編者按：

　 在金庸武學體系的眾多武功之中，獨孤九劍并不是最強勁的武功，它與其他武林絕學有很大的不同，可以說是鶴立雞群。比如喬峰的降龍十八掌，段譽的六脈神劍，張無忌的九陽神功，石破天的羅漢伏魔神功，這些神功都需要強大的內力支撐，而獨孤九劍則不同，不需要內力，這點其實可以從華山派氣宗與劍宗的分歧就可以看出來。獨孤九劍傳人風清揚屬于劍宗，更注重招式，而不是像劍宗注重練氣。獨孤九劍分為總訣式，破劍式，破刀式，破槍式，破鞭式，破索式，破箭式，破掌式，破氣式，遇到不同的場景使用關不同的招式，因此，獨孤九劍更加注重問題的解決，本質上就是就是通過工具來解決問題。只要學會這九劍，就可以處理很多的問題。學習生物信息也是同樣的道理，當然練好內功，掌握很好的基礎是非常必要的，但是也可以學習一些小工具，解決一些實際問題。那么從這次內容開始，我們就來給大家介紹生物信息之獨孤九劍。

sed是linux下強大的文本編輯工具，sed全稱是Stream EDitor，是一種流編輯器，什么是流編輯器呢。也就是相當于一個格式化的工具。當數據流過這個工具時，都被格式化成固定的格式。比如一個流水線中的一個模具，原材料是各種形狀的，但是結果模具處理之后都變成同一的形狀，這就是流編輯器。sed默認一次處理一行內容。處理時，把當前處理的行存儲在臨時緩沖區中，稱為“模式空間”（pattern space），接著用sed命令處理緩沖區中的內容，處理完成后，把緩沖區的內容送往屏幕。接著處理下一行，這樣不斷重復，直到文件末尾。原文件內容并沒有改變。sed主要用來自動編輯一個或多個文件，簡化對文件的反復操作。而不需要編寫轉換程序來完成。

案例一：輸出固定的行

sed -n '1307p' seq.fna #輸出文件第1307行；

sed -n '100,200' seq.fna #輸出文件第100到200行；

案例二：替換操作

sed -e 's/gi/GI/' seq.fna #將文件中gi全部替換為大寫GI；

sed -i 's/gi/GI/g' seq.fna #在原文件上進行替換，并且進行全部替換；

sed -i.bak 's#GI#gi#' seq.fna #在原文件上進行替換，并進行備份；

sed -e 's/gi/GI/2；s/ref/REF/2' seq.fna #只將第二次出現的gi和ref進行替換；

sed -f sed.list cds.list #根據文件中的模式進行替換，可同時進行多條件替換；

sed -n 's/gi/GI/p' seq.fna #打印發生替換的行；

案例三：刪除空白行；

sed -e '/^s*$/d' seq.fna #刪除文件中的空白行；

案例四：行尋址

sed -n '/ref/p' seq.fna #輸出文件中包含ref關鍵字的行；

sed '100,2000s/GI/gi/g' seq.fa #則只替換100行到2000行的內容；

sed '100,2000！s/GI/gi/g' seq.fa #加感嘆號取反，在這個范圍之外的執行操作；

案例五：刪除操作

sed -e '/>/d' seq.fna #刪除包含ref的行；

sed -e 's/:.*//g' seq.fna #刪除冒號之后的所有內容；

案例六：對應替換，類似于tr的功能

sed -e 'y/ATCG/atcg/' seq.fna #修改大小寫

sed -e '/>/!y/ATCG/atcg/' seq.fna #DNA序列反向互補配對，并修改大小寫

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的sed 替换_生物信息之独孤九剑——sed的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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