病和發明藥物。

在一個人類基因工作組的任務中，生物學家研究的是：兩個基因的相似程度。因為這個研究對疾病的治療有著非同尋常的作用。

題目描述

兩個基因的相似度的計算方法如下：

對于兩個已知基因，例如?AGTGATG 和?GTTAG ，將它們的堿基互相對應。當然，中間可以加入一些空堿基 -，例如：

這樣,兩個基因之間的相似度就可以用堿基之間相似度的總和來描述，堿基之間的相似度如下表所示：

那么相似度就是：?(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9 。因為兩個基因的對應方法不唯一，例如又有：

相似度為：?(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14 。規定兩個基因的相似度為所有對應方法中，相似度最大的那個。

輸入輸出格式

輸入格式：

共兩行。每行首先是一個整數，表示基因的長度；隔一個空格后是一個基因序列，序列中只含?A,C,G,T 四個字母。?1 ≤?序列的長度 ≤100?。

輸出格式：

僅一行，即輸入基因的相似度。

輸入輸出樣例

輸入樣例#1：

7 AGTGATG
5 GTTAG

輸出樣例#1：

14

源代碼

#include<iostream> #include<string> using namespace std;int max(int x,int y) {if(x>y)return x;elsereturn y; }int main() { int calculate[5][5]={{5,-1,-2,-1,-3},{-1,5,-3,-2,-4},{-2,-3,5,-2,-2},{-1,-2,-2,5,-1},{-3,-4,-2,-1,0}};//題設所給相似度表格int a,b;//基因長度string gene_a,gene_b;//基因序列int num_a[110],num_b[110];//用于將基因序列轉為編碼存儲的數組int dp[110][110]={0};//初始化int i,j;cin>>a>>gene_a;//基因序列acin>>b>>gene_b;//基因序列bfor(int i=1;i<=a;i++)for(int j=1;j<=b;j++)dp[i][j]=-1e8; //初始化為一極小值for(i=1;i<=a;i++)//將基因序列a轉為題設所給相似度表格中的數字代碼{if(gene_a[i-1]=='A') num_a[i]=0;if(gene_a[i-1]=='C') num_a[i]=1;if(gene_a[i-1]=='G') num_a[i]=2;if(gene_a[i-1]=='T') num_a[i]=3;}for(i=1;i<=b;i++)//將基因序列b轉為題設所給相似度表格中的數字代碼{if(gene_b[i-1]=='A') num_b[i]=0;if(gene_b[i-1]=='C') num_b[i]=1;if(gene_b[i-1]=='G') num_b[i]=2;if(gene_b[i-1]=='T') num_b[i]=3;}/*特判情況第一個基因第1個與第二個基因第0個匹配時，與空堿基匹配的值相同，可視為與空堿基匹配同理，第二個基因第1個與第一個基因第0個匹配時，與空堿基匹配的值相同*/for(i=1;i<=a;i++) dp[i][0]=dp[i-1][0]+calculate[num_a[i]][4];for(i=1;i<=b;i++) dp[0][i]=dp[0][i-1]+calculate[num_b[i]][4];/*比較堿基對相似度，共三種情況：①不插入空堿基，直接進行配對②序列a不變，在序列b中插入空堿基③序列b不變，在序列a中插入空堿基*/for(i=1;i<=a;i++){for(j=1;j<=b;j++){dp[i][j]=max( dp[i][j] , dp[i][j-1]+calculate[ num_b[j] ][4] );//序列a中插空堿基 dp[i][j]=max( dp[i][j] , dp[i-1][j]+calculate[ num_a[i] ][4] );//序列b中插空堿基dp[i][j]=max( dp[i][j] , dp[i-1][j-1]+calculate[ num_a[i] ][ num_b[j] ] );//不插入直接配對}}cout<<dp[a][b];return 0; }

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的相似基因（洛谷-P1140）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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