轉(zhuǎn)載：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html

短序列組裝（Sequence assembly）幾乎是近年來next-generation sequencing最熱門的話題。簡(jiǎn)單來說，就是把基因組長(zhǎng)長(zhǎng)的序列打斷(shotgun sequencing)，因?yàn)槲覀儾恢阑蚪M整條序列是如何排列（成一條鏈，最后成為一條染色體）組合（如何區(qū)分不同染色體）的，而我們又無法實(shí)現(xiàn)一次 把整條長(zhǎng)序列完整測(cè)序（現(xiàn)在有單子測(cè)序可能是一個(gè)新的sunlight)。然后，我們通過算法，計(jì)算機(jī)的幫助，把這些短的序列組裝起來成為一條完整有序的序列。
就好比我們有這樣一句話：

????it is just a hypothesis, so don't be seriously！

????假設(shè)，我們現(xiàn)在不知道這句話到底是什么，就像我們有一個(gè)box，我們抽到一張紙，但沒打開，我們把這張紙撕成pieces，當(dāng)然可能還發(fā)生了變化，所有的空格和標(biāo)點(diǎn)都消失了（魔術(shù)！）我們得到：

??? itis ypo stah the sodo eriou siss ju ntbes sly……

????因?yàn)槲覀儨y(cè)了幾次，為了增加覆蓋度，這樣我們能通過高覆蓋度而提高置信度：

??? itis ypo stah the sodo eriou siss ju ntbes sly tis yopth sodon beser beser ssod iti sju……

????另外，我們又發(fā)明了一種稱作為paired-ends的序列測(cè)序方法，即兩頭定長(zhǎng)，中間插入片段一定的序列，像這樣：

????iti*****ahyp sju*****pot the*****don sod*****ser bes*****sly ……

????這樣我們根據(jù)如下圖的方法，我們可以把這句話拼回來：

???? itisjustahypothesissodontbeseriously

但它不是最終結(jié)果，我們根據(jù)我們的現(xiàn)有的語法習(xí)慣，我們給它們加上空格（gap)和標(biāo)點(diǎn)（遺漏的關(guān)鍵東西），我們能夠還原原話！

第一：介紹一下組裝的方法：
方法一：對(duì)序列進(jìn)行組裝,如果是重測(cè)序,可以用MAQ進(jìn)行組裝：Map to reference genome
方法二：如果是對(duì)新物種進(jìn)行(de novo)測(cè)序,用velvet進(jìn)行組裝：De novo assembly
第二：組裝的原理和流程圖：


?

????

方法一和方法二的區(qū)別是有無參考基因組（reference genome）：下面是有參考基因組的一個(gè)結(jié)果顯示

???????????????????????

?

Mapping short reads to a reference
Eland
aligner for Illumina data
alignment policies:
??allows up to 2 mismatches/alignment
??non-unique alignments are discarded
Maq
??quality aware - takes seq quality into
? account
??allows non-unique alignments
Index methods
??reference genome is loaded into active
?memory as k-mers
??very fast alignments
??SOAP
??Bowtie
SNP detection, paired-end mapping, RNA-seq, ChIP-seq, etc.

?????? ????????????????????

Analysis depends on application
Mapping to reference genome
??useful for interrogating the “known” genome
??RNA sequencing
??ChIP sequencing
??SNP detection (targeted and whole-genome)
??methyl-seq
??CNV detection (sometimes)
De novo assembly
??no genome sequence
??unbiased ascertainment of variation in
? known genome by whole-genome reseq

第三：short reads alignment by MAQ

?

???

第四：velvet示意圖：

???

????通過上述兩種方法可以完成高通量短序列數(shù)據(jù)的組裝，但事實(shí)它并不簡(jiǎn)單，因?yàn)榛蚪M中含有大量的重復(fù)序列（Repeats），多態(tài)性變異（Polymorphism），測(cè)序錯(cuò)誤（Sequencing error)，這三個(gè)方面就是組裝過程中出現(xiàn)組裝錯(cuò)誤的主要來源.

參考資料：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4860086b0100dnos.html

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=1024

?

轉(zhuǎn)載于:https://www.cnblogs.com/steamed-bread/p/5611058.html

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的短序列组装Sequence Assembly（转载）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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