R語言的實(shí)用基礎(chǔ)知識(shí)有很多，都是我在工作和學(xué)習(xí)中所整理的，有的是看書整理的，也有的是從網(wǎng)絡(luò)上的各種博客、各種資源獲取的，所以我采用日更的方式進(jìn)行支持整理和更新，希望能夠幫到屏幕前的你！

今天是我日更的第一天，我想以R的基礎(chǔ)知識(shí)為開場(chǎng)，接下來日更內(nèi)容可能會(huì)有其他語言的實(shí)用基礎(chǔ)知識(shí)、軟件工具的安裝和使用方法、書評(píng)、影評(píng)以及人生雜談等等其他的內(nèi)容進(jìn)來，如果你在其他平臺(tái)上也看到了相同的內(nèi)容不要驚奇，因?yàn)槟鞘俏彝礁碌?#xff0c;我不只用簡(jiǎn)書，還有很多很多……

好了廢話不多說，開始今天的日更內(nèi)容：

# 簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)計(jì)劃_20191201_Sunday

## 1.切換當(dāng)前工作目錄

getwd()

setwd("E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)/20191201_Sunday/")

## 2.電腦系統(tǒng)、平臺(tái)、R語言版本和Rstudio版本

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# 1.電腦系統(tǒng)： Windows 10 x64 (build 18363)

# 2.Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

# 3.R版本: 3.6.1(2019-07-05)

# 4.Rstudio: Version 1.2.5019

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## 3.今天的主題是有三個(gè)：1.工作路徑的查詢和切換；2.注釋；3.安裝和卸載R包

### 3.1 R語言工作路徑的查詢和切換

# 各種電腦系統(tǒng)、不管是Window、Mac還是Linux、Unix等都有文件系統(tǒng)以及對(duì)應(yīng)的文件夾樹結(jié)構(gòu)，讓R語言工作時(shí)首先要明確它的工作路徑在哪里

#### 查詢當(dāng)前的工作路徑(目錄、文件夾)

getwd()

# [1] "E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)/20191201_Sunday"

# @我的工作路徑已經(jīng)切換到今天的工作路徑：E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)/20191201_Sunday中了，一般R語言在Window默認(rèn)安裝的話，它的每次啟動(dòng)的默認(rèn)路徑是一個(gè)相同的路徑："C:/Users/lenovo/Documents"(這是我的，不同電腦系統(tǒng)可能會(huì)有區(qū)別，但是通常會(huì)在C盤)

#### 切換當(dāng)前的工作路徑(目錄、文件夾)

setwd("../") # @setwd("../")函數(shù)的功能是將當(dāng)前的工作路徑跳到上一級(jí)目錄(或文件夾)，用過linux系統(tǒng)的都知道cd命令吧，cd ../就是切換當(dāng)前目錄到上一級(jí)，當(dāng)你學(xué)的越深入時(shí)，越能可以看出R語言與Linux有很多相似的地方

dir() # @查看當(dāng)前目錄中的所有文件和目錄，類似于Linux系統(tǒng)中的ls命令

# [1] "20191201_Sunday"

# @大家可以看出我的當(dāng)前的目錄中只有一個(gè)文件夾：20191201_Sunday

getwd()

# [1] "E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)"

# @我們的工作目錄已經(jīng)切換到： "E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)"中，我們?cè)偾袚Q回去

setwd("20191201_Sunday")

getwd()

# [1] "E:/學(xué)習(xí)空間/簡(jiǎn)書/簡(jiǎn)書日更挑戰(zhàn)/20191201_Sunday"

# @工作路徑的查詢和切換已經(jīng)講完了，大家可以多多練習(xí)，對(duì)于剛接觸、準(zhǔn)備學(xué)習(xí)R的同學(xué)的建議就是：堅(jiān)持不懈、保持好奇、練習(xí)練習(xí)練習(xí)！

### 3.2 R語言注釋

# @R語言注釋和其他語言有些類似，例如Python、Perl、Linux shell、Julia等等，這些語言都可以用字符：#放在要注釋的文字或代碼的行首即可，注釋的意思就是解釋代碼，而不會(huì)參與到代碼的執(zhí)行中，對(duì)于程序運(yùn)行時(shí)可以視注釋行為“空氣”

# @養(yǎng)成編寫代碼好的習(xí)慣非常重要，這一點(diǎn)有點(diǎn)類似于養(yǎng)成好的工作學(xué)習(xí)習(xí)慣，會(huì)讓你事半功倍。寫代碼時(shí)往往是激情迸發(fā)的時(shí)刻，各種idea在腦海閃爍，當(dāng)時(shí)是記得，但是當(dāng)你睡過好幾覺的時(shí)候，你的大腦重啟了多少遍之后，你再回來看你當(dāng)時(shí)寫的代碼，可能你都不知道這是你寫的，更別說看明白了。

# @但是如果加上文字說明，把當(dāng)時(shí)電閃雷鳴的靈感記錄下來，怎么想的，什么條件、什么算法、當(dāng)你記下來的時(shí)候才可能是你的東西，那些在你腦海里閃爍而過的可能不屬于你的，可能是宇宙塵埃穿越而過留下的痕跡！

# @在Rstudio中注釋的方法有兩種：第一種手動(dòng)輸入#到要注釋的行首，第二種快捷鍵方式Ctrl + Shift + C，可以填加注釋，也可以去注釋。第一遍填加#到行首，第二遍去掉行首#，非常方便！

# @還有人說用if(FALSE){需要注釋的內(nèi)容}或if(0){需要注釋的內(nèi)容}注釋也可以，我測(cè)試后發(fā)現(xiàn)，這種方法是注釋R代碼的，首先你的要注釋的代碼符合R語法，不合法它是會(huì)報(bào)錯(cuò)的；這種方法不能注釋文字

#

if(0){

? 我測(cè)試后發(fā)現(xiàn)，

? 這種方法是注釋R代碼的，

? 首先你的要注釋的代碼符合R語法，

? 不合法它是會(huì)報(bào)錯(cuò)的；

? 這種方法不能注釋文字

}

# @運(yùn)行上面的代碼你會(huì)發(fā)現(xiàn)以下報(bào)錯(cuò)信息：

# > if(0){

#? +? 我測(cè)試后發(fā)現(xiàn)，

#? 錯(cuò)誤: unexpected input in:

#? ? "if(0){

#? 我測(cè)試后發(fā)現(xiàn)?

# >? 這種方法是注釋R代碼的，

# 錯(cuò)誤: unexpected input in "? 這種方法是注釋R代碼的?

#? ? >? 首先你的要注釋的代碼符合R語法，

#? 錯(cuò)誤: unexpected input in "? 首先你的要注釋的代碼符合R語法?

# >? 不合法它是會(huì)報(bào)錯(cuò)的；

# 錯(cuò)誤: unexpected input in "? 不合法它是會(huì)報(bào)錯(cuò)的?

#? ? >? 這種方法不能注釋文字

#? 錯(cuò)誤: 找不到對(duì)象'這種方法不能注釋文字'

#? > }

# 錯(cuò)誤: 意外的'}' in "}"

#

# @但是如果你這樣注釋，然后執(zhí)行代碼，就會(huì)發(fā)現(xiàn)沒有任何輸出，這說明代碼沒有被執(zhí)行，而且不會(huì)報(bào)錯(cuò)

if(FALSE){

? a

? b

? c

? print(c)

}

# @檢驗(yàn)一下，說明R沒有創(chuàng)建對(duì)象a,b和c，代碼被注釋掉了

a

b

c

# > a

# 錯(cuò)誤: 找不到對(duì)象'a'

# > b

# 錯(cuò)誤: 找不到對(duì)象'b'

# > c

# function (...)? .Primitive("c")

### 3.3 安裝和卸載R包

# @ R語言類似于Python、Perl都可以通過各種功能包來強(qiáng)大自身的解決問題的能力，變的無所不能，

# @ R語言的官網(wǎng)軟件包管理中心CRAN，但是軟件包資源還有很多，例如Bioconductor上的(截止到今天已經(jīng)有1823個(gè)生物學(xué)研究相關(guān)的R軟件包發(fā)布)，它的安裝方法與CRAN有些區(qū)別；還有就是Github上的R包，這也是強(qiáng)大的資源

# @可以這樣說，你能想到的現(xiàn)實(shí)問題，其實(shí)早有牛人幫你解決辦法，關(guān)鍵是你要找的到，還要會(huì)用

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#### 3.3.1 CRAN安裝R包：install.packages()函數(shù)

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##### 3.3.1.1 單個(gè)包的安裝方法

install.packages("ggplot2")

# @對(duì)普通的R包，直接install.packages()即可，一般下載不了都是包的名字打錯(cuò)了，或者是R的版本不夠，如果下載了安裝不了，一般是依賴包沒弄好，或者你的電腦缺少一些庫文件，如果實(shí)在是找不到或者下載慢，一般就用repos=來切換一些鏡像。

# @ 用help(install.packages)獲取install.packages()函數(shù)的幫助信息，或者直接?install.packages即可

##### 3.3.1.2 批量安裝R包: sapply()

anp

sapply(anp, install.packages, character.only = T) # 三個(gè)參數(shù)：包含要安裝的R包的名稱的向量，安裝函數(shù)install.packages，character.only = T

##### 3.3.1.3 下載到本地安裝

# @ 先下載到本地，并把它放在工作目錄中，或者安裝時(shí)指定軟件包的絕對(duì)路徑

download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")

install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)

# @ 如果你用的RStudio這樣的IDE，那么直接用鼠標(biāo)就可以操作了或者用choose.files()來手動(dòng)交互的選擇你把下載的源碼BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪里即可

##### 3.3.1.4 指定網(wǎng)址安裝

# @ 是直接找到包的下載地址，需要進(jìn)入包的主頁

packageurl

packageurl

install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

#packageurl

#packageurl

install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

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#### 3.3.2 Bioconductor安裝R包：BiocManager::install()

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##### 3.3.2.1 同樣單個(gè)安裝的方法

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

? install.packages("BiocManager") # 首先要安裝BiocManager包

BiocManager::install("Biobase") # 再用BiocManager安裝

##### 3.3.2.2 批量安裝的方法

bioanp

sapply(anp, BiocManager::install, character.only = T) # 前天你需要安裝BiocManager包，方法install.packages("BiocManager")

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#### 3.3.3 Github安裝R包，借助工具包devtools

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install.packages("devtools")

library(devtools)

install_github("RevolutionAnalytics/RHadoop")

#### 3.3.4 卸載R包

# @ 卸載前，先看一下已經(jīng)安裝的R包

r_installed.packages

write.csv(r_installed.packages, file = "r_installed.packages_20191201Sunday.csv")

openxlsx::write.xlsx(r_installed.packages, file = "r_installed.packages_20191201Sunday.xlsx", startRow = T, zoom = 120)

##### 3.3.4.1 單個(gè)包卸載

remove.packages("R包名稱")

##### 3.3.4.2 批量包卸載

# @ sapply函數(shù)的運(yùn)用

rmanp

sapply(rmanp, remove.packages, character.only = T)

## 4.日更結(jié)束

sessionInfo()

# R version 3.6.1 (2019-07-05)

# Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

# Running under: Windows 10 x64 (build 18363)

#

# Matrix products: default

#

# locale:

#? [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936

# [2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936?

# [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936

# [4] LC_NUMERIC=C? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

# [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936? ?

#

# attached base packages:

#? [1] stats? ? graphics? grDevices utils? ? datasets

# [6] methods? base? ?

#

# loaded via a namespace (and not attached):

#? [1] BiocManager_1.30.10 compiler_3.6.1? ?

# [3] tools_3.6.1? ? ? ? Rcpp_1.0.3? ? ? ?

# [5] zip_2.0.4? ? ? ? ? openxlsx_4.1.3?

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的r语言工作路径linux,R语言实用基础知识_工作路径-注释-安装和卸载R包_2019-12-01...的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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