java读取dcm影像文件_使用dcmtk库读取.dcm文件并获取信息+使用OpenCV显示图像
借助VS2013和OpenCV的繪圖功能,在工程DICOMReader.sln中實(shí)現(xiàn)了對(duì)單張.dcm圖像的讀取與顯示,以下是詳細(xì)步驟。
前期準(zhǔn)備工作
編譯器:VS2013
庫:dcmtk-3.6.0(已編譯)、OpenCV
配置方法:
【項(xiàng)目屬性頁】-【VC++ 目錄】-【包含目錄】&【庫目錄】,加入如下文件夾
庫目錄
包含目錄
對(duì)于OpenCV的配置,還需要在【我的電腦】-【屬性】-【高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置】-【環(huán)境變量】中的“path”中添加OpenCV的“bin”文件夾(如果沒有path,可以手動(dòng)添加,至于系統(tǒng)變量還是用戶變量,沒有太大關(guān)系)
:…\opencv\build\x86\vc12\bin;
(在win7的系統(tǒng)上配置過的環(huán)境變量似乎不能立刻生效,運(yùn)行程序的時(shí)候還是會(huì)提示“未能正確安裝xxx.dll鏈接庫”之類的話,重啟后可解決該問題)
最后,在【鏈接器】-【輸入】-【附加依賴項(xiàng)】添加如下鏈接庫:
netapi32.lib
wsock32.lib
ofstd.lib
oflog.lib
dcmimgle.lib
ijg8.lib
ijg12.lib
ijg16.lib
dcmdata.lib
dcmimage.lib
dcmnet.lib
opencv_core2413d.lib
opencv_features2d2413d.lib
opencv_flann2413d.lib
opencv_highgui2413d.lib
頭文件寫法:
#include "dcmtk/dcmdata/dctk.h"
#include "dcmtk/dcmimgle/dcmimage.h"
#include "dcmtk/dcmdata/dcfilefo.h"
#include
using namespace std;
讀取文件并獲取相關(guān)信息
在dcmtk庫中,包含了一個(gè)DcmFileFormat類,用來對(duì)原始.dcm文件進(jìn)行操作,具體用法如下:
加載文件
DcmFileFormat dfile;
//文件路徑
string afile = "...\\**.dcm";
OFCondition result = dfile.loadFile(path.c_str()); // 加載文件
if (result.bad())
return ERROR;
// 功能函數(shù)如上方的loadFile,調(diào)用后會(huì)返回一個(gè)OFCondition類型的數(shù)據(jù)
// 可以過該類的成員函數(shù)bad()函數(shù)檢測(cè)是否調(diào)用成功
獲取文件相關(guān)信息
.dcm文件里面的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)大致如下:
簡單來說,一個(gè).dcm格式的文件中,包含了一個(gè)數(shù)據(jù)集(Data set),由如下代碼獲取這個(gè)數(shù)據(jù)集:
DcmDataset *data = dfile.getDataset();
而DcmFileFormat類的構(gòu)造函數(shù),也允許由一個(gè)數(shù)據(jù)集(Data set)創(chuàng)建一個(gè)對(duì)象:
DcmFileFormat(); // default constructor
DcmFileFormat(DcmDataset *dataset); // using dataset
DcmFileFormat(const DcmFileFormat &old); // copy constructor
.dcm文件就像一個(gè)容器,而數(shù)據(jù)集才是真正的內(nèi)容。
在數(shù)據(jù)集(Data set)中,包含了文件的元信息(Meta Information,存儲(chǔ)了被封裝數(shù)據(jù)集的標(biāo)識(shí)信息)以及數(shù)據(jù)元素(Data Element);通過調(diào)用相應(yīng)的函數(shù)來獲取文件的元信息以及數(shù)據(jù)集,代碼如下:
DcmMetaInfo *Metalnfo = dfile.getMetaInfo(); // 文件元信息
DcmTag Tag = Metalnfo->getTag(); // 從元信息中獲取標(biāo)簽
DcmDataset *data = dfile.getDataset(); // 數(shù)據(jù)集
DcmElement *element = NULL;
result = data->findAndGetElement(DCM_PixelData, element);
if (result.bad())
return ERROR;
需要特別注意的是:
創(chuàng)建數(shù)據(jù)元素對(duì)象的時(shí)候,最好給其賦值為NULL,以免初始值指向未知的地址;
findAndGetElement(DCM_PixelData, element);該函數(shù)用來獲取數(shù)據(jù)元素,函數(shù)中的第一個(gè)參數(shù)“DCM_PixelData”為用戶想要從數(shù)據(jù)集中獲取的數(shù)據(jù)元素類型,具體的元素類型可以參考頭文件“dcdeftag.h”。(共有3250種參數(shù)類型)
數(shù)據(jù)元素(Data Element)從邏輯上說就是數(shù)據(jù)集(Data set)的一個(gè)子集,因此,通常來說,通過“findAndGetElement()”函數(shù)獲得的數(shù)據(jù)元素會(huì)比數(shù)據(jù)集的長度來的小,可以通過如下方式進(jìn)行檢測(cè):
Uint32 data_len = data->getLength();
Uint32 element_len = element->getLength();
cout << "data_len " << data_len << endl;
cout << "elemetn_len " << element_len << endl;
獲取數(shù)據(jù)元素(Data Element)只是將數(shù)據(jù)集(Data set)中的我們感興趣的部分存儲(chǔ)到了由類DcmElement創(chuàng)建的對(duì)象里面,那么自然地,我們會(huì)想到數(shù)據(jù)的可視化,這將采取另一種處理方式:
dcmtk庫中包含了類“OFString”,這只是一個(gè)簡單的字符串類,它實(shí)現(xiàn)了std的一個(gè)子集::string;我們通過函數(shù)“findAndGetOFString()”來獲取我們要的數(shù)據(jù)項(xiàng),并將其保存在類OFString創(chuàng)建的對(duì)象中,以此來實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)可視化。具體代碼如下:
OFString PatientName;
data->findAndGetOFString(DCM_PatientName, PatientName);
cout << "PatientName: " << PatientName<< endl;
圖像的顯示
由之前的代碼:
DcmElement *element = NULL;
result = data->findAndGetElement(DCM_PixelData, element);
if (result.bad())
return ERROR;
獲取了圖像的像素?cái)?shù)據(jù),進(jìn)行進(jìn)一步的操作:
Uint16* pixData16;
result = element->getUint16Array(pixData16);
if (result.bad())
return ERROR;
由數(shù)據(jù)元素(Data Element)的成員函數(shù)getUint16Array()將對(duì)應(yīng)的像素?cái)?shù)據(jù)存儲(chǔ)到無符號(hào)整型(unsigned short,即Uint16,又稱無符號(hào)16位整型)數(shù)組中,獲得一個(gè)向量;再借助OpenCV的創(chuàng)建矩陣和顯示圖像的功能,進(jìn)行圖像的顯示:
for (int i = 0; i < 512*512; i++)
*(pixData16 + i) *= 20; // 灰度拉伸
cv::Mat imag = cv::Mat(512, 512, CV_16U, pixData16);
cv::imshow("image", imag);
cv::waitKey();
在創(chuàng)建矩陣之前,進(jìn)行了灰度拉伸,以提升顯示的亮度。
最終效果如上。現(xiàn)在有個(gè)問題,在進(jìn)行數(shù)據(jù)拉伸的時(shí)候,預(yù)先已經(jīng)知道了CT圖像的行列值的大小,而應(yīng)該利用哪個(gè)參數(shù)或者函數(shù)來獲取圖像的size呢?
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的java读取dcm影像文件_使用dcmtk库读取.dcm文件并获取信息+使用OpenCV显示图像的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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