fortran语言和python_如何在Fortran中调用Python
Python是機器學習領域不斷增長的通用語言。擁有一些非常棒的工具包，比如scikit-learn，tensorflow和pytorch。氣候模式通常是使用Fortran實現的。那么我們應該將基于Python的機器學習遷移到Fortran模型中嗎？數據科學領域可能會利用HTTP API(比如Flask)封裝機器學習方法，但是HTTP在緊密耦合的系統(比如氣候模式)中效率太低。因此，可以選擇直接從Fortran中調用Python，直接通過RAM傳遞氣候模式的狀態，而不是通過高延遲的通信層，比如HTTP。
有很多方法可以實現通過Python調用Fortran，但是從Fortran調用Python的方法卻很少。從Fortran調用Python，可以看作是將Python代碼嵌入到Fortran，但是Python的設計并不是像嵌入式語言Lua?？梢酝ㄟ^以下三種方法實現從Fortran調用Python：
?Python的C語言API。這是最常用的方式，但需要實現大量的C封裝代碼。?基于Cython。Cython用于從Python中調用C語言，但也可以實現從C調用Python。?基于CFFI。CFFI提供了非常方便的方法可以嵌入Python代碼。
無論選擇哪種方法，用戶都需要將可執行Fortran文件鏈接到系統Python庫，比如通過添加-lpython3.6到Fortran模式的Makefile文件。下面通過Hello World示例演示如何通過Fortran調用Python。Fortran代碼保存在test.f90文件，如下：! test.f90
program call_python
use, intrinsic :: iso_c_binding
implicit none
interface
subroutine hello_world() bind (c)
end subroutine hello_world
end interface
call hello_world()
end program call_python
首先導入Fortran 2003內部定義的和C語言類型互通的模塊iso_c_binding。但使用CFFI時，我們不需要寫任何C代碼，CFFI會生成C類型的打包接口。下一行則定義了一個C函數hello_world接口，這可以在C語言中實現，但是這里我們使用Python和CFFI。最后，調用hello_world。
為了使用hello_world，我們需要構建CFFI標注，并保存在builder.py中，此代碼用于創建可以鏈接Fortran程序的動態庫：import cffi
ffibuilder = cffi.FFI()
header = """
extern void hello_world(void);
"""
module = """
from my_plugin import ffi
import numpy as np
@ffi.def_extern()
def hello_world():
print("Hello World!")
"""
with open("plugin.h", "w") as f:
f.write(header)
ffibuilder.embedding_api(header)
ffibuilder.set_source("my_plugin", r'''
#include "plugin.h"
''')
ffibuilder.embedding_init_code(module)
ffibuilder.compile(target="libplugin.dylib", verbose=True)
?首先，我們導入cffi包，并且聲明了外部函數接口(FFI)對象。這看起來似乎比較奇怪，這只是CFFI實現這種目的的方式。下一步，header字符串中包含了需要調用的函數接口的定義。module字符串中包含了真正需要執行的Python程序。裝飾器@ffi.def_extern用于標記hello_world函數。my_plugin用于獲取ffi對象。def_extern裝飾器用于處理C類型，指針等。然后，ffibuilder.embedding_api(header)定義了API，embedding_init_code定義了Python代碼。
看起來比較奇怪的是在字符串中定義Python代碼，但CFFI需要以這種方式將Python代碼構建為共享庫對象。ffibuilder.set_source來設置源代碼信息(?)。
然后執行以下語句創建共享庫libplugin.dylib：python builder.py
然后使用下列命令編譯Fortran程序:gfortran -o test -L./ -lplugin test.f90
以上是在Mac OSX上創建的共享庫，如果在Linux上，共享庫應該以.so結尾。如果一切沒有問題，那么就可以執行文件了:./test
hello world
以上演示了如何使用CFFI從Fortran中調用Python程序，而不需要寫任何C程序。
FAQ
必須將所有Python代碼寫入header字符串嗎
不需要這樣。你可以直接在不同的Python模塊中定義Python代碼(比如my_module.py)，然后在module字符串的開頭導入即可。比如，builder.py可以改為如下形式：...
module = """
from my_plugin import ffi
import my_module
@ffi.def_extern()
def hello_world():
my_module.some_function()
"""
...
這將在Python中使用可導入的形式使用Python程序。在添加到Fortran中之前，你也可以通過python -c "import my_module"測試一下。如果失敗了，你可能需要將包含my_module模塊的路徑添加到Python的sys.path變量中。
如何傳遞Fortran數組給Python
stack overflow page回答了此問題。下面是一個示例，將代碼定義在一個模塊文件中，比如my_module.py：# my_module.py
# Create the dictionary mapping ctypes to np dtypes.
ctype2dtype = {}
# Integer types
for prefix in ('int', 'uint'):
for log_bytes in range(4):
ctype = '%s%d_t' % (prefix, 8 * (2**log_bytes))
dtype = '%s%d' % (prefix[0], 2**log_bytes)
# print( ctype )
# print( dtype )
ctype2dtype[ctype] = np.dtype(dtype)
# Floating point types
ctype2dtype['float'] = np.dtype('f4')
ctype2dtype['double'] = np.dtype('f8')
def asarray(ffi, ptr, shape, **kwargs):
length = np.prod(shape)
# Get the canonical C type of the elements of ptr as a string.
T = ffi.getctype(ffi.typeof(ptr).item)
# print( T )
# print( ffi.sizeof( T ) )
if T not in ctype2dtype:
raise RuntimeError("Cannot create an array for element type: %s" % T)
a = np.frombuffer(ffi.buffer(ptr, length * ffi.sizeof(T)), ctype2dtype[T])\
.reshape(shape, **kwargs)
return a
asarray函數使用CFFI的ffi對象轉換指針ptr為給定形狀的numpy數組?？梢允褂萌缦滦问皆赽uilder.py中的module字符串中調用：module = """
import my_module
@ffi.def_extern()
def add_one(a_ptr)
a = my_module.asarray(a)
a[:] += 1
"""
add_one也可以定義在my_module.py中。最后，我們需要定義與函數相關的頭文件信息，并且添加到builder.py的header字符串中：header = """
extern void add_one (double *);
"""
最后，在Fortran中以如下形式調用：program call_python
use, intrinsic :: iso_c_binding
implicit none
interface
subroutine add_one(x_c, n) bind (c)
use iso_c_binding
integer(c_int) :: n
real(c_double) :: x_c(n)
end subroutine add_one
end interface
real(c_double) :: x(10)
print *, x
call add_one(x, size(x))
print *, x
end program call_python
這一部分，我們介紹了如何在Fortran中嵌入Python代碼塊，以及如何傳遞數組給Fortran或從Fortran傳遞數組給Python。然后，有些方面還是不太方便。
必須要在三個不同的區域定義python函數簽名嗎
任何要傳遞給Fortran的Python函數，都必須要要在三個區域進行定義。
?首先，必須在header.h中進行C頭文件聲明?然后，執行函數必須要在builder.py的module字符串中，或一個外部模塊中?最后，Fortran代碼中必須包含定義子程序的interface塊(接口塊)
這對于改變Python函數來說就顯得有些麻煩。比如，我們寫了一個Python函數：def compute_precipitation(T, Q):
...
必須要在所有區域進行聲明。如果我們想添加一個垂直渦度W作為輸入參數，我們必須要修改builder.py以及調用Fortran的程序。顯而易見，對于大的工程來說，這就變得極為麻煩。
對于一般通信而言，采用了一小部分fortran/python代碼封裝器。主要依賴于一個外部python模塊：# module.py
import imp
STATE = {}
def get(key, c_ptr, shape, ffi):
"""Copy the numpy array stored in STATE[key] to a pointer"""
# wrap pointer in numpy array
fortran_arr = asarray(ffi, c_ptr, shape)
# update the numpy array in place
fortran_arr[:] = STATE[key]
def set(key, c_ptr, shape, ffi):
"""Call python"""
STATE[key] = asarray(ffi, c_ptr, shape).copy()
def call_function(module_name, function_name):
# import the python module
import importlib
mod = importlib.import_module(module_name)
# the function we want to call
fun = getattr(mod, function_name)
# call the function
# this function can edit STATE inplace
fun(STATE)
全局變量STATE是一個包含了函數需要的所有數據的Python字典。get和set函數的功能主要就是將Fortran數組傳遞給STATA或者從STATE中取出Fortran數組。如果這些函數使用了Fortran/CFFI封裝器，那么可以使用如下方式從Fortran中調用Python函數cumulus.compute_precipitation(state_dict)：call set("Q", q)
call set("T", temperature)
call set("ahother_arg", 1)
call call_function("cumulus", "compute_precipitation")
call get("prec", prec)
如果需要傳遞更多的數據給compute_precipitation，那么需要添加更多的call set命令，這可能會改變Python函數的執行。我們就不需要改變builder.py中的任何代碼。
結論
上面描述了如何傳遞Fortran數據給Python函數，然后再獲取計算輸出。為了解決頻繁更改接口的問題，我們將fortran數據放到了Python模塊的字典中。通過調用給定的名稱來獲取數據，并且將計算結果也存儲到相同的字段中，然后，Fortran代碼通過索引字典中正確的關鍵詞來獲取結果。Cython中使用了類似的架構，但CFFI更為方便。最重要的是，從C語言中調用Cython需要導入Python.h頭文件，還要運行Py_initialize和init_my_cython_module函數。然而，CFFI會在后臺完成這些操作。
這篇文章只是起到一個簡單的指示性作用，有很多問題都沒有討論，比如如何傳遞Fortran字符給Python。更多的代碼信息，見Github。
感興趣的也可以看一下Forpy[2]這個包。
References
[1]: https://www.noahbrenowitz.com/post/calling-fortran-from-python/
[2]: https://github.com/ylikx/forpy#using-forpy-with-anaconda
總結
以上是生活随笔為你收集整理的fortran语言和python_如何在Fortran中调用Python的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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