原標題：微生物研究必備：Cytoscape繪制網絡圖(一)

Cytoscape

是一個專用于互作網絡數據可視化的軟件。在微生物研究領域，通過對不同樣本間的物種豐度信息進行相關性分析，可以獲得物種在環境樣本中的共存在關系，得到物種在同一環境下的相互作用的情況，進一步解釋樣本間表型差異的形成機制。

實例來一波~

?在一些影響因子較高的文章中，經常可以見到Cytoscape繪制的高顏值網絡圖。

1、如我們去年發表的強直性脊柱炎的腸道微生物標記物研究文章，對強直性脊柱炎患者組(藍色圓圈)和健康組(紅色圓圈)中鑒定出12個MGSs進行網絡相關性分析。結果顯示，在強直性脊柱炎患者組的MGSs與健康組的MGSs之間呈負相關關系(紅線)，組內富集細菌之間呈正相關關系(藍線)：

2、今年發表的白塞病患者腸道微生物的宏基因組研究文章，對健康組和白塞病患者組富集的微生物進行SparCC網絡相關性分析。結果顯示在白塞病患者組中富集的微生物與健康組中富集的微生物之間呈負相關關系(虛線)，組內富集細菌之間呈正相關關系(實線)：

?Cytoscape軟件無需編程基礎，可免費使用。在繪制網絡圖之前，需要先進行安裝。在Windows系統安裝該軟件過程如下：

一、檢查系統32位還是64位

在32位和64位系統中，需要下載不同的Cytoscape軟件。因此，我們需要先檢查電腦安裝的是哪種系統。其中，Win7系統可以通過以下幾種方式，查看是32還是64位：

右鍵點擊桌面上“我的計算機”-> 屬性

開始 -> 右鍵點擊計算機 -> 屬性

開始 -> 控制面板 -> 查看方式“類別”-> 系統與安全 -> 系統

Win10系統可以通過以下幾種方式，查看是32還是64位：

右鍵點擊桌面上“此電腦”-> 屬性

WIN鍵 + R -> 輸入dxdiag -> 確定

在最終彈出的對話框中，“系統類型”或“操作系統”中可以看到自己的電腦安裝的是32位還是64位的系統。

二、檢查是否安裝JAVA 8

Cytoscape軟件需要在java虛擬機環境運行，最新版的Cytoscape軟件，需要電腦先安裝java 8。其中，Win7可以通過以下幾種方式，查看已經安裝的java版本：

WIN鍵 + R -> 輸入cmd -> 確定

開始 -> 搜索程序和文件 -> 輸入cmd -> Enter回車

Win10系統可以通過以下幾種方式，查看已經安裝的java版本：

WIN鍵 + R -> 輸入 cmd -> 確定

右下角搜索框 -> 輸入cmd -> Enter回車

在彈出的命令行中，輸入“java - version”，如已經安裝了java 8，則會顯示“java version 1.8.0_xxx”，如下：

如果沒有安裝，或者安裝版本不對，可以到“https://www.java.com/zh_CN/download/”網址中下載，再安裝即可。

三、下載并安裝Cytoscape

可以通過搜索引擎搜索“Cytoscape”，訪問官網下載，或者直接到“http://www.cytoscape.org/download-platforms.html”下載。

下載后，雙擊該軟件，一直點擊“Next”，直到安裝結束。安裝完成后，打開Cytoscape即可開始繪制網絡圖。其中，Cytoscape 3.6.1版本界面如下：

安裝好Cytoscape后，有哪些實用技巧呢？請看下回分享。

參考：

1.Quantitative metagenomics reveals unique gut microbiome biomarkers in ankylosing spondylitis

2.A Metagenomic Study of the Gut Microbiome in Behcet’s Disease

供稿：葉生鑫

責任編輯：

與50位技術專家面對面20年技術見證，附贈技術全景圖

總結

以上是生活随笔為你收集整理的cytoscape要求的JAVA版本_微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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