導(dǎo)讀

很多程序輸出的fasta序列每60個(gè)堿基會(huì)換一次行，下面是一個(gè)去除堿基序列后的換行符的方法。

一、輸入

cat test

# 一個(gè)隨便寫的文件

>sequence_1

AAAA

GGGG

CCCC

TTTT

>sequence_2

aaaa

gggg

cccc

tttt

二、去換行符：python

腳本：python3

#!/usr/bin/env python3

import os

import sys

import re

ms, infile, outfile = sys.argv

with open(infile) as f:

Dict = {}

for line in f:

if line[0] == ">":

key = line.strip()

Dict[key] = []

else:

Dict[key].append(line.strip())

with open(outfile, 'w') as o:

for key, value in Dict.items():

o.write("{}\n{}\n".format(key, ''.join(value)))

運(yùn)行：python3

python3 trim_enter.py test test2

結(jié)果：python3

>sequence_1

AAAAGGGGCCCCTTTT

>sequence_2

aaaaggggcccctttt

三、去換行符：shell

運(yùn)行：shell單行命令

awk '!/^>/{printf "%s", $0; n="\n"}/^>/{print n $0; n=""}END{printf "%s", n}' test > test2

在不以>開(kāi)頭的行中，打印不帶換行符的行，并存儲(chǔ)一個(gè)換行字符(在變量n中)以供以后使用。

在以>開(kāi)頭的行中，打印存儲(chǔ)的換行字符(如果有的話)和該行。

重置n，以防這是最后一行。如果需要，以換行結(jié)束。

結(jié)果：shell

cat test2

# 隨便看看結(jié)果

>sequence_1

AAAAGGGGCCCCTTTT

>sequence_2

aaaaggggcccctttt

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的python shell怎么换行_python shell：去除fasta文件的换行符的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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