16S基因作為mark gene在微生物群落結(jié)構(gòu)的研究中發(fā)揮中重要作用, 但是候選的mark gene 肯定不止16S 一種，最新比較火熱的功能基因，也可以作為mark gene。利用功能基因作為mark? gene, 相比16S有什么優(yōu)勢呢？

在功能基因的文獻(xiàn)中指出了兩點(diǎn):

1) 不同物種的16S基因序列可能完全相同，尤其是在二代測序中，我們通常指擴(kuò)增16S的部分序列，這樣不同物種擴(kuò)增出來的序列完全相同的概率大大增加，這樣不同有效的區(qū)分物種，所以說利用16S基因做的species 水平的注釋，可信度一般；

2）16S基因在一個(gè)物種中會有多拷貝，這樣PCR是會有多個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物，這樣導(dǎo)致在OTU 定量會引入錯(cuò)誤，比如物種A只有1個(gè)16S基因，物種B有2個(gè)16S基因，在群落中，二者豐度相同，經(jīng)過相同循環(huán)次數(shù)的PCR , 理論上最終測序得到的reads中，物種B的reads會是物種A的2倍; 在16S研究中，我們通常使用reads 表征某個(gè)OTU的分度，盡管在群落中物種A和B相同，但是由于拷貝數(shù)的差異，所以定量的結(jié)果，不能正確的反映在群落中二者的豐度比例；豐度定量不準(zhǔn)確，對于后續(xù)的alpha 和 beta 多樣性的分析都會有影響；

之前只是文章中這么一說，對于某個(gè)物種16S的拷貝數(shù)也沒有認(rèn)真去研究過，今天看到了rrnDB 這個(gè)數(shù)據(jù)庫；

這個(gè)數(shù)據(jù)庫中收錄了16S基因?yàn)槎嗫截惖奈锓N；可以直觀的看到16S基因多拷貝的現(xiàn)象；

數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下：

https://rrndb.umms.med.umich.edu/

點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的 search 按鈕，先看一下數(shù)據(jù)庫中的具體記錄

先用默認(rèn)的關(guān)鍵字進(jìn)行檢索，看下檢索出來的記錄，點(diǎn)擊下圖的Search 按鈕，

檢索的結(jié)果如下：

?第一列Data source record id 是物種基因組在NCBI中的版本號，Data source organism name 是物種名稱，RDP? taxa 是在RDP 數(shù)據(jù)庫中的注釋信息，最后一列16S copies 就是在該物種中16S基因的拷貝數(shù)；

從檢索的結(jié)果可以直觀的看出，還是有很多的物種存在16S基因多拷貝的現(xiàn)象；

最新更新的RDP Classifier 程序中，考慮了16S基因的多拷貝現(xiàn)象，對于16S基因的多拷貝數(shù)問題，通過這個(gè)數(shù)據(jù)庫可以更加直觀的了解。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的rrnDB数据库简介-16S基因多拷贝数的证据的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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