RNA測序也就是所謂的RNA-seq，通常指的是轉錄組測序，只測細胞中的轉錄組，所以數據相對少且簡單。RNA測序不僅能檢測mRNA的轉錄，還能觀測到包括包括總RNA和小RNA（miRNA、tRNA和核糖體RNA）在內不同尺度的RNA表達譜，相對于RNA測序，基因表達芯片測序結果的覆蓋面很窄，只能覆蓋染色體中1千多萬SNP中的常見等位基因的SNP（50萬到200萬）。

RNA測序（英語：RNA Sequencing，簡稱RNA-Seq，也被稱為全轉錄物組鳥槍法測序:Whole Transcriptome Shotgun Sequencing[1]，WTSS）是基于第二代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA，然后反轉錄為c-DNA后進行的二代高通量測序，在此基礎上進行片段的重疊組裝，從而可得到一個個的轉錄本。進而可以形成對該生物樣品當前發育狀態的基因表達狀況的全局了解（globle）。如同樓上所說，RNA測序有很多優勢。此外，若和下一階段的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較，則可以得到全部的（在轉錄層面）基因表達的上調及下調--這就形成了表達譜，針對關鍵基因則可以形成你要想要的pathway的構建。相較于一個靜態的染色體而言，細胞內的轉錄物組是一個處于不斷變化的動態過程。隨著現在的下一代基因測序（NGS）技術的發展，使得可測得的DNA堿基覆蓋面增加且樣本輸出的吞吐量增大。有助于對細胞內RNA轉錄物進行測序，提供包括選擇性剪接的轉錄、轉錄后的改變、基因融合、突變/SNPs以及基因表達量改變等細節。正因為RNA測序可以檢測動態過程，因而優勢非常明顯。

RNA測序的優勢：數字化信號：直接測定每個轉錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度，同時不存在傳統微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。高靈敏度：能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本。全基因組分析：可以對任何物種進行全基因組分析。無需預先設計特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進行轉錄組分析。同時能夠檢測未知基因，發現新的轉錄本，并精確地識別可變剪切位點及cSNP，UTR區域。檢測范圍：高于6個數量級的動態檢測范圍，能夠同時鑒定和定量稀有轉錄本和正常轉錄本。

總結

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