分子動(dòng)力學(xué)模擬交流***: 668223348 (王老師邀請(qǐng))

Gromacs和Amber的分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用課程在北京舉辦。

課程一GROMACS分子動(dòng)力學(xué)模擬課程

GROMACS基礎(chǔ)? 1 分子模擬入門理論——對(duì)分子動(dòng)力學(xué)模擬原理游刃有余

GROMACS入門操作的Linux基礎(chǔ)命令

1 GROMACS入門操作基礎(chǔ)?? 實(shí)例操作：編譯安裝GROMACS

2 GROMACS建模——掌握基本操作流程? 實(shí)例操作：GROMACS基本建模工具使用

GROMACS建模計(jì)算? 1 GROMACS計(jì)算——熟練掌握GROMACS計(jì)算一整套流程，為模擬蛋白做鋪墊? 實(shí)例操作：建立水-甲醇-離子混合特定濃度溶液

實(shí)例操作：模擬水-甲醇-離子混合特定濃度溶液(加電磁場(chǎng))

3? GROMACS數(shù)據(jù)分析? 1 GROMACS數(shù)據(jù)分析? 實(shí)例操作：提取各種數(shù)據(jù)、分析

4，生物大分子建模? 1 生物大分子建模(以二氫葉酸還原酶為例) 2 復(fù)雜體系建模：蛋白配體復(fù)合物(以藍(lán)光受體BLUF為例)? 實(shí)例操作：多肽分子在水溶劑環(huán)境下的建模練習(xí)。重點(diǎn)包括二硫鍵處理，氨基酸質(zhì)子化狀態(tài)處理，構(gòu)建拓?fù)湮募?#xff0c;添加周期性水盒子，添加平衡離子

實(shí)例操作：模擬多肽分子的動(dòng)力學(xué)過程。包括能量最小化，跑NVT， NPT平衡

5，數(shù)據(jù)分析? 1 查看動(dòng)態(tài)軌跡(采用VMD軟件)

分析工具使用? 實(shí)例操作：包括在VMD中查看可視化的動(dòng)態(tài)軌跡，分子軌跡的RMSD，計(jì)算回轉(zhuǎn)半徑、平均結(jié)構(gòu)等，抽取軌跡的動(dòng)能、勢(shì)能、總能量等相關(guān)數(shù)據(jù)，對(duì)軌跡進(jìn)行初步分析

課程二? AMBER分子動(dòng)力學(xué)模擬

1，分子動(dòng)力學(xué)原理? 課程1 分子力學(xué)(力場(chǎng))? 課程2 能量?jī)?yōu)化的常用方法?? 課程3 分子動(dòng)力學(xué)

2， Linux與AMBER和模型構(gòu)建? 課程1 Linux基礎(chǔ)? 課程2 AMBER軟件簡(jiǎn)介? 課程3 模型文件的預(yù)處理? 上機(jī)實(shí)踐：AMBER實(shí)例：蛋白-配體復(fù)合物的預(yù)處理平行實(shí)例：環(huán)糊精主客體復(fù)合物的預(yù)處理

3，MD模擬? 課程 能量?jī)?yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)模擬? 上機(jī)實(shí)踐：AMBER實(shí)例：能量?jī)?yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)模擬 (蛋白體系、環(huán)糊精體系)

4，能量計(jì)算、 結(jié)合自由能計(jì)算? AMBER實(shí)例：結(jié)合自由能計(jì)算 (蛋白體系、環(huán)糊精體系) AMBER實(shí)例：結(jié)合自由能分解計(jì)算 (蛋白體系、環(huán)糊精體系)

5，軌跡分析 課程 分子動(dòng)力學(xué)軌跡分析? AMBER實(shí)例：分子動(dòng)力學(xué)軌跡分析 (蛋白體系、環(huán)糊精體系)

6，ASMD模擬? 課程8ASMD? AMBER實(shí)例：ASMD模擬 (蛋白體系、環(huán)糊精體系)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的linux的gromacs模拟分子运动,分子动力学技术交流---gromacsamber的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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