編者按：

　 在金庸武學(xué)體系的眾多武功之中，獨(dú)孤九劍并不是最強(qiáng)勁的武功，它與其他武林絕學(xué)有很大的不同，可以說(shuō)是鶴立雞群。比如喬峰的降龍十八掌，段譽(yù)的六脈神劍，張無(wú)忌的九陽(yáng)神功，石破天的羅漢伏魔神功，這些神功都需要強(qiáng)大的內(nèi)力支撐，而獨(dú)孤九劍則不同，不需要內(nèi)力，這點(diǎn)其實(shí)可以從華山派氣宗與劍宗的分歧就可以看出來(lái)。獨(dú)孤九劍傳人風(fēng)清揚(yáng)屬于劍宗，更注重招式，而不是像劍宗注重練氣。獨(dú)孤九劍分為總訣式，破劍式，破刀式，破槍式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破氣式，遇到不同的場(chǎng)景使用關(guān)不同的招式，因此，獨(dú)孤九劍更加注重問(wèn)題的解決，本質(zhì)上就是就是通過(guò)工具來(lái)解決問(wèn)題。只要學(xué)會(huì)這九劍，就可以處理很多的問(wèn)題。學(xué)習(xí)生物信息也是同樣的道理，當(dāng)然練好內(nèi)功，掌握很好的基礎(chǔ)是非常必要的，但是也可以學(xué)習(xí)一些小工具，解決一些實(shí)際問(wèn)題。那么從這次內(nèi)容開(kāi)始，我們就來(lái)給大家介紹生物信息之獨(dú)孤九劍。

sed是linux下強(qiáng)大的文本編輯工具，sed全稱(chēng)是Stream EDitor，是一種流編輯器，什么是流編輯器呢。也就是相當(dāng)于一個(gè)格式化的工具。當(dāng)數(shù)據(jù)流過(guò)這個(gè)工具時(shí)，都被格式化成固定的格式。比如一個(gè)流水線中的一個(gè)模具，原材料是各種形狀的，但是結(jié)果模具處理之后都變成同一的形狀，這就是流編輯器。sed默認(rèn)一次處理一行內(nèi)容。處理時(shí)，把當(dāng)前處理的行存儲(chǔ)在臨時(shí)緩沖區(qū)中，稱(chēng)為“模式空間”（pattern space），接著用sed命令處理緩沖區(qū)中的內(nèi)容，處理完成后，把緩沖區(qū)的內(nèi)容送往屏幕。接著處理下一行，這樣不斷重復(fù)，直到文件末尾。原文件內(nèi)容并沒(méi)有改變。sed主要用來(lái)自動(dòng)編輯一個(gè)或多個(gè)文件，簡(jiǎn)化對(duì)文件的反復(fù)操作。而不需要編寫(xiě)轉(zhuǎn)換程序來(lái)完成。

案例一：輸出固定的行

sed -n '1307p' seq.fna #輸出文件第1307行；

sed -n '100,200' seq.fna #輸出文件第100到200行；

案例二：替換操作

sed -e 's/gi/GI/' seq.fna #將文件中g(shù)i全部替換為大寫(xiě)GI；

sed -i 's/gi/GI/g' seq.fna #在原文件上進(jìn)行替換，并且進(jìn)行全部替換；

sed -i.bak 's#GI#gi#' seq.fna #在原文件上進(jìn)行替換，并進(jìn)行備份；

sed -e 's/gi/GI/2；s/ref/REF/2' seq.fna #只將第二次出現(xiàn)的gi和ref進(jìn)行替換；

sed -f sed.list cds.list #根據(jù)文件中的模式進(jìn)行替換，可同時(shí)進(jìn)行多條件替換；

sed -n 's/gi/GI/p' seq.fna #打印發(fā)生替換的行；

案例三：刪除空白行；

sed -e '/^s*$/d' seq.fna #刪除文件中的空白行；

案例四：行尋址

sed -n '/ref/p' seq.fna #輸出文件中包含ref關(guān)鍵字的行；

sed '100,2000s/GI/gi/g' seq.fa #則只替換100行到2000行的內(nèi)容；

sed '100,2000！s/GI/gi/g' seq.fa #加感嘆號(hào)取反，在這個(gè)范圍之外的執(zhí)行操作；

案例五：刪除操作

sed -e '/>/d' seq.fna #刪除包含ref的行；

sed -e 's/:.*//g' seq.fna #刪除冒號(hào)之后的所有內(nèi)容；

案例六：對(duì)應(yīng)替換，類(lèi)似于tr的功能

sed -e 'y/ATCG/atcg/' seq.fna #修改大小寫(xiě)

sed -e '/>/!y/ATCG/atcg/' seq.fna #DNA序列反向互補(bǔ)配對(duì)，并修改大小寫(xiě)

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的sed 替换_生物信息之独孤九剑——sed的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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