open mpi安装
傻瓜式安裝openmpi：
安裝
1) 下載openmpi
2) tar -xzvf openmpi-1.4.3.tar.gz
3) cd openmpi-1.4.3
4) ./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee ../install.log
5) make all | tee ../make.log
6) make install | tee ../install2.log
?
配置環境
7) vi /etc/ld.so.conf? 最后增加一行
/usr/local/openmpi/lib
保存退出
8） /sbin/ldconfig?? 回車等待。
9） vi /etc/profile， 最后 增加一行：
PATH=${PATH}:/usr/local/openmpi/bin
保存退出
10）執行
. /etc/profile
測試
10）cd examples
11) make
12) mpirun? -np 4 ./hello_f90????????????? 可以得到類似ppt中的輸出
?mpi多機時， 需要有machines文件。文件內容如下：
tp1 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp2 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp3 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
分別表示機器名/ip，? 進程個數， 進程名（進程名可以沒有）； 當使用機器名時， 則需要架設DNS服務器。
mpirun -machinefile ./machine.linux -np 4 ./hello_f90
?
?
?
?
?
?
?
安裝 mpiBlast.1.6.0
mkdir -p /usr/local/bio/mpiblast-1.6.0
tar -xzvf mpiBLAST-1.6.0.tgz
cd mpiblast-1.6.0
./ncbi/make/makedis.csh??????? #1.6.0自帶ncbi
./configure --prefix=/usr/local/bio/mpiblast-1.6.0/? --with-mpi=/usr/local/openmpi
make
make install?
?
然后配置。。。？？？http://wenku.baidu.com/view/f993570f76c66137ee061965.html
?
?
?
?
?
?
?
?
http://www.linuxdiyf.com/bbs/thread-68473-1-1.html
?
openmpi的安裝步驟參考www.openmpi.org的faq就能搞定了。稍記一下供以后參考：
1）從www.openmpi.org下載壓縮包openmpi-1.2.4-tar.bz2，放到/tmp下， 解壓縮tar jxf
2) cd openmpi-1.2.4, ./configure --prefix=/usr/local/openmpi, make all install
3) cd; vi .bashrc, 增加到最后一行 export LD_LIBRARY_TYPE=/usr/local/openmpi/lib，vi .profile，
? ?? ? PATH=/usr/local/openmpi/bin:"${PATH}"
到這里，開一個終端，cd /tmp/openmpi-1.2.4/examples; make。
下面為了用幾個節點或者在一個節點上算題，再對ssh作一下工作。
1) sudo apt-get install openssh
2) cd; ssh-keygen -t rsa， 也可以是 ssh-keygen -t dsa 碰見提示就回車和yes.
3) cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys， 完成無密碼登錄授權
最后，測試一下mpirun -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90, 沒有出問題應該結果是：
Hello, world, I am 1 of 2 Hello, world, I am 0 of 2
如果有問題，如./hello_f90: error while loading shared libraries: libmpi_f90.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 則要檢查一下是否$LD_LIBRARY_PATH是空的，執行export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib以后就行了?；蛘卟幌勇闊┑脑?#xff0c;mpirun --prefix /usr/local/openmpi -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90也能執行。
?
?
?
?
?
?
?
?
?
?
?
?
?
http://blogold.chinaunix.net/u2/85704/showart_1964625.html
?
<1>Open-mpi的安裝：
?即? tar -xvzf openmpi-xxxx.gz
???? cd? openmpi-xxxx
???? ./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee cfg.log &
???? make all | tee make.log &
?????make install | tee makeinstall.log &
?末尾出現些subscripts too complex的警告， 但似乎正常結素了。???
結果出現??? Unfortunately, this installation of Open MPI was not compiled with Fortran 90 support. As such, the mpif90 compiler is non-functional.
結果錯誤在于沒有指定F77=IFORT FC=IFORT ，改正后重新編譯成功
可以到EXAMPLES里面測試，MAKE-----MPIRUN -N 4 hello_f90
?Hello, world, I am??????????? 0? of??????????? 4
?Hello, world, I am??????????? 2? of??????????? 4
?Hello, world, I am??????????? 3? of??????????? 4
?Hello, world, I am??????????? 1? of??????????? 4
表明編譯正確
-----------------------------------(以下與nwchem的編譯無關，與編譯好調用mpi有關）
然后把openmpi及其它的bin路徑添到.bashrc里。
注意使用它還用設置共享庫的位置?，用.bashrc里添加：
export LD_LIBRARY_PATH=$MPIDIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
或者每次運行mpirun時用 --prefix=/usr/local/openmpi 聽說也可以
?---------------------------------------------
初步適用了下，openmpi 和 mpich2的區別：
（1）openmpi繼承了初代mpi沒有系統守護模塊（如mpd）的特點，由作業自己隨時調用mpirun；感覺上比較方便。
（2）hostfile的寫法略有不同，比如mpich里習慣都是 <hostname>:<n>
而openmpi的對多路或多核心cpu的寫法是<hostname> slots=<n>
(3)其它，似乎不怎么明白openmpi用-mca btl（注意是字母L的小寫，不是數字1），最郁悶的是沒有user manual， 只是在tar包里原來的INSTALL里說明（或許是README，記不清了），btl其實適用面更廣，可以在同node里用sharememory，可以在不同nodes間用sockets，但不知為什么默認的通訊模塊不是它，好象是什么什么cm的選項，要試試加btl可否加速mpirun作業。
總結
以上是生活随笔為你收集整理的open mpi安装的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
